在拓也、輝二等孩子們成功回到人類世界後，他們的武裝暴龍機也最終全部失去能量，重新變回了手機。然而接下來發生的事，卻完全出乎了三大天使與十鬥士的預料，這一切不過是光明獸的陰謀，光明獸-撒旦形態在通往人類空間的隧道關閉的一刹那，吸收數碼世界，再次重生。
危急關頭，三大天使向虛空辟開一條通往未知的通道，然而十鬥士缺少孩子們的力量，只能攜帶數碼世界最後的淨土，三顆月亮的數碼，向著未知領域逃難。
三大天使在斷後之時，被光明獸擊敗吸收。
光明獸緊跟在十鬥士的身後，穿過隧道，來到寶可夢的世界，意圖將黑暗重新播撒在新的土地上。
驚醒的寶可夢神明―阿爾宙斯，在驚險的纏鬥中將其封印，但邪惡的光明獸同時也給予了其重創，光與暗由此迎來了平衡，然而數百年後是否光明淨化了黑暗，亦或是黑暗吞噬了光明，仍然猶未可知。
十鬥士能否重建自己的家園，與寶可夢世界的生靈攜手開創新的未來，就取決於他們的信念與意志了。