小智在獲得橘子聯盟的勝利者杯後，決定在柑橘島上再休息一晚，明天一早就回真新鎮。於是，小智就帶著小霞去逛去玩了，小建則留在寶可夢中心整理他的觀察資料。

　　時間來到第二天早上，小智一行人乘著拉普拉斯踏上了歸家的旅途。

　　值得一提的是:小智一行人來到凸橙島後，發現島上已經到處都是頑皮雷彈了，小智和小建也都一人收服了一隻。小霞沒有收服，因為頑皮雷彈不是水系的寶可夢嘛！小智一行人也結識了強哥，於是，在強哥的口中得知開往真新鎮的聯絡船要解決這些頑皮雷彈之後才能出發。於是，小智一行人就幫忙解決這次頑皮雷彈事件。小智一行人也辭別強哥，搭上了去真新鎮的聯絡船。

　　第二天，小智一行人下了聯絡船的小智一行人，終於走到了真新鎮，小智激動地大聲呼喊:“真新鎮！我小智回來了！”皮卡丘和波克基古也開心地叫起來。小霞走到波克基古的旁邊，說道:“波克基古，你看，是不是很懷念啊?”

　　小智走到家門口，推開自己家的門:“我回來了！”喵喵和耿鬼，還有魔牆人偶出來對小智打招呼:“歡迎回來，桀！喵！”

　　小智也和他們打招呼:“喵喵，耿鬼，你們還好嗎?”小建看到小智的喵喵和耿鬼都會說話，瞬間產生了很大的興趣，連忙拉著兩隻寶可夢去做記錄了。

　　這時，一個情理之中，意料之外的人出現了;他就是——小剛！小剛也跟小智和小霞打起了招呼:“小智，小霞，歡迎回來！”

　　一見小剛，小霞就問道:“小剛，你怎麽會在這裡啊?還有，內木博士怎麽樣了?”小霞終於問到小剛的痛處了，然後就看到小剛毫無元氣地躺在地上蜷縮著，嘴裡不停地說著:“拜托你不要再提了……不要了……已經沒有了啊……要被榨幹了啊……”後面的兩句只有小智聽到了。小智憋著笑意，心想:難怪會這樣，原來真相是這樣啊。

　　這時，花子也回來了，見到小智一行人在家裡，說道:“你們回來了啊！歡迎回來！”皮卡丘和波克基古立刻就跑到花子的懷抱中，花子也逗著皮卡丘和波克基古玩，小智也迎上去:“我回來了！”花子對小智點了點頭，又看向小霞，對於小霞作為自己的兒媳婦，花子是極其滿意的。

　　小智將自己的橘子聯盟徽章和勝利者杯拿出來遞給花子:“媽，這是我在橘子聯盟的獎杯和徽章。”花子接過獎杯和徽章，對小智說道:“好！好！我會放到你的房間裡的。”

　　這時，小建已經迫不及待地要去大木博士研究所了，於是小智，小霞，小剛，小建一行四人跟花子打了聲招呼，就向大木博士研究所的方向出發了。

　　進入大木博士研究所後，小智喊道:“博士，在嗎?”大木博士在屋裡出來後，看到是小智來了，打了個招呼:“是小智來了呀！”然後就看到了波克基古，問道:“咦?這只是?”小霞解釋道:“這是波克基古啊，是波克比的進化型。”

　　大木博士一副感興趣的樣子:“原來進化後就會飛了啊！你好啊！波克基古！”小建則是非常激動:“大木博士，很高興能見到你。”大木博士也和小建打了個招呼:“哦！是小建啊！見到你我也很高興。”之後，小建看到旁邊架子上滿滿當當的精靈球說道:“大木博士收藏的精靈球好多啊！”大木博士說道:“哦?你說這些啊?這些不是我的，是從真新鎮出發的訓練家們寄放在這裡的。

”小智看著這些精靈球，發現有赤虹，大木青綠，碧藍，小黃，花子等人的精靈球。有些疑惑:原劇情中應該沒有這些精靈球吧?還有媽媽花子竟然也是一位訓練家?　　然後，大木博士對小智一行人說道:“好了，我帶你們參觀後院吧。”說完，就帶領小智一行人到後院裡，到了後院不久，地面突然震動了起來，小霞立刻問道:“啊?怎麽了?地震了嗎?”

　　小建看向遠方朝這邊飛奔過來的寶可夢們，說道:“是寶可夢！它們正在向這邊過來了！”小剛也看向那邊，說道:“是小智的寶可夢們啊！”小智也十分高興，把帶在身上的寶可夢放出來了:“大家都出來吧！”隨後，就和寶可夢們打招呼:“大家都過得還好嗎?”

　　小建看著小智的這些寶可夢們，說道:“小智的寶可夢好多啊！”隨後看向和巨大大比鳥以及巨大鑽角犀獸並肩的巨大大岩蛇，說道:“原來小智還有一條這麽大的大岩蛇啊！”隨後看向小智的化石盔，鐮刀盔，菊石獸，多刺菊石獸，化石翼龍，小建直接驚呆了:“那些化石寶可夢都是小智的?”小剛點了點頭:“是的！”

　　隨後，小建就拿出筆和畫板:“這是寶可夢和訓練家之間的友好相處啊，我一定要畫下來！”然後就開始畫起小智和他的寶可夢們。

　　大木博士在旁邊看著，對小建說道:“你畫得相當不錯呢！”這時，小建也向大木博士說出自己的請求:“我有些報告，希望博士能看一下，可以嗎?”大木博士回復道:“看下你的報告啊?沒問題。當然了，你以後可以住在這裡哦！”小建一聽，激動地問道:“真的嗎?大木博士，多謝！”

　　這時，小霞對小智說道:“對了！小智，我想讓我的海刺龍進化成刺龍王，看著你的刺龍王，我覺得好酷啊！”小智也對小霞說道:“那正好，我的鑽角犀獸也需要進化。我們去連接交換機那邊吧！”說完，就和小霞一起去機器所在的地方。

　　隨後，小智把鑽角犀獸叫過來，小霞也將海刺龍從精靈球裡放出來。之後，小智給鑽角犀獸戴上護具，又給海刺龍戴上龍之鱗片，將兩隻寶可夢收回精靈球，然後把精靈球放到機器上，連接交換完成，小智和小霞拿著精靈球將寶可夢放出來:“出來吧！”兩隻寶可夢出來後，就發出進化之光，分別進化成了刺龍王和超甲狂犀。

　　就在這時，地面突然又開始震動起來，小建不解地問道:“這又是怎麽回事?”小剛左手指著窗戶說道:“你們快看外面。”然後大家就看到研究所被帳篷包圍起來。

　　“……(火箭隊經典登場台詞)”又是火箭隊三人組登場了。

　　小智友好地打了個招呼:“火箭隊，你們好啊！”小剛感慨地流下了淚水:“哇！太懷念他們的登場台詞了！”小次郎和武藏同時說道:“研究所的寶可夢們我們都要帶走了。”

　　“你們想得美！正好，我的寶可夢剛進化，你們和它打一場吧，超甲狂犀，就決定是你了！”小智派出了剛進化的巨大超甲狂犀。

　　“好，我也參戰！蚊香君，可達鴨，我沒叫你啊！那你就去吧！”小霞本來想派蚊香君的，可是可達鴨又自己從精靈球中出來了。

　　“大舌頭，你上吧！”武藏派出大舌頭。

　　“大食花……都說了多少次了?不是我啊！你的對手在那邊！”小次郎派出大食花，不出意外又被吞了。

　　“大舌頭，使用舌舔。”武藏指著超甲狂犀對大舌頭下達命令。

　　“超甲狂犀，岩石封鎖。”小智讓超甲狂犀用出岩石封鎖，大量的岩石塊向大舌頭砸過去，把大舌頭的舌頭擋下來了。

　　“大食花，給我上！”小次郎這邊擺脫了大食花後，立刻就對大食花下令。

　　“快出來了！快出來了！好！可達鴨，使用念力。”小霞激動地看著可達鴨被咬住腦袋，可達鴨出現了頭痛欲裂的表情，而後，可達鴨閉上眼睛後突然睜開，並且發出藍色的光芒，大食花不能動了。

　　“可達鴨，就是這樣，扔飛它！”小霞對可達鴨說完，可達鴨就把大食花扔飛出去。小霞見可達鴨恢復正常，立馬就跑過去，抱著可達鴨，說道:“可達鴨，你還是挺厲害的嘛！”可達鴨不明所以地歪著頭。

　　“超甲狂犀，使用尖石攻擊。”小智也讓超甲狂犀進攻，被控制住的大舌頭就這樣被尖石擊飛了。

　　這時，火箭隊的喵喵說道:“今天的戰鬥不止有寶可夢，還有秘密武器啊喵……”突然，小智的喵喵和耿鬼出現了:“吃我一記亂抓！”火箭隊的喵喵叫了一聲:“啊！好痛啊喵！你們幹什麽啊喵?”小智的喵喵哈哈大笑道:“哈哈！你們是不是忘了還有我們倆啊?老頑童，上！使用暗影球！”耿鬼桀桀一笑:“桀桀！小喵咪，不和他們多玩會嗎?”喵喵道:“快點打完，快點收工！”於是，耿鬼使出暗影球砸向火箭隊三人組，在一聲“好討厭的感覺啊！”中開始了飛天之旅。

　　火箭隊三人組飛走後，小智問道:“大家都沒事吧?”耿鬼和喵喵回答道:“沒事。”

　　就在這時，小茂出現了:“你還是這麽厲害啊，小智！”身後還跟著一隻超甲狂犀，但是，體型就比小智的超甲狂犀要小太多了。

　　小建走向前去觀察小茂的超甲狂犀了:“這隻超甲狂犀發育得相當好啊！”大木博士解釋說:“那是因為小茂這半年一直都在和青綠一起做特訓呢！”

　　小茂突然向小智發出挑戰:“小智，自從石英大會結束後，我就一直以趕超你為目標而努力訓練著，現在我要向你挑戰！”

　　對於挑戰，小智是不會拒絕的:“小茂，我接受你的挑戰。”

　　“去吧！大比鳥，就決定是你了！”小智派出了巨大大比鳥。

　　“是巨大大比鳥啊！去吧，伊布。”小茂派出的是伊布。

　　“大比鳥，使用羽毛舞。”

　　“伊布，用反射壁。”

　　小智見小茂讓伊布用反射壁就知道小茂以為羽毛舞是攻擊技能，但是小茂一看無事發生，驚訝道:“什麽?”小智隻好解釋:“羽毛舞不是攻擊技能哦！小茂，接下來到我了，大比鳥，使用飛沙腳。”

　　“伊布，使用影子分身。”小茂的反應還是很快的，伊布立刻製造了好幾個分身，飛沙腳只打中了其中的四個，而且還沒有命中本體。

　　“大比鳥，使出龍卷風。”小智知道這個時候要使用大范圍攻擊技能才行，巨大的龍卷風把伊布和影子分身都卷了進去，影子分身都消失不見，本體也被卷出去。

　　“伊布，加油啊！使用猛撞！”

　　“大比鳥，高速移動避開。”

　　看著衝向大比鳥的伊布，大比鳥沒有選擇正面對碰，而是暫避鋒芒，用高速移動避開了攻擊。

　　“大比鳥，再來一次龍卷風。”小智讓大比鳥繼續用龍卷風來攻擊，伊布根本來不及避開，又被擊中了。

　　“伊布，別這樣就輸了，使出火箭頭錘！”看樣子小茂打算一招定勝負了，不過，也可以看出這隻伊布剛出生不久，技能都很普通。

　　“大比鳥，龍卷風再用一次。”小智依舊讓大比鳥使用龍卷風，伊布這次撞到了龍卷風裡面，被卷暈了過去。

　　大木博士來宣布比賽結果:“伊布失去戰鬥能力，大比鳥勝利！所以，這次比賽結果是小智勝！”

　　小茂收回了伊布，對小智說道:“伊布，回來吧！沒想到我跟著爸爸修行了這麽久，還是沒法打敗你，不過，我是不會放棄的，小智，你等著，我會繼續努力，直到超過你為止。”說完，獨自一人離開了。小智目送小茂離開，心中默默地說道:我等著你，小茂。

　　之後，小智將科拿送的寶可夢蛋交給大木博士，拜托大木博士將它孵化，小建就留在大木博士研究所，小智，小霞，小剛三人回到了小智的家中。

　　接下來，小智就在家中陪著媽媽花子和女朋友小霞，一家人其樂融融地度過了幾天平常的日子。值得一提的是:科拿送小智的寶可夢蛋也在這幾天成功孵化了，是一隻小海獅，小智也用精靈球將小海獅收服了。