小智一行人經過漫長的旅途，在今天終於來到馬察市。由於在路上一直迷路，這時一行人坐在公園的椅子上，稍作休息後，但皮卡丘還顯得很累，可達鴨也從精靈球中出來，小霞在一旁看著可達鴨糾結著。

　　小智一行人到達寶可夢中心後，就看到喬伊小姐正左一個電話右一個電話，非常地忙碌著，而吉利蛋也到處急匆匆地跑。小剛不解地問道:“發生什麽事了?”喬伊小姐解釋道:“是這樣的，從早上就接到很多投訴電話，說是傳送的寶可夢沒有傳送過去。”這時，一旁一個戴著老花眼鏡看起來像科學家的大叔說道:“這不可能，這套傳送裝備是我親自製作的，不管是硬件還是程序都是沒問題的。”突然，那個大叔像發現了什麽，立刻跑了出去。

　　喬伊小姐也向小智一行人介紹了那位大叔——秋葉原博士。並且拜托小智一行人去秋葉原博士問一下到底發現了什麽。

　　小智一行人就在喬伊小姐的指路下來到秋葉原博士這裡。這時，突然冒出秋葉原博士的頭，把小霞嚇了一跳。仔細一看，原來是影像投射器。隨後，小智一行人就在影射器的指路下進入裡面。

　　進到裡面後，秋葉原博士就讓小智一行人進入一個玻璃罩內，秋葉原博士對小智說道:“準備！”小霞一臉懵逼地問道:“準備什麽?”隨後，秋葉原博士就將罩子關閉，並且向小智一行人解釋了原因:火箭隊偷走了秋葉原博士製造的多邊獸零號機，並且利用它來進入網絡世界，寶可夢中心那些沒有傳送的寶可夢就是火箭隊在搞鬼！

　　知道了原因的小智一行人就同意了秋葉原博士的話，秋葉原博士也答應事後會給一定的報酬。

　　就這樣，小智一行人進入到了網絡世界。小霞一邊下降一邊問道:“這是哪兒?”而小智則在一旁回答:“網絡世界，我們已經進入到了網絡世界。”不過，小智也不確定。畢竟這是件令人匪夷所思的事。小剛也急匆匆地說道:“好了，現在不是聊天的時候。”

　　小智也立刻派出多邊獸:“多邊獸，決定是你了。”多邊獸一出現就接住了小智一行人，小智對多邊獸說:“拜托你了，多邊獸，帶我們去找火箭隊吧。”

　　隨後就在多邊獸的背上，一行人沿著一條路線開始前進。很快就到達了火箭隊面前，小智立刻說道:“火箭隊，又是你們！”

　　“……(火箭隊經典登場台詞)”

　　小霞也大聲喊道:“火箭隊，就是因為你們，寶可夢中心才陷入一片混亂的。現在立刻出去！”

　　喵喵是看到小智一行人立刻慌亂地說道:“又是你們這些小鬼頭啊喵。”武藏和小次郎則是派出自己的寶可夢戰鬥:“上吧，阿柏怪，雙彈瓦斯。”喵喵則很有氣勢地喊道:“在網絡世界裡展現出你們的勇氣吧喵！”然後阿柏怪和雙彈瓦斯就攻向小智這邊。面對氣勢洶洶的阿柏怪和雙彈瓦斯，小智對多邊獸下令:“多邊獸，三重攻擊。”黃色，藍色，紅色三股交纏的能量形成三角狀，直接把衝過來的阿柏怪和雙彈瓦斯打了回去。並且三重攻擊有一定的幾率使對手灼燒，冰凍，麻痹的，不過這次沒有觸發。

　　喵喵看著小智的多邊獸對武藏和小次郎說道:“我們也派出多邊獸吧喵。”然後火箭隊就派出了他們從樹葉原博士那裡偷來的多邊獸零號機，而小智則是讓多邊獸繼續戰鬥:“多邊獸，再次拜托你了。”然後就看到多邊獸零號機使出撞擊向小智這邊過來，不過，多邊獸使用高速移動避開了，隨後，一道黃綠色的信號光束打向了多邊獸零號機。

　　小智這時對小霞和小剛說道:“小霞，小剛，我們一起趁著這個時間修一下線路，使寶可夢傳送恢復正常吧！”因為小智知道時間緊迫，不然可能會被喬伊小姐弄來的疫苗消滅掉的，小霞和小剛也開始在小智的指輝下修線路，在小智一行人修線路的時候多邊獸也順勢將多邊獸零號機打趴下了。

　　這時，秋葉原博士也聯系上了小智一行人:“不好了，你們趕緊出來吧，喬伊小姐已經請來專家，準備使用強力疫苗，再不來就要被消滅掉了。”小智一行人和火箭隊三人組一聽這話，小智將自己的多邊獸收回，就立刻一起坐在多邊獸零號機上逃出了網絡世界。

　　逃離網絡世界之後，火箭隊三人組對小智一行人放了下狠話，就馬上跑路了。小智一行人也懶得搭理他們，就去了寶可夢中心休息了一晚上。

　　第二天早上，小智一行人去了秋葉原博士那裡領取了報酬後，就繼續踏上旅行之路。