這天，小智等人在旅行途中，順路來到了黑暗市，可是這個城市大白天的一個人也沒有。　　“不太對耶，大白天的，為什麽一個人影也沒看見呢，真的好奇怪”，走在路上，小剛一邊看著四周一邊說道。

　　“皮丘，十萬伏特”，突然從屋頂有人扔下了幾塊石子，小智立刻對皮丘說道，然後石子就被電流擊中了，落在地上。

　　“皮丘”，小智看到石子落到地上後，又再次對皮丘說道，“皮丘~”，被皮丘的電流擊中後就看到有三個小孩子從屋頂掉了下來。

　　“啊，是小孩子耶”，看到孩子掉下來後，小剛很吃驚的說道。

　　“對不起啊，可是，是你們先丟我們石頭的”，小霞立刻走上前去抱歉的說道，畢竟還只是三個孩子嘛。

　　“你們不是神奇寶貝訓練家嗎”，其中一個不太友好的說道。

　　“是啊，我叫做小智，為了成為世界第一的神奇寶貝訓練家，正在旅行的途中”，小智雖然知道這裡的人討厭神奇寶貝訓練家，不過自己的目標是不會改變的，所以解釋說。

　　“我是以成為世界第一神奇寶貝飼養家為目標的小剛”，小剛也隨後說道。

　　“我是世界級的美少女，我叫做小霞”，小霞也最後很開心的說道。

　　“啊，好痛啊”，不過這時她和小剛的頭被其中的一個孩子拿著棍子打到了，而小智則是眼尖的立刻後退了，躲過了這一劫。

　　“不管是訓練家，還是飼育家，前面加了神奇寶貝四個字，我們就討厭”，一個孩子說道。

　　“神奇寶貝哪裡不好了”，而小智則是不同意的說道，自己和自己的夥伴在一起這麽久了，自己很是開心。

　　“請等一下”，就在這時，一個大叔出現了，“對不起，這些孩子好像對你們製造困擾了，你們到我家來一下好不好?讓我好好的向你們道個歉”，大叔抱歉的說，並且邀請小智、小霞和小剛去他家。

　　到了大叔家後，從大叔口裡知道了，為了成為神奇寶貝聯盟正式承認的道館，這裡的亞斯道館和卡茲道館聘請旅行的神奇寶貝訓練家當打手，一有事情就不分場合的搞起神奇寶貝決鬥，而此時皮丘也找到了自己最喜歡的東西，那就是番茄醬。

　　而就在小智等人吃東西的時候，外面傳來一陣騷動，“是亞斯道館和卡茲道館之間的小鬥爭，你們幾個趕快躲到二樓去吧，如果被卷入鬥爭的，那就糟糕了”，大叔趕緊解釋道。

　　“他們常常這個樣子嗎?”到二樓後，看著下面亞斯道館和卡茲道館不斷地大家，而且四周的房屋也受到了波及，小剛對三個孩子說道，不過得到的答案則是肯定的。

　　“他們這樣子不算神奇寶貝決鬥，只是打群架啊，他們是不是對神奇寶貝訓練家的定義有什麽誤解啊”，小霞也說道，並且心裡很是難受。

　　這時一樓突然傳來大叔的聲音，“…………(火箭隊經典台詞)”，大家剛趕到一樓就聽到火箭隊在念開場白，不過這次他們是被卡茲道館聘請了。

　　“火箭隊，是你們”，小智看到火箭隊後立刻說道。

　　“小鬼頭，原來你們也來了，這樣正好，可以一網打盡”，武藏看到小智他們也隨後說道，“阿柏怪，去吧”，然後武藏就派出了阿柏怪，“雙彈瓦斯，你也上吧”，小次郎也派出了雙彈瓦斯。

　　“電擊怪，決定是你了”，小智看到火箭隊派出神奇寶貝後，也立刻派出了電擊怪。

　　“雙彈瓦斯，泥漿攻擊”，小次郎讓雙彈瓦斯使用了泥漿攻擊。

　　“電擊怪，保護”，小智看到雙彈瓦斯的泥漿攻擊，知道若是被擊中的話，會有30%幾率中毒的，所以讓電擊怪使用了保護，然後就看到電擊怪周圍出現了一個保護膜，把泥漿攻擊給隔開了。

　　“電擊怪，電光一閃，然後雷光掌”，隨後就是小智這邊的攻擊了，聽了小智的話，電擊怪快速的向前突進，然後雙手閃著雷光，雷光掌狠狠的打中了雙彈瓦斯，雙彈瓦斯被打了回去。

　　“阿柏怪，毒針攻擊”，武藏看到雙彈瓦斯被打了回來，就讓阿柏怪使用了毒針攻擊，阿伯怪嘴裡吐出紫色的毒針，向這邊打來。

　　“電擊怪，雷光掌擋下”，不過小智這邊讓電擊怪使用了雷光掌，毒針打在雷光掌上，被電流給擊落了，沒有造成傷害。

　　“電擊怪，高速星星;皮丘，十萬伏特”，小智又隨後繼續說道，然後就看到皮丘的十萬伏特的電流加在了高速星星的上面，閃著雷光的星星攻向了火箭隊。

　　“好討厭的感覺啊”，打到火箭隊後，產生了爆炸，火箭隊就這樣飛走了。

　　“我們去阻止他們吧”，小智又再次看著外面的打鬥對著兩個同伴說道。

　　“不行啊，太危險了”，大叔聽了小智的話後立刻擔心的說。

　　“沒事了，這也是修行的一部分啦”，說完小智就率先跑了出去，小霞和小剛也隨後跟了上來。

　　剛出來就看到電擊獸把攻向它的亞斯道館的神奇寶貝全部打倒了，而飛天螳螂也用一字斬打敗了卡茲道館的人。

　　“皮卡丘就決定是你了”，“傑尼龜，你也去”，“六尾，去吧”，小智、小霞和小剛都派出了自己的神奇寶貝，小智是小皮卡丘，小霞是傑尼龜，而小剛則是六尾。

　　“你們是什麽人?”亞斯和卡茲道館的館主看到小智、小霞和小剛派出神奇寶貝後問道。

　　“來阻止你們的人”，小智立刻說道，“皮卡丘，高速星星”，“傑尼龜，使用水槍”，“六尾，火焰漩渦”，隨後大家就一起使用了絕招，高速星星和水槍向著電擊獸衝去，而火焰漩渦則向飛天螳螂打去，電擊獸和飛天螳螂還不知發生了什麽就別打中失去了戰鬥能力。

　　“啊，電擊獸(飛天螳螂)，你們這些小鬼，覺悟吧”，收回了電擊獸和飛天螳螂後，那兩個道館的館主撿起一根木棍後對著小智等人說道，看起來是想要打架。

　　“等一下”，這時，出現了一位穿著長長風衣，帶著口罩的人。

　　“什麽，你是什麽東西”，兩個道館的館主則是說道。

　　“我就是神奇寶貝聯盟派過來的正義的檢查官，去吧，神奇寶貝球”，這個神秘人則是拿出一個寶貝球後說道。

　　“是吉利蛋耶，這就表示是……”，看到放出的吉利蛋，小剛說道。

　　“沒錯，我的真實身份是喬伊，只會利用神奇寶貝來打架的人所開的道館是絕對不可能獲得神奇寶貝聯盟正式承認的”，神秘人摘掉偽裝後，露出了真面目，原來是喬伊小姐。

　　“怎麽會這樣”，“可不可以請你網開一面啊”，聽了喬伊小姐的話，兩個人沮喪的說道。

　　“除非你們又重新再來的決心，怎麽樣?”喬伊小姐微笑著說道。

　　“當然有了”，他們趕緊表態的說，隨後小智就告訴他們先把毀壞的東西複原。

　　事情終於結束了，一行三人告別了三個小孩子後離開了黑暗市，又繼續前進了。