回到真新鎮，小智和花子就分開了，花子直接回家，而小智帶著皮丘和喵喵去大木博士的研究所接回魔尼尼。不過喵喵會說話的情況還是被大木博士發現了，大木博士對喵喵爆發出了極大的熱情。畢竟這可是他見過的第一只會說話的寶可夢。

　　大木博士想到了讓喵喵作為翻譯官來和其它寶可夢溝通，還將喵喵介紹給了其他地區的寶可夢博士，小智也沾了喵喵的光，提前認識了各個地區的寶可夢博士。不過，喵喵就苦了，當起了翻譯官，每天都有答不完的話。不過喵喵畢竟是小智的寶可夢，加上小智的家離得近，所以喵喵每天還是要回小智家的。

　　就這樣，終於來到了小智旅行前夜。花子已經將小智的行李都準備好了，小智的那隻皮丘也在之前進化成皮卡丘了，終於要進化成皮神了！皮丘成功進化的時候，把小智激動得一夜沒睡，同時。小智也發現自己的這隻皮卡丘竟然是搭檔皮卡丘。值得一提的是小茂也提前獲得了一隻寶可夢，是一隻鑽角犀獸。

　　第二天早上，小智終於要出去旅行了，帶著花子準備的行李，和皮卡丘一起前往大木博士的研究所拿寶可夢圖鑒和精靈球了。小智旅行並不打算帶上喵喵，因為小智需要喵喵在大木博士的研究所照顧在旅行途中收服被傳送回的寶可夢們。而魔尼尼則是爸爸留給媽媽的寶可夢，日後會進化成魔牆人偶，可以幫媽媽做家務，因此，小智也就放棄帶它出去了。所以小智就和原劇情一樣，帶著皮卡丘去旅行了。

　　到了大木博士的研究所後，小智就碰見了小茂。兩人一見面小茂就一臉不爽地說:“小智，你這家夥終於來了，你再不來，就沒法知道我選擇什麽寶可夢了。哦，對了，我聽說，你放棄選禦三家成為初始寶可夢了，真可惜耶。”小智心說:我現在已經有了三隻寶可夢了，而且都不是一般的寶可夢，沒錯，無論是前世被人們稱為皮神的皮卡丘，還是會說話的喵喵，都是如同外掛一般的寶可夢。對於損友小茂的嘲諷小智只是一笑而過。大木博士這時出來對小茂道:“小茂，你還選不選了?不選就讓其他人先選。”小茂聽到這話著急地說道:“來了！”之後就去拿寶可夢了，生怕別人拿走了他中意的寶可夢。跟原劇情一樣，選擇了傑尼龜。小智看到小茂選擇了傑尼龜，心道:果然如此！小茂選擇好寶可夢之後就開著跑車走了。

　　因為小智之前自動放棄了禦三家，聯盟也作出了補償，給了小智一個特權:聯盟將不會過問小智的寶可夢的來源，也就是說，小智想要收服什麽寶可夢都可以，就算是神獸，只要是被小智收服了，就是小智的。這個特權也許對其他人來說沒有任何用處，但是對於熟悉劇情的小智來說卻是非常有用處的。不過小智也沒打算濫用這個特權，因為有些神獸小智對其並不感興趣。

　　就這樣，小智拿了寶可夢圖鑒和精靈球之後帶著皮卡丘向著常青森林的方向出發了。