[[[CPW:210H:140A:CU:/chapters/20134/8/2660177635009866381693750775830.jpg]]]MS-06A型雖然性能出色，但武器種類的繁複製約了它的大規模量產。出於成本以及核裝備的考慮，在基茜莉亞建議下對A型進行再度的改良，這就是MS-06C初期量產型扎古Ⅱ。C型的肩部裝甲在A型的基礎上又進行了改良(釘狀肩甲)，另外對機體所使用的反應爐和動力傳送系統的性能也進行了提高。由於武器上采用了核彈頭火箭筒，為了屏蔽放射線，機體還采用了多重空間裝甲，大幅增加了機體的重量。U.C.0078年1月，MS-06C正式開始量產，前後總計生產了236架，在一年戰爭初期的一周戰爭、魯姆會戰中大出風頭，取得了壓倒性的戰果，是一年戰爭開戰時吉翁軍的主力機體。在南極條約簽定後，核武器被禁止使用，從此以後，C型拆除了防核裝置，不再生產，改為生產F型。