戚繼光來到京城後不久，就發現如今朝廷內部紛繁複雜，這主要是由於徐階和高拱的首輔之爭造成的。

　　徐階是隆慶帝朱載垕的老師，有師生之誼，高拱則是隆慶帝潛邸時的謀主，有從龍之功，他們一個是內閣首輔，一個是內閣次輔，在朝堂上都炙手可熱、位高權重。

　　之前有嚴嵩這個權奸作為共同目標，二人結成聯盟，互相配合，也算默契。但嚴嵩下台後，他們在執政理念和思路上發生巨大分歧，徐階雖然也倡導吏治清明，但還是以沿襲舊政為主，代表了朝堂內保守派力量，而高拱主張銳意改革施以新政，是革新派的代表，最終兩人反目成仇，竟至相互攻訐。

　　此時的張居正雖已入閣，但資歷尚淺，未能掌握實權。他所處的地位也很尷尬，徐階是他的座師，對他有知遇之恩，而高拱是他的好友，思想理念相近，所以只能選擇兩不相幫，但他心底是站在高拱這一邊的，曾多次向徐階說高拱的好話，希望能彌合兩人的嫌隙。

　　與老謀深算的徐階相比，高拱還是嫩了點，被徐階借胡應嘉、歐陽一敬的彈劾所逼，被迫稱病離京。但因為此事，徐階也漸漸失去隆慶帝信任，心灰意冷，多次請求致仕，只是朝廷暫時離不開他，而未獲批準。閣臣之間的相互傾軋，政見不一，導致朝綱不振。

　　戚繼光此時胸中湧動的都是剛剛平息海疆的豪邁和激情，滿腦子都想著北上練兵，橫掃漠北，好建立不世之功勳，沒有慎重的思考朝堂之上的權利之爭。他很快就向朝廷上《請兵破虜四事疏》，對練兵、軍餉、製兵器、均賞罰等有關事宜，提出了有效的解決辦法。得到了隆慶帝的高度重視，很快就召他覲見，並召集群臣就此事廷議。

　　二月，在朝堂上，隆慶帝詢問戚繼光戍守北疆的禦敵之策，他向隆慶提出了上、中、下三策:

　　練十萬兵，成節製之師，可以遠征韃靼，掃除心腹之患，一勞永逸。然後將他們分遣九邊，再帶領九邊守兵訓練，從而九邊士兵都成強兵，那時全國軍事力量就會大大增強，此為上策。

　　其次，練兵五萬，雖然不能進剿韃靼，也可使其不敢南犯，保邊境數十年之安，此為中策。

　　再次之，練兵三萬，只能加強防禦，待敵來攻之時，乘隙一擊，也有可能成功，實乃下策。

　　戚繼光認為自己的議論鞭辟入裡，提出的辦法也切實可行，所以他雄心勃勃，滿以為這上中下三策中，朝廷至少會從中選一策。

　　隆慶聽了也有些意動，對於大明的歷代皇帝來說，如果能消滅蒙古余孽，徹底掃清北邊的軍事威脅，絕對是一個可以昭告祖廟、名垂千古的功績。

　　但戚繼光沒想到自己這三策竟捅了文官集團的馬蜂窩，尤其激怒了保守派的勢力，在朝堂上引起軒然大波。

　　兵部尚書霍冀帶頭反對，認為邊兵的節製調度均有兵部負責，武官只需負責訓練作戰即可，其它的不需要去管;很多守舊老臣也對戚繼光的主張提出責難，說他想擅兵專權;甚至有言官對他進行誹謗，說他意圖不軌。一時間朝堂上混亂不堪，隆慶帝隻好宣布此事暫且擱置，容後再議，廷議最後草草收場。

　　這完全出乎戚繼光的意料，他散朝後專程去拜見張居正，誠心向他求教解惑。

　　戚繼光問道:“太嶽兄，我北上練兵本就是兵部的計劃，為何霍冀等兵部官員會帶頭反對?”張居正苦笑道:“元敬，你在東南太過順遂，

譚綸對你全力支持，從無掣肘，讓你對這滿朝文官產生了誤解啊。”　　見戚繼光還沒有明白，他進一步解釋道:“我大明在開國以來，就一直堅定不移地實施以文官為主，以文製武的官僚體系。重文輕武已經深入人心，各地兵力的節製調度、後勤補給均由兵部和當地督撫州縣負責，這裡面牽涉到從兵部到地方各級官員的巨大利益。你的練兵之策卻幾乎顛覆了這一體系，這些文官怎麽能不反對?”

　　戚繼光聽完恍然大悟，自己為了提高練兵及作戰的效果，提出由自己總管邊兵各項事宜，這實際上是觸動了以兵部為主的眾多官員的利益。

　　他又問道:“我自東南以來，披肝瀝膽，一心報國，從無二意，為何言官卻彈劾我擅兵專權，意圖不軌?”

　　張居正正色道:“我朝武將隻負責作戰，其他事宜均有文官製衡，就是怕武將擅專兵權，對皇權造成威脅。你的禦敵三策切實可行，卻意味著戍北的邊兵從選兵、訓練、作戰、後勤等方面均有你負責，這幾乎等於是你的私兵，除了我和譚綸等幾個了解你品格操守的人，又有誰敢接受啊。”

　　戚繼光不解地追問道:“如此說來，東南的戚家軍不就相當於我的私兵，為何他們卻並不在意?”

　　張居正肅然道:“之前就有言官以此彈劾你，只不過戚家軍兵力只有萬余，威脅有限，為了抗倭大業，他們也就忍了，現在你提出的可是十萬精兵，如果盡皆是你的私兵，一旦起兵造反何人能製?”

　　戚繼光聽完不由得冷汗濕透了後背，如果和意圖謀反掛上鉤，只怕自己危在旦夕。

　　看到戚繼光臉上擔憂的神情，張居正笑道:“元敬不必擔心，聖上宅心仁厚，不會相信你意圖不軌的彈劾，不過以後你要小心從事，萬不可再授人以柄。”

　　戚繼光這才放下心來。聽了張居正的分析解惑，戚繼光終於明白自己的問題，不僅動了別人的奶酪，還試圖以一己之力改變現行制度。

　　確實如張居正所言，東南有譚綸的堅定支持，他才可以完全按自己的意圖行事，順利剿滅倭寇。這讓他有點得意忘形，也犯了和俞大猷一樣的錯誤，說到底戚繼光還是一名武將，有時難免冒出單線思維的缺陷。

　　廷議之後開始不斷有人上奏彈劾戚繼光，果然如張居正所料，隆慶帝仁厚，並不相信戚繼光打算謀反，也沒有處分他。只是戚繼光練兵禦敵的計劃和北上鎮邊的任命都被暫時擱置了。

　　不久兵部尚書霍冀上奏朝廷，將戚繼光留在京師，僅任命他擔任神機營副將，以從一品位階擔當正二品的官職，這已經是算是降職了。

　　更糟糕的是戚繼光多年謹小慎微，才和文官集團打好的關系也隨之破裂了，尤其被很多保守派文官視為眼中釘肉中刺，為他今後的工作帶來了諸多不便之處。戚繼光為自己慮事不周付出了慘重代價。

　　神機營是京師三大營之一，設副將二人，這也是三十年前他的父親戚景通曾擔任過的職務。神機營雖轄兵六千，卻多與朝中權貴勾連，營伍懈馳，空編甚重，上面還有主將製衡，根本無法按自己的意圖進行訓練，戚繼光對此深為失望。

　　三月，為了實現自己的理想，戚繼光專門寫了一篇長文《請兵辨論》，在這篇論中，他對之前練兵策略進行了大量修改，盡量不涉及制度性的改變，在一定限度內做出了最大的讓步，試圖說服文官集團，同意他練兵的建議，但卻無人理會。戚繼光在京城坐困愁城，無計可施，內心無比鬱悶。