明日方舟的故事發生在一個架空世界“泰拉”中。這裡有著與地球相似而又截然不同的環境，歷史和文明。這裡的主要居民是帶有各種動物特征的亞人類，而是否存在純粹的“人類”，目前還不得而知。

　　天災——表現為各種自然災害的巨大災難(如風暴、地震、隕石墜落等)，是文明的大敵。在它面前，所有的事物都不堪一擊。但在帶來毀滅的同時，天災也帶來了源石——一種自然界能量結晶形成的神秘礦石。源石的開發讓文明進入了現代，建立起了以源石為基礎的科技體系。

　　然而，源石開發中泄露的物質也催生了不詳的礦石病患者，也就是“感染者”。他們無法被治愈，礦石會在他們身上逐漸擴散結晶，在殺死患者後進行二次擴散。為此，感染者成為了被社會排斥的對象。沒有人能告訴礦石病患者要如何生存下去，於是其中具有天賦的他們，賭上各自的未來，誓要為世界帶來震顫。