包括顧憲成、顧允成兄弟在內的許多廷臣，上奏阻止這一詔令的頒發。

　　神宗迫於公議，於二月間收回了三王並封之命。

　　不僅許多朝臣，就連神宗的母親慈聖皇太后也堅持立長，因此到1601年(萬歷二十九年)，神宗隻得冊立年屆二十的皇長子朱常洛為太子。

　　神宗同時封朱常洵為福王，但又不讓他到封地洛陽去，還以授給福王的土地不足四萬頃為借口，繼續將福王留在宮中。

　　當時東林黨人葉向高為內閣大學士，上疏堅決反對。

　　在葉向高等人一再敦促下，1615年(萬歷四十三年)三月，萬歷帝讓福王赴洛陽，授給他的莊田也削減了一半。

　　這就是“福王就國之爭”。

　　福王朱常洵到封地之後，鄭氏集團仍謀奪取皇位繼承權，一再策劃謀害太子朱常洛，因而發生了明末著名的宮廷三案;梃擊案，紅丸案，移宮案。

　　梃擊

　　主詞條:梃擊案

　　梃擊案發生於1615年(萬歷四十三年)五月。

　　一天，有個男子手持棗木棍，從東華門直奔內廷，闖入皇太子常洛居住的慈慶宮，打傷了守門的侍從，一直闖到前殿簷下才被抓住。

　　神宗下令審訊。

　　負責審問的浙黨官吏，說這個名叫張差的男子是個瘋顛病人，企圖糊塗結案，而內閣首輔、浙黨首領方從哲也不提出深究。

　　東林黨人、刑部主事王之寀通過單獨提審和與刑部許多官員共同審訊，迫使張差供出:

　　是名叫龐保和劉成的兩個太監，“令我打上宮門，打得小爺(指太子)，有吃有穿”。

　　這兩個太監是鄭貴妃宮內的。

　　朝中的東林黨人和不少官員據此推斷，這是出於鄭貴妃及其兄鄭國泰的陰謀，於是堅決要求徹底追究。

　　神宗隻得親自出面，在慈寧宮召見群臣，下令立即將張差斬首，又把鄭貴妃宮內參與此事的兩個太監在內廷打死，草草了結了這件大案。

　　而王之寀遭到反東林黨一派官吏的攻擊，神宗將他削職為民。

　　紅丸

　　主詞條:紅丸案

　　1620年(萬歷四十八年)七月，神宗病死，皇太子朱常洛繼位，是為光宗。

　　1620年(萬歷四十八年)八月，光宗得病，宮廷醫生崔文升進了泄藥，光宗服後病勢加重。

　　鴻臚寺丞李可灼自稱有“仙方”，光宗服了他進奉的兩顆紅丸後，不出一天，在1620年(萬歷四十八年)九月初一日突然駕崩，於是廷臣大嘩。

　　首輔方從哲還擬旨賞賜李可灼白銀五十兩，更激起了朝臣的責難。

　　東林黨人楊漣、惠世揚、高攀龍等先後上書，指出故意用泄藥的崔文升是鄭貴妃心腹，責問方從哲為什麽加以庇護。

　　還聯系梃擊案，聲稱張差謀逆，是鄭國泰主謀。

　　由於鄭氏集團和方從哲的阻撓，此案未予追究，直到1624年(天啟四年)，朝廷才判處李可灼遣戍，崔文升貶謫到南京。

　　移宮

　　主詞條:移宮案

　　光宗剛剛繼位時，鄭貴妃為了控制他，將自己宮中的李選侍(選侍是沒有封號的宮嬪)送給光宗，很得光宗的寵愛。

　　光宗死後，由十六歲的皇長子朱由校繼位，李選侍也應立即遷出宮內正殿乾清宮。

　　李選侍企圖挾製朱由校以弄權，仍與朱由校住在乾清宮，不肯遷出。

　　她還讓心腹太監盜竊宮中珍寶去賄賂首輔方從哲;又放出空氣說皇長子年幼，

宜由李選侍以太后身分垂簾聽政。　　東林黨人楊漣、左光鬥等人指出，皇長子已經成人，並揭露說，這是“將借撫養之名，行專製之實”。

　　惠世揚更大膽指斥“李選侍原為鄭氏私人，麗色藏劍”，並指責方從哲通過內監得賄，同她勾結。

　　在這場爭議中，鄭貴妃、李選侍、方從哲不僅理虧，而且他們當時還沒有掌握最高權力，所以東林黨人終於佔了上風。

　　李選侍移出了乾清宮，朱由校在東林黨人支持下，擺脫了鄭貴妃、李選侍的挾製，於1620年(萬歷四十八年)九月初六日即位，是為明熹宗。

　　爭京察

　　在圍繞皇位繼承權進行爭鬥的同時，東林黨人同反東林各派展開了尖銳的權力之爭。

　　這表現於許多方面，主要是爭“京察”。

　　京察是明代考核京官的一種制度，規定六年一次，稱職者予獎或晉升，不稱職者處罰或斥退。

　　爭京察就是爭朝廷的人事大權。

　　1605年(萬歷三十三年)的京察，由東林黨人、吏部侍郎楊時喬主持。

　　他在京察中提出要處分的人，有幾個是首輔沈一貫的黨羽。

　　沈一貫的黨羽錢夢皋等人受到包庇， 未遭處分，而楊時喬反被嚴旨斥責。

　　不過，東林黨人和其他一些朝臣一再奏劾沈一貫遍置私人、欺上瞞下，沈一貫也被迫謝病不出，於次年退休。

　　1611年(萬歷三十九年)京察時，東林黨人、大學士葉向高主持朝政，這一次，齊、楚、浙、宣、昆等黨一些人物被罷了官。

　　但在南京則出現了另一種局面。

　　原來明朝明成祖在1421年(永樂十九年)從南京遷都北京以後，仍在南京(時稱留都)保留了一套中央官署。

　　這次在南京主持京察的，是齊、楚、浙黨方面的官員，他們排斥了所有支持東林黨領袖李三才的東林黨一派的人。

　　1617年(萬歷四十五年)京察時，方從哲秉政，齊、楚、浙等黨多居要職，於是又排斥了東林黨人。

　　終萬歷一朝，東林黨人大部分時間不掌握朝政，所以在京察中基本上處於不利的地位。

　　他們支持熹宗繼位後，才受到重用。

　　1623年(熹宗天啟三年)，當時東林黨人葉向高是首輔，趙南星則以左都禦史身分參與主持京察，他痛斥齊黨亓詩教、楚黨官應震等人，堅決罷了他們的官。

　　政治思想

　　一、反對空幻虛無、談空說玄。

　　東林學派以東林書院為陣地，通過講學、論辯、研討、撰文、出書，對王陽明“心學”及王學末流在道德修養和認識論方面宣揚的種種虛、空、玄的主張和說教進行猛烈的抨擊和批判，從而推動了實學思潮的高漲。