三人繼續著旅行，而路上小智受到了大木博士的電文，給博士打了一個電話，問了自己的神奇寶貝的一些問題，而博士也因小智收服到迷你龍、哈克龍和化石神奇寶貝而對小智說了好多的廢話，不過最後最主要的是給小智升級了幾乎沒用過的圖鑒，幾天后的路上，波克比也在小霞的期待中誕生了。　　“啊，好可愛，波克比你好啊”，“叫尅布哩~”，波克比高興的叫道，就這樣小霞收服了波克比，然後傳回了蚊香蝌蚪。

　　而這天，小智、小霞和小剛三人繼續向著紅蓮道館前進，而路上碰到了一位大叔要求進行神奇寶貝的對決，小智當然是來者不拒。

　　“上吧，鐵甲犀牛”，大叔派出的神奇寶貝是鐵甲犀牛。

　　“妙蛙種子，就決定是你了”，而小智這邊則是派出妙蛙種子來應戰。

　　“鐵甲犀牛，使用猛撞攻擊”，大叔率先下令說，然後鐵甲犀牛就向著這邊衝了過來。

　　“皮丘~”，“叫尅~”，“啊——，大地在震動，好像發生地震了耶”，就在鐵甲犀牛衝過來的時候，大地也跟著開始震動，小剛抱在一顆樹上顫抖的說，“鐵甲暴龍的猛撞是很厲害的，要小心啊，小智”，小剛最後還不忘囑咐小智要小心。

　　小霞也扶著一棵樹，“這隻鐵甲犀牛的等級好高啊”。

　　“妙蛙種子，藤鞭跳躍，借力打力，使用飛葉快刀”，看著鐵甲暴龍向妙蛙種子撞了過去，小智對妙蛙種子下令說，然後就看見妙蛙種子用藤鞭跳躍躲開了鐵甲暴龍的攻擊，隨後在空中使用了飛葉快刀，鐵甲暴龍由於慣性還在繼續朝前奔跑，飛葉快刀命中了，使鐵甲暴龍更加向前衝去，並且撞到了地上，傷害很嚴重。

　　“鐵甲暴龍，振作啊”，大叔沒想到會是這種情況。

　　“好，妙蛙種子最後一擊，藤鞭”，妙蛙種子用力的使用了藤鞭，抽打在了還倒在地上的鐵甲暴龍的身上，草系對地面系和岩石系效果拔群，鐵甲犀牛中了兩招效果拔群的招式後失去了戰鬥能力。

　　“妙蛙種子乾的好”，小智贏得了勝利後也不忘對妙蛙種子說。

　　“噠呐~”，可是就在這時，妙蛙種子痛苦的呻吟著，“妙蛙種子，你沒事吧，我馬上送你去神奇寶貝中心”，小智看到妙蛙種子背上的種子開始發光，但很痛苦，雖然知道應該是妙蛙種子要進化了，可是在這兒還是有很多事情和動漫不一樣的，小智也不敢冒險，所以說完就抱著妙蛙種子向神奇寶貝中心衝去。

　　“小智，等等我們”，“皮丘~”，而小霞、小剛和皮丘也立刻趕了上來。

　　終於在傍晚，小智等人趕到了神奇寶貝中心，並且把它交給了喬伊小姐檢查。

　　“你的妙蛙種子沒事，只是開始出現進化的征兆罷了”，在認真檢查後，喬伊對著焦急的等待著的小智說，。

　　“它沒事就好”，小智怕他現在的妙蛙種子也不想進化，所以沒有表現出非常興奮，只是這樣說，小智很顧忌自己的神奇寶貝們心情，他們是自己的夥伴。

　　“妙蛙種子進化之後會進化成妙蛙草，你們看”，喬伊把小智等人帶到窗戶邊，指著窗外說。

　　“啊~，跟剛才一樣”，這時小霞看著外面很驚訝。

　　“剛才是指……”，而小剛則是有點不解。

　　“剛才妙蛙種子被送進來的時候，花瓶裡的花就突然開花啦”，繼續看著外面草叢開花，小霞有點陶醉。

　　“花朵發出亮光了”，

這時小智看著發出亮光的花朵很是高興的說，“皮丘~”、“叫尅布哩”，皮丘和波克比也高興的叫著。　　然後就聽喬伊小姐說了妙蛙種子的傳說，原來是到了某個時期，妙蛙種子就會從各處湧來，聚集在一塊，舉辦進化的慶典。

　　“看來我們是迎接了重要的時刻了”，小剛聽到後發出感慨。

　　“進化是在哪裡發生的?”小霞這時突然問道，看來很是想知道進化的場地，畢竟這是一大奇跡啊。

　　“在被稱為不思議花園的地方哦”，喬伊笑著解釋說。

　　“不思議花園”，小剛重複說。

　　“可是到目前為止從來都沒有人見過那個地方，所以甚至被認為是幻影呢”，喬伊繼續解釋說。

　　“我相信不思議花園一定在某個地方”，這時小智肯定的說道。

　　吃過晚飯後，小霞和小剛開始休息，不過小智知道妙蛙種子要去不思議花園，所以沒有睡覺，一只看著外面，就在這時，小智看到了他的妙蛙種子出了門然後朝著花粉流動的方向去了。

　　“小霞，小剛，皮丘快醒醒”，小智立刻去喊醒小霞他們。

　　“怎麽了小智?”，“皮丘~”，小霞揉著眼睛說，正睡得香呢。

　　“我的妙蛙種子跑出去了，不知去了哪裡”，小智解釋說，而且很是著急。

　　“什麽，那我們趕緊去追吧”，聽到這，小霞立馬來了精神，她也很擔心妙蛙種子，都一起旅行這麽久了，和所有的神奇寶貝都是有感情的。

　　“嗯，我們出發”，小剛也同意的說。

　　“妙蛙種子到底到哪裡去了，我們要怎麽找啊”，出來神奇寶貝中心後，小霞不知道要怎麽辦了。

　　“跟著花粉飄動的方向走，就可以了”，小智則是隨後說，然後大家就向前追去。

　　“這是什麽”，就在大家跑了一段時間後，就看到四周突然出現了許多的藤蔓，小剛看到後驚訝的說。

　　“你們看，藤蔓要把前面的路堵塞起來了”，小霞看著前方這時也立刻說道，畢竟前面就是不思議花園了。

　　“跳”，小智率先跳了過去，小霞和小剛也緊隨其後，終於在藤蔓完全堵塞前跳了過去。

　　“皮丘~”，剛站好就聽到了皮丘的聲音。

　　“怎麽了，皮丘”，小智問道，不過跑過去就看到下面平坦的草地上有好多的妙蛙種子，然後妙蛙種子開始唱歌，就在小智等人吃驚的目光下，那個乾枯的樹開始成長，並且開出了大片的紅花，而且地上也開了好多的小花。

　　“啊，真漂亮”，看到這樣的美景，小霞也有點陶醉了。

　　“怎麽了”，不過這時，地面突然開始震動，不一會兒，就從樹洞裡出來了一隻妙蛙花。

　　“是妙蛙花耶”，小霞看到妙蛙花後說。

　　然後慶典開始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙種子的回應下，妙蛙種子開始吸收飄著的花粉，一個個都進化成了妙蛙草。

　　“我的妙蛙種子呢”，小智知道妙蛙種子應該沒進化，於是尋找著妙蛙種子，可是找遍後都沒有一隻妙蛙種子，全都進化成了妙蛙草，小智非常的納悶，心裡想:難道我的妙蛙種子沒來，不可能，動漫中妙蛙種子不想來都被其他妙蛙種子給綁來了。

　　就在這時，一個喵喵形狀的熱氣球出現了，“…………(火箭隊經典台詞)，哈哈哈——，妙蛙草和妙蛙花，我們就收服了”，武藏一邊說一邊從熱氣球下伸出一個大管子， 而後小次郎按了一個按鈕後，管子就開始吸氣，好多妙蛙草都被吸起來了。

　　“妙蛙草”，小智看到妙蛙草好多都被吸了起來，小智擔心的喊道。

　　“噠呐~”，就在這時一隻妙蛙草突然對著小智高興的叫道。

　　“你是我的妙蛙種子，你進化成妙蛙草了，太好了”，小智終於找到了自己的妙蛙種子，原來它也進化了，小智很高興。

　　“小智恭喜啊”，“皮丘~”，小霞、小剛和皮丘也非常的高興。

　　“好讓我們一起來救妙蛙草吧”，看到妙蛙花已經用藤鞭一下抓住了好多的妙蛙草，但火箭隊加大了輸出，它的腿有點輕微的抬起，小智對著自己的妙蛙草說道，“使用陽光烈焰”，小智看到太陽剛剛升起後，就讓妙蛙草使用了剛學會的最強的陽光烈焰。

　　妙蛙草的背後先是開始吸收太陽能量，而後就看到綠色的能量筆直的射向火箭隊的氣球，打破了裝著妙蛙草們的袋子，而且引爆了氣球，“使用飛葉快刀把袋子劃破”，小智繼續對著妙蛙草說，然後妙蛙草的飛葉快刀把袋子給劃破了，妙蛙草們都出來了，並且都安全著陸了。

　　火箭隊坐在籃子裡掉了下來，被妙蛙花和妙蛙草們的藤鞭給打飛了，“好討厭的感覺”。

　　事情圓滿的解決了，妙蛙花向小智的妙蛙草表示了感謝後就帶著其他的妙蛙草離開了，小智等人也在回會神奇寶貝中心取了東西後繼續向前方邁進了，不過小智臨走前用妙蛙草、3D龍和化石翼龍交換來了傑尼龜、墨海馬和蚊香蝌蚪。