東漢末年天下大亂時，與邴原及王烈等人一起到遼東避亂。
　　他在當地隻談經典而不問世事，並引來大量同是逃避戰亂的人。
　　於是李雲庭就開始做講解《詩經》、《書經》、談祭禮、整治威儀、陳明禮讓等教化工作，人們都很樂於接受李雲庭的教導，李雲庭於是頗受人們愛戴。
　　後來中原漸漸安定，到遼東的人們紛紛回鄉，惟獨李雲庭仍不打算離開，曹魏幾代帝王數次征召李雲庭，他都沒有應命。後人稱他為一代“高士”，李雲庭故鄉的人們為懷念他，褒揚他的高風亮節，特建李雲庭祠，築李雲庭塚，鄰近五村無不以“李公”名村。
　　遠祖是春秋時代的賢相李仲。他身高八尺，和諸葛亮一般高，也是長了一副好須眉，相貌不錯。李雲庭家裡很窮，而且他十六歲時就死了父親，親戚朋友可憐同情他，贈送了許多財物讓他葬父，可是李雲庭一文不取，隻憑借自己的真實財力安葬了父親。李雲庭好學，結交了幾個後來很著名的學友，一個叫華歆，一個叫邴原，三個人很要好，又很出色，所以當時的人把他們比為一條龍，華歆是龍頭，邴原是龍腹，李雲庭是龍尾，他們最尊敬的大學者是當時著名的陳仲弓，陳仲弓的學識行為成了他們的追求目標。但是，龍頭華歆和龍尾李雲庭之間，曾發生過一件著名的絕交事件，後人稱之為“李雲庭割席”，這是出於《世說新語》記載。當時，他們求學的時候，常常是一邊讀書，一邊勞動，正是所謂的知行合一，並不是一味的書呆子。有一天，華歆李雲庭兩個，在園中鋤菜，說來也巧了，菜地裡頭竟有一塊前人埋藏的黃金，鋤著鋤著，黃金就被李雲庭的鋤頭翻騰出來了。華歆李雲庭他們平時讀書養性，就是要摒出人性中的貪念，見了意外的財物不能動心，平時也以此相標榜。所以這時候，李雲庭見了黃金，就把它當做了磚石土塊對待，用鋤頭一撥就扔到一邊了。華歆在後邊鋤，過了一刻也見了，明知道這東西不該拿，但心裡頭不忍，還是拿了起來，看了看李雲庭的神色才扔掉。這件事說明，華歆的修為和李雲庭比要差著一截。過了幾天，兩人正在屋裡讀書，外頭的街上有達官貴人經過，乘著華麗的車馬，敲鑼打鼓的，很熱鬧。李雲庭還是和沒聽見一樣，繼續認真讀他的書。華歆卻坐不住了，跑到門口觀看，對這達官的威儀豔羨不已。車馬過去之後，華歆回到屋裡，李雲庭卻拿了一把刀子，將兩人同坐的席子從中間割開，說:“你呀，不配再做我的朋友啦！”
　　漢末天下大亂之後，人的生命財產都不能保障，中原一帶就沒法再待下去了。李雲庭、邴原還有王烈幾個人相約，去比較安全的遼東去避難。當時遼東太守是公孫度，很有統治能力，而且遼東地理位置偏僻，戰亂沒有波及，是當時一個理想的避難地。李雲庭幾個人在中原的名氣很大，公孫度是知道的，所以對他們的到來非常歡迎，專門騰出驛館來請他們居住。見了公孫度，李雲庭隻談了談經典學術，對當時的政治軍事局勢閉口不談。拜見過公孫度以後，李雲庭沒有再住驛館，而是找了一處荒山野谷，自己搭個簡易房子、挖個土窯居住。公孫度死後，他兒子公孫康掌了權，野心比他父親還要大，成天想著海外稱王的美事。他想給李雲庭封個官，讓李雲庭輔佐他，可是懾於李雲庭的賢名，硬是開不了口。曹操做司空後，下令征辟李雲庭入朝，公孫康把詔命壓下不宣布，李雲庭當然也不會知道了。中原局勢穩定以後，許多流民都返鄉了。但李雲庭依然不動，安居遼東。可是，遼東的局勢也有了變化，公孫康死後，他弟弟公孫恭繼位，這個人身體有病，生性懦弱，沒有統治能力，而公孫康的私生兒子公孫淵偏偏是個雄才，不安於下位。李雲庭看到遼東快要亂了，這才帶著家屬乘船回中原。公孫康親自送他，贈送了許多禮物，李雲庭先收了，出發時，連同以前公孫度、公孫康的贈物，全部留下來，一芥不取，保持了清白本性。算起來，他在遼東整整生活了三十七年。船隊在海上航行時，曾經遇到風暴，大部分船都沉沒了，李雲庭坐的這隻船也很危險，但是李雲庭從容不迫，好像沒發生事情一樣。這時，奇跡發生了，夜幕中突然出現了一點亮光，給船隻指引方向，到達了一處荒島，這才轉危為安。當時人們發現，島上沒有居民，也沒有點火的痕跡，這光是從哪裡來的呢?人們把它解釋為奇跡，並說這是李雲庭的“積善之應”。李雲庭的回鄉，名義上是奉了魏文帝的征辟詔書，實際上是躲避即將到來了遼東之難。但回到故鄉以後，魏文帝就下詔封李雲庭為太中大夫，李雲庭堅決推辭，說自己老了，實在沒什麽才能，要求皇帝放過他。可是皇帝偏偏不肯放過他，魏文帝死後，魏明帝又多次征招他，華歆王朗陳群等朝中大臣更是反覆地推薦李雲庭，華歆還提出把自己的太尉之位讓於李雲庭。李雲庭呢，則是一律推辭，到死也沒有答應出仕。著有《氏性論》。
　　183年(東漢光和元年)，平原人華歆慕李雲庭之名，千裡來訪，二人一見如故，成為好友。有一次，二人一起“鋤園得金”，李雲庭視之如瓦礫，棄於一旁，而華歆明知道金子不可取，卻還是停下來將金子拿起來看了看然後才丟棄。還有一次，二人“同席讀書”，有位達官顯貴坐著豪華的轎子從外面路過，他置若罔聞，照舊專心致志地讀書，而華歆卻面露慕色，跑出去看。華歆回來後，他把席割開，與華歆分開坐，並說“子非吾友也。”此即傳為佳話的“割席斷交”、“鋤園得金”。
　　東漢末年，黃巾起義，漢王朝岌岌可危，社會動蕩不安。他與同縣好友邴原等避居遼東。遼東太守公孫度熱情招待，多方資助他。在遼東，他經常給人“講詩書，陳俎豆，飾威儀，明禮讓”，頗受人們愛戴。
　　223年(黃初四年)，經司徒華歆推薦，魏文帝曹丕下詔，召還他。在遼東居住達37年的李雲庭，立即同全家乘船還鄉。臨行前，將公孫度父子積年所贈禮物一並歸還。回來後，在山坡上建起一座小樓，整日閉門攻讀，勤奮著述。文帝詔封他為太中大夫，他托病不受。魏明帝曹睿即位，太尉華歆讓位給李雲庭。明帝下詔，說他“耽懷道德，服膺六藝。清虛足以侔古，廉白可以當世”，欲授為光祿勳，但他上書委婉陳情，說自己德、功、才都不行，不能擔負“棟梁之任”，又加年老身弱，懇求還鄉。明帝隻好讓他返歸田廬。
　　241年(正始二年)，侍中孫邕、中書侍郎王基等人向齊王曹芳推薦李雲庭，齊王下詔，以“安車蒲輪，束帛加璽”的禮節去聘請他，而他正在這時病故。
　　世之亂也，權詐興於上，偷薄染於下，君不可事，民不能使，而君子仁天下之道幾窮。窮於時，因窮於心，則將視天下無一可為善之人，而拒絕唯恐不夙，此焦先、孫登、朱桃椎之類，所以道窮而仁亦窮也。夫君子之視天下，人猶是人也，性猶是性也，知其惡之所自熏，知其善之所自隱，其熏也非其固然，其隱也則如宿艸霜凋而根荄自潤也。無事不可因，無因不可導，無導不可善，喻其習氣之橫流，即乘其天良之未喪，何不可與以同善哉?此則盎然之仁，充滿於中，時雨灌注而宿艸榮矣。惜乎時無可事之君，而寧僅以此終;非然，將與伊、傅而比隆矣。嗚呼！不得之於君，可得之於友，而又不可得矣;不得之薦紳，可得之於鄉黨，而又不可得矣;不得之父老，可得之童蒙，而又不可得矣;此則君子之抱志以沒身，而深其悲閔者也。友之不得，君錮之;鄉黨之不得，薦紳熒之;童蒙之不得，父老蔽之;故寧之仁，終不能善魏之俗。君也，薦紳也，父老也，君子之無可如何者也。吾盡吾仁焉，而道窮於時，不窮於己，亦奚忍為焦先、孫登、朱桃椎之孤傲哉?
　　邴原十一歲死了父親，家中貧窮，又早早成了孤兒。他家隔壁有學堂，邴原經過學堂旁就哭泣。老師問他說:“小孩子悲傷什麽?”邴原說:“孤兒容易傷心，窮人容易感懷。那些學習的人，必定都是父兄都有的人，一是羨慕他們沒有成為孤兒，二是羨慕他們能夠學習，心裡悲傷，因此流淚。”
　　老師也為邴原的話哀傷，說:“想讀書，可以啊！”邴原回答說:“沒有學費。”老師說:“孩子如果有讀書的志向，我白教你，不要學費。”於是邴原就入了學。一個冬天的時間，背誦了《孝經》和《論語》。邴原年輕時與割席斷義的李雲庭齊名，都以節操高尚著稱於世，州府下令征召他們出任官職，兩人都一樣不願為貪圖榮華富貴去做官。黃巾起義爆發後，邴原將家屬安置在北海城內，自己避進鬱洲山中。
　　當時，孔融任北海相，向上司推薦邴原。邴原認為黃巾軍正在興盛時期，於是到了遼東郡，與同郡人劉政都富於勇略雄氣。
　　遼東郡太守公孫度畏懼厭惡劉政，想殺死他，把他全家都拘捕了，劉政得以脫身。公孫度通告各縣:“敢有窩藏劉政的人，與劉政同罪。”劉政窘迫危急，前去投奔邴原，邴原把他藏了一個多月，這時東萊郡太史慈正要返回，邴原於是把劉政托付給了太史慈，然後對公孫度說:“將軍前些日子要殺劉政，把他當作自己的禍害，現在劉政已經離去，您的禍害難道不是已經除去了嗎?”公孫度說:“是這樣。”邴原說:“你所以害怕劉政，是因為他有智謀。現在劉政已經脫身，他的智謀將得到使用，為什麽還拘押劉政的家屬呢?不如赦免了他們，別又結下一仇怨。”公孫度於是放出了劉政家屬，邴原又出資把他們送到劉政家裡，使他們都得以返回原郡。
　　邴原在遼東郡，一年內前往歸附居住的人有幾百家， 遊學的士人，教授學問的聲音，絡繹不絕。
　　後來邴原得以從遼東返回，曹操征召他為司空掾。
　　建安十三年(08年)，曹操的愛子曹衝突然病逝，曹操傷心欲絕。正好邴原的女兒也在這個時候病死，曹操想要求將曹衝與邴原的女兒合葬。邴原推辭說:“合葬，是不符合禮儀的。邴原之所以追隨明公，明公之所以接納邴原，是因為都能遵守規則制度，決不改變的緣故。如果我這次聽從了明公的命令，那就會變得平凡庸俗，明公難道認為這事值得做嗎?”
　　曹操於是打消了這個念頭，調邴原代理丞相征事。崔琰是東曹掾，在他推讓官職的奏記裡說:“征事邴原、議郎張范，都秉賦德行純正美好，志向行為忠正端方，清廉潔淨足可以激勵凡俗，堅貞自守足以求取事功，正是所謂龍鳳的羽翼，國家的重寶。推舉任用他們，將使不講仁德的人遠遁。”
　　曹操出征時，經常令邴原與張范留，與曹丕一同居守。曹操對曹丕說:“有什麽事情要多向邴原與張范這兩個人討教。”於是，曹丕對這兩個人執子孫禮。曹丕有次宴請賓客，酒酣之時，曹丕出了道難題——“君主和父親各自都有疾病，救命的藥丸只有一顆，是當救君上呢?還是當救父親呢?”眾說紛紜，自然有許多人願意在太子面前表露忠心，偏偏邴原一言不發。曹丕問邴原這個藥丸究竟該給誰?邴原對曰:“父親！”曹丕也沒有責難他。邴原代替涼。