中甲時代

　　2004賽季

　　2004年3月16日，巴貝集團出資1200萬元買斷了綠城中甲隊三年的冠名權，綠城中甲隊開始以“巴貝綠城”的名稱征戰中國足壇。2004年4月5日，綠城足球俱樂部遷入剛剛落成並投入使用的綠城中泰足球訓練基地。2004年4月綠城足球俱樂部入駐基地，2004年9月綠城足球學校正式開學。2004年11月27日，2004賽季中甲聯賽落下帷幕，巴貝綠城房產隊32戰12勝9平11負積45分名列第8，完成了年初制定的“保十”的任務指標。2004年參加了首屆中國足球甲級聯賽，在17支參賽隊伍中位列第八。

　　2005賽季

　　2005年2月，俱樂部股東變更為綠城控股集團有限公司(95%)和浙江大學(5%)，俱樂部注冊資本為2000萬元人民幣。2005年7月18日，綠城與謝菲爾德聯隊在黃龍體育中心舉行友誼賽，巴貝綠城房產隊以0:3負於對手。2005年10月22日，05賽季中甲聯賽收官，巴貝綠城房產隊排名第三。

　　2006賽季

　　2006年3月25日，中甲聯賽首輪比賽中，巴貝綠城房產隊3:0大勝北京宏登。2006年10月21日，2006賽季中甲聯賽最後一個客場，巴貝綠城房產隊在經歷5連勝後，1:1戰平河南建業，提前一輪衝超成功。2006年11月9日-10日，浙江綠城足球俱樂部接受中國足協組織的中超資格標準審查，並獲得了認可。2006年獲得甲級聯賽亞軍的歷史最好成績。2006年11月30日，俱樂部股東變更，綠城控股集團有限公司出資4500萬元。

　　中超時代

　　2007賽季

　　2007年3月4日，浙江巴貝綠城房產隊首度亮相中超聯賽，開啟了綠城足球新的篇章。浙江巴貝綠城房產隊在先失一球的情況下，最終主場1:1戰平了青島隊。2007年5月15日，俱樂部與主教練王政解約，周穗安接替王政出任巴貝綠城房產隊主教練，繼續率隊征戰中超。2007年11月4日，巴貝綠城房產隊1:1戰平大連實德，提前兩輪保級成功。巴貝綠城房產隊最終以28場比賽6勝10平12負積28分排名第11名的成績，完成了中超首航。2007賽季，杭州綠城足球俱樂部獲得中超聯賽第11名。2007年12月，中國女足隊教練孫衛經過測評出任巴貝綠城房產隊08賽季主教練。

　　2008賽季

　　2008年3月，綠城足球俱樂部與浙江民生休閑頻道達成轉播協議，由該頻道直播綠城部分主場比賽。2008年4月21日，經俱樂部董事會研究決定，免去孫偉主教練的工作職務，聘用07賽季率隊保級的周穗安擔任主教練。簽下“獨狼”羅馬裡奧的前的隊友巴西人奧托。後者在接下去4場比賽進3球。並以10球登上射手榜探花。而綠城簽下奧托之後，在是你個半賽季的比賽中保持不敗。2008年11月30日，綠城在上海浦東源深體育場挑戰上海申花，在兩度落後的情況下扳平比分。最終以2:2的成績將山東魯能送上冠軍領獎台。2008賽季，杭州綠城足球俱樂部獲得中超聯賽第9名。

　　2009賽季

　　2009年3月，經過董事會討論決定，將“浙江綠城”更名為“杭州綠城”。2009年5月16日，杭州綠城在主場迎戰升班馬江蘇舜天，馬成、閻嵩、謝志宇、張野各攻入一球，以4:0的比分大勝。4:0的比分是綠城衝超後獲得的最大勝利。2009年7月，杭州綠城一線隊的談楊入選高二期國家隊，這是綠城歷史上首位入選國家隊的球員，並在同巴勒斯坦的熱身賽中替補上場。2009年7月，在綠城一球未進的加納前鋒薩基離隊，引進巴西前鋒安德烈和尼日利亞前鋒恩內斯。2009年7月26日，曼聯亞洲之旅2009杭州站，曼徹斯特聯隊以8:2的比分在黃龍體育中心大勝杭州綠城，這也是綠城的最大失球記錄。兩粒入球由王宏有和巴西外援奧托攻入。2009年9月20日，綠城客場1:4慘敗於江蘇舜天，對於近幾輪的持續低迷，主教練周穗安、總經理林樂豐雙雙下課，接替他們的分別是吳金貴和沈強。2009年10月30日，內耗不斷的杭州綠城在聯賽最後一輪在北京工人體育場以0:4慘敗於北京國安。2009賽季，杭州綠城足球俱樂部獲得中超聯賽第15名(由於足壇打黑，當年廣州、成都降級)。