在原作的第一部快要完結時，主角團們會知道一個，對於他們來說極其殘酷的，有關整個世界的真相。

　　從來就沒有所謂的寬恕和原諒，人類始終是赤與藍之神的棄民，蓋亞教廷對當年所述的一切全是謊言。

　　七賢者的死因並不是自裁謝罪，實際上他們從未向神靈屈服過，如今的人世間都是他們奮戰的結果。

　　所謂的神造之神赫爾梅斯，實際上是一種類似高達機甲的巨型構物，由黑白使徒作為其核心操控它進行滅世。

　　在當年那場千年滅世之中，負責操控赫爾梅斯的白翼使徒伊麗絲，在關鍵時刻被七賢者之首伊扎克成功策反。

　　他們聯合起來襲擊了黑翼使徒伊邪麗絲，雖然沒有將她徹底消滅，但也成功斬斷半邊翅膀，導致黑翼使徒隕落。

　　隨著白翼使徒被策反，並導致了黑翼使徒的隕落，神造之神赫爾梅斯終於停止，赤與藍之神授意的滅世也無果而終。

　　之後七賢者與白翼使徒繼續聯合，讓白翼使徒伊麗絲假扮為現世神蓋亞，編造了如今蓋亞教廷的宣傳口徑。

　　但他們確實終止了假學的傳播，因為說到底使徒並不是主人，無法真正的操控神造之神赫爾梅斯。

　　如果讓假學繼續在世界傳播，黑霧汙染的面積持續不斷擴大，那麽就會有新的黑白使徒誕生，操控赫爾梅斯完成那未完成的滅世。

　　所以七賢者主導成立的蓋亞教廷，才以一種一刀切的方式，將舊日假學的一切給盡數埋葬。

　　還在蓋亞教廷之上成立秘密的內院，他們清楚千年滅世時發生的許多真相，職責就是在七賢者都不在以後，繼續領導這個世界埋葬假學。

　　白翼使徒伊麗絲的壽命並非無限，當她死後由提前培養的複製人，繼續扮演現世神蓋亞的角色，於是真相就這麽被一代代的隱瞞與傳遞下去。

　　然而等到系列的第二部時，新一批主角團們才會在不斷的冒險中，知道了真相背後的真相。

　　赤與藍之神並非是世界的創造者，他們是從外星降臨而來的侵略者，這個世界真正的神靈是所謂“綠之神”。

　　綠之神作為土著神靈，根本無法擊敗能夠星際旅行的赤與藍之神，於是縮到了世界最深處苟延殘喘。

　　但他終究是這個世界的本源意識，權柄並沒有被徹底剝奪，所以依舊能夠通過另一種形式，不斷影響被赤與藍之神掌控的外界。

　　比如黑霧在正常情況下，是不會造成前文提到的那種影響，只是一種正常的汙染現象而已。

　　之所以這個世界中會導致自然枯萎，被黑霧感染的動植物，對人類——確切地說是赤與藍之民——有著極強的憎恨，這都是源自綠之神的影響。

　　但綠之神的真正殺招在於“千年之獸”，原作中關於千年之獸的信息並不多，所以不少是戴文瓘的推測。

　　雖然說千年之獸的誕生和黑霧有關，但千年之獸和假學之間應該不是強關聯，真正孕育他的是文明程度而非假學本身。

　　千年之獸應該是一種因文明到達一定程度，就會誕生出來毀滅世界的存在，只不過七賢者這一次輪回體現為假學。

　　因為在他們成功停擺赫爾梅斯，將假學給徹底埋葬以後，並不能完全阻止千年之獸的誕生。

　　然而赫爾梅斯誕生的最大目的，並不是毀滅觸怒赤與藍之神的人類文明，而是為了保證人類文明不因為千年之獸而被徹底摧毀。

　　赤與藍之神似乎必須要離開這個世界一段時間，

為了防止世界被徹底毀滅，他們才創造了神造之神。　　赫爾梅斯沒有足夠的力量擊敗千年之獸，所以赤與藍之神的對策別出心裁，赫爾梅斯不需要擊敗千年之獸。

　　所以赤與藍之神並未因人類發展假學而憤怒，之所以要讓神造之神赫爾梅斯滅世，恰恰是為了讓人類更久遠的生存下去。

　　這就是神造之神赫爾梅斯的使命，通過輪回滅世防止千年之獸誕生，這樣雖然人類文明會從零開始，但人類本身卻不會徹底滅亡。

　　然而這種千年輪回在上一次出了問題，由於七賢者策反了白翼使徒，導致千年滅世被提前終止，千年之獸第一次真正的誕生了。

　　於是七賢者在戰勝赫爾梅斯後，又面臨著千年之獸這個可怕的敵人，好在他們得到了意想不到的幫助。

　　大概是因為當年創造千年之獸的時候，綠之神還太年輕太幼稚，因此對赤與藍之神帶來的一切充滿憎恨。

　　但經過這麽多年的觀察後他發現，誒原來人類文明這玩意對神靈是有好處的呀，所以說固然對赤與藍之民依舊憎恨，但他也不希望世界被徹底毀滅。

　　可顯然千年之獸是一段被寫死的代碼，即便是它的創造者綠之神，現在也沒有辦法進行修改，這就仿佛是已經進入社會成為社畜的自己，看到當初中二時期的產物時一樣。

　　但歸根結底祂畢竟是千年之獸的創造者，於是綠之神與七賢者聯手，通過綠之使徒創造出了，專門針對克制千年之獸的黑耀大劍，最終成功肢解並斬殺了千年之獸。

　　然後就是七賢者和綠之神的翻臉，畢竟他們的立場從一開始就不相同，假學是真的有危害，然而這種危害是可以緩解的，那就是只要封印乃至重創綠之神便可以。

　　於是七賢者製造出誅神塔，試圖朝著地心來一發誅神之刃，可惜被綠之神提前察覺，派遣綠之使徒做了手腳。

　　最後就遊戲目前的情況來看， 除了一個帕拉迪翁以外，其他留人全部死在了誅神塔當中，而帕拉迪翁卻也不回歸蓋亞教廷，就這麽詭異的開始在世界各處遊蕩。

　　不過這個計劃在遊戲第二部被重新啟用，綠之神雖然沒死但也被重創到昏迷，黑霧終於變成一種正常的汙染了。

　　遊戲第三部的視角轉移到樹羅大地，這裡面居住著綠之神創造的綠之民，故事主線是綠之神重傷後，給樹羅大地帶來的嚴重衝擊。

　　不得不說綠之神是真的拉胯，完全不懂應該怎麽培育一個文明，樹羅大地的綠之民完全被養肥了。

　　比如說他們的種田方式，就是從綠之神祭司那裡領取神水，灑在田地上一直祈禱，然後田地便能豐收了，這也是為什麽綠之神被重創後，樹羅大地直接半身不遂的原因。

　　然後第二部中被表明是悲情人物的赤與藍之神，他們的立場在第三部又發生了一次反轉。

　　遊戲中亦正亦邪的浮士德，在第三者視角中直言不諱的說道:必須有人在赤與藍之神回歸之前“登上王座”，否則整個世界都將遭到毀滅。

　　這段對話揭示出赤與藍之神，對赤與藍之民也未必是善意，他們當初的離去恐怕不是自願，留下神造之神赫爾梅斯恐怕也另有所圖。

　　但這一切背後的原因到底是什麽，很遺憾其實鍾善澤也不知道，因為遊戲出到第三部就太監了。

　　這距離第三部都已經十幾年過去，公司就不斷的用這個IP，出一些從手遊到頁遊到端遊的產品，反正一直沒把第四部的坑給填上。