離開了平柑島之後，小智一行人繼續坐著拉普拉斯在海上旅行著。

　　突然，兩艘快艇貼著小智的拉普拉斯過去了，小智一行人也被濺起的水淋成了落湯雞。小霞氣呼呼地喊道:“撞到人怎麽辦啊?”小建有些不解地問道:“船開那麽快幹什麽啊?”小智順著快艇的方向看去，立即發現了一座島嶼:“那兩艘船應該是要去那座島上的。”小建說道:“我們也去看看吧，說不定是什麽有趣的事呢！”小霞也好奇，想去看看。小智見兩個同伴都想去看看，也點了點頭，對拉普拉斯說道:“那麽，就拜托你了，拉普拉斯。”拉普拉斯就向那座島遊去。

　　小智一行人跟著來到了這座島，登島後，小智收回拉普拉斯，放出兩隻伊布:“拉普拉斯，回來吧，辛苦你了。出來吧，伊布。”皮卡丘和波克基古看到兩隻伊布出來了，立刻就和伊布們開心地玩在一起。

　　這時，旁邊傳來聲音:“電視機前的各位觀眾們，我們現在終於來到了這座有問題的小島上，探索這座無人島，相信對於絕種的化石寶可夢——化石盔的迷團將會有進一步的了解，”小智一行人向旁邊看去，發現是一群人在進行節目錄製。

　　在那群人走後，小霞好奇地問道:“化石盔的秘密?”小建想去了解一下情況，建議道:“我們也去看看吧?”雖然他當時被小智和小霞的化石盔嚇了一跳，但是並不妨礙他對化石盔的化石感興趣。小智和小霞見來都來了，也就同意了:“好吧！”

　　於是，小智一行人就向那群人的營地走去。到達營地之後，就聽見那個記者說:“為了正式地進行發掘調查，他們已經在此建立了扎營基地。”然後那個記者指著一塊化石繼續說道:“大家看到了，這個就是造成這次話題的化石盔的化石。幾天前，一個漁夫用漁網捕獲的。根據寶可夢博士的鑒定，現在已經證實，這就是貨真價實的化石盔化石，又經過多方鑒定，終於得知化石是從這座島漂流出去的。”

　　聽到這話，小建非常興奮地說道:“太好了！是真正的化石盔化石耶！”小霞在一旁爆出消息:“其實化石盔小智也有，他還有鐮刀盔，菊石獸和多刺菊石獸，以及一隻化石翼龍呢！”小建聽了小霞的話，吃了一驚:“什麽?小智，你有這麽多化石寶可夢啊！請一定要讓我觀察。”小智回答道:“它們現在都在大木博士的研究所呢，反正你以後要去，到時候再看吧，你可以好好觀察。”

　　小霞在得知這件事情的真實情況後，就興趣缺缺地說道:“我們還要待在這裡參加挖掘化石嗎?”小智想了一下，說道:“反正來都來了，就一起去看一下吧。”

　　小智一行人就走了過去，看到一個記者正在采訪一名喬伊小姐，感到十分驚訝，畢竟，喬伊小姐平時都是坐鎮在寶可夢中心的。

　　面對記者的采訪，喬伊小姐說:“這次發掘調查的主要目的:調查化石盔這種絕種寶可夢的生態，並且解開化石盔精髓的秘密。”記者發問:“化石盔精髓的秘密?”

　　喬伊小姐點了點頭，繼續說道:“一直流傳在各地的傳說中，化石盔的精髓能夠製造長生不老藥。為了解開這個迷團，我們希望找到大量化石盔化石。只要解開了這個迷，對於促進醫學的進步肯定有幫助。”說完，就調整好隊伍繼續出發了，而小智一行人也跟在隊伍的後方。

　　一路上，卡蒂狗走在前探路，豪力在後面背東西。來到了一處叢林中，

突然，卡蒂狗叫了起來“wan！wan！”一人問道:“卡蒂狗，怎麽了?”喬伊小姐也走過去問道:“出什麽事情了嗎?”那人說道:“不知道，但是卡蒂狗發現了什麽。”喬伊小姐環顧四周，沒有任何發現。　　就在這時，前方陡坡上一塊球形的大岩石滾了下來，大家都開始向後退。小霞也趕緊將波克基古叫到身邊:“波克基古，快回來。”波克基古聽到後立刻飛回小霞身邊。小智對身邊的兩隻伊布下達指令:“伊布，使用挖洞，將地挖松。”兩隻伊布迅速下潛，巨石到達伊布挖洞的地方的時候，隨著一聲響，巨石陷了下去。小智摸了摸兩隻伊布的頭，稱讚了一番:“辛苦你們了！”

　　隨後，大家在喬伊小姐的帶領下繼續前進。終於，在走過一段路後，大家到達了喬伊小姐所說的目的地。

　　於是，那些人開始派出各種大型寶可夢:豪力，鑽角犀獸之類，開始挖掘工作。而小智一行人則悠閑地坐在一旁休息。

　　就在這時，一堆岩石從上面滾下來了。喬伊小姐立刻喊道:“大家快逃！”大家慌忙四散開來。小智則馬上反應，讓皮卡丘和伊布進攻:“皮卡丘，鐵尾;伊布，雙重暗影球。”皮卡丘和伊布成功地將落下來的岩石打碎了。

　　喬伊小姐看到小智用寶可夢將岩石打碎後，迅速反應過來:“鑽角犀獸，把岩石破壞掉;豪力，擋下岩石。”立刻就模仿小智用寶可夢來擋岩石。

　　危機解除，小霞覺得有些不對勁，便說:“現在的岩石崩塌和之前的大岩石，看起來像是有人要對付我們啊。”喬伊小姐聽到小霞的話後同樣這麽覺得，可能這就是所謂的女人第六感吧！小建說出自己的看法:“哪會呢?只是巧合罷了。”他不認為有人想要置這裡這麽多人於死地。

　　突然，波克基古像是發現了什麽似的，向一個方向飛去。小霞看到波克基古飛了出去，喊道:“波克基古，你要去哪裡啊?”小智立刻跟上去，小霞和小建見狀也跟了上來。在看到波克基古追著一個人後，小智立刻喊道:“站住！岩石就是被你推下的吧?”前面的人現身了，是一位老大爺，對小智一行人說道:“立刻離開這座小島！這座小島不是隨便讓外人進來的地方！”

　　這時，喬伊小姐也趕到了，問道:“這麽說，剛才的兩次岩石也是你推下來的了。”老大爺也大方地承認了:“沒有錯！”

　　采訪記者對攝像機說:“沒想到會碰到這種事情，突然出現的神秘老人企圖妨礙調查隊的工作。”老大爺則是對著鏡頭說道:“我叫田所，是住在隔壁島的老好人。”看來這位田所老大爺對上電視的事還是很感興趣的。小霞上前對老大爺氣呼呼地說道:“你這是什麽老好人啊?只會打擾大家的工作。”老大爺不服氣地說道:“我之所以那麽做，可完全是為你們著想！”

　　這話小智可太熟了，引起了一些不好的回憶，毫不客氣地說道:“你這是什麽意思啊?我們都是成年人了，你別在這裡倚老賣老！”雖然小智知道劇情，但是這個老大爺說的話做的事確實過分了。

　　老大爺大聲地說道:“這個島有個傳說:小島一但被破壞，血紅色的月亮照耀的時候，海上會被黑暗籠罩，到時候馬上就會有大災難的發生。這是一個迷。總之，破壞小島，一定會有悲劇發生。”喬伊小姐聽了後立刻解釋道:“您誤會了，我們沒有想過破壞小島，我們只是想找化石盔的化石進行研究而已。”老大爺固執地說道:“那也不行！你們現在就離開這座島！”

　　小建看不下去了，開口反駁:“那你呢?你之前幾次三番將大岩石推下來，破壞程度比我們要更大吧?”小霞點了點頭，讚同小建的說法。

　　就在這時，一個人拿著幾個化石盔化石跑過來，對喬伊小姐說道:“找到了，我們找到了化石盔化石了。”然後都沒再管老大爺了，跑去看化石了。來到了一處山洞，進入一看，裡面全是化石盔化石。喬伊小姐激動地說道:“一點也沒錯！這就是化石盔化石啊！”這趟探索沒白來。

　　就在這時，洞內開始震動，好像要發生地震似的，喬伊小姐立刻查看四周，沒發現什麽，疑惑地說道:“這是怎麽回事啊?”

　　“……(火箭隊經典登場台詞)”念完登場台詞後，武藏率先說道:“本來想追皮卡丘的，沒想到會找到有這麽多寶貝的寶島，真是太棒了！”喵喵舉著一塊化石盔化石說道:“這些化石我們火箭隊可拿走了啊喵！”

　　小智立刻讓伊布戰鬥:“想得美！伊布，雙重暗影球！”看到兩顆暗影球攻來，武藏和小次郎派出自己的寶可夢來對戰:“小鬼頭，不要妨礙我們，阿柏怪，出來吧！大食花，你也出來！不要！不是我了！要吃的人在那邊啊！”可憐的小次郎，又被大食花吞了。

　　“阿柏怪，毒針攻擊;大食花，溶解液。”小智和火箭隊兩邊的攻擊碰到了一起，相互抵消了。

　　“伊布，使出電光一閃！”兩隻伊布快速地撞向阿柏怪和大食花，把它們直接撞飛了。

　　就在這時，喵喵把熱氣球降了下來，喊道:“快點上來啊！”武藏和小次郎迅速登上熱氣球，三人得瑟地說道:“哈哈哈！化石盔化石我們就笑納了！”

　　不知何時一輪血紅色的圓月出現在大家的頭頂，天空也變得異常的黑暗，整個景色如同世界末日一般，小智心說:該來的還是來了。火箭隊三人組還在得瑟:“哈哈！這個感覺太棒了啊喵！紅色的月亮也在為我們加油！”

　　突然，血月散發血光，化石盔化石全都動起來了。小霞見到這一幕，大吃一驚:“這些化石盔都活過來了！”小建猜測道:“難道……這些化石盔本來就是活的，只是因沉睡變成了化石的樣子?”

　　這時，化石盔開始動起來了，老大爺大喊:“快點離開這座島！”火箭隊那邊，複蘇的化石盔一下就把氣球給捅破了，一聲“好討厭的感覺啊！”火箭隊三人組又化作流星飛走了。

　　大家跑出洞，回頭一看，化石盔接連不斷地掉落。喬伊小姐大膽猜測道:“難道這座島是在化石盔化石上築起來的?”小智心說:你真相了，喬伊小姐。小建也發現了問題:“這麽說的話，這座島馬上要沉了?”

　　田所老大爺向所有人喊道:“所有人，立刻到森林裡去，傳說中，災難發生的時候，人類必須進入森林中，然後立刻製作竹筏。”

　　然後所有人都進入森林裡，一起同心協力做竹筏，小島也在進一步地崩塌，當竹筏完成的時候，大家立刻站到竹筏上，海水也灌了進來。

　　小智派出拉普拉斯，跳到拉普拉斯的背上，把小霞和小建拉上去，對拉普拉斯說:“拉普拉斯， 拜托你了。”小霞也派出寶可夢來幫忙:“大家，出來吧！”傑尼龜，墨海馬，瑪瑙水母，蚊香蝌蚪出現在眾人眼前，小智和小霞異口同聲地說道:“大家一起快點把竹筏往前拉。”

　　最後大家都有驚無險地離開了小島，那座島也在這時完全沉沒了。看著黑壓壓的化石盔，小霞心有余悸地說:“跟傳說一模一樣啊！”

　　就在這時，喬伊小姐和記者對老大爺道歉:“對不起，田所先生，如果我們一開始就聽您的話，就不會發生這種事了。”田所欣慰地說道:“這樣就好！這樣就好啊！”小霞目送化石盔們向遠方前進著，感慨道:“不知道這些化石盔要去哪?”小智猜測道:“我想它們應該是去找新的棲息地了。”

　　就在這時，小智的其中一隻伊布衝著血月叫了起來，身體發出耀眼的白光，小霞和小建震驚地看著這一幕:“這……是進化?”白光散去，一隻全身黑色，帶有金色的圓圈，紅色，不，應該是血色眼睛的寶可夢出現了。小智見自己這隻月亮伊布的眼睛是血色的，猜測應該是受血月的影響。

　　小建不認識這隻伊布的進化型，問道:“小智，這只是什麽伊布啊?”小智解釋道:“月亮伊布，惡屬性，月光寶可夢，伊布在和訓練家的親密度達到一定程度後，晚上就會進化成月亮伊布。”

　　小建興奮地說道:“太厲害了，沒想到除了火伊布，水伊布，雷伊布之外，伊布還有其它進化型。”說完，就開始觀察起來。

　　小智一行人在天亮之後就辭別了喬伊小姐繼續踏上旅途。