盡管申時行深受萬歷帝的信任，又身居首輔之位，但他遠不能達到張居正的影響，這從近來明廷兩件事就能看出端倪。

　　張四維之父去世，他隻得回家守喪。在其離開後不久，內閣中的其他兩人呂調陽和馬自強也相繼病死，隨後新進余有丁、許國、王錫爵和王家屏四人，申時行自然成了資歷最老的一位閣臣。

　　許國、王錫爵的裡籍與申時行都屬南直隸，算是同鄉，三人關系極為密切。而王錫爵在嘉靖四十一年(1562年)與申時行同榜登科，還有這樣一層情分。

　　王錫爵能入閣得到了禦史李植等人的力薦，他曾反對張居正“奪情”，因此有些名望。李植等人與申時行不合，推薦王錫爵入閣，原是為了削弱、牽製申時行的權力。誰知，王錫爵入閣後很快便與申時行抱成一團，成為其最親密的盟友。剩下的余有丁和王家屏勢單力孤，只能依附於申時行、許國、王錫爵三人。

　　張四維當首輔時，追隨張居正的改革派便受到反對派的誣陷，申時行上台後，改革派立即對其竭力巴結。申時行不太讚同張四維“非黑即白”的做法，但當他掌權後，又不得不沿用張四維的路子走，企圖居中調和，務為寬大，並起用穩重守成的官員，緩和朝中矛盾。這便是為何要稱他是“裱糊匠”的原因。

　　申時行這種“兩邊討好”的做法，引起了禦史言官的不滿。

　　禦史、給事中等言官借著申時行廣開言路的機會，紛紛指斥張居正秉政時，遏阻言路，歷數其罪行。申時行作為張居正的“心腹”之一，自也被言官們含沙射影。

　　一向性格寬厚的申時行亦被這幫人惹毛，後來實在忍無可忍，遂與言官們公開交鋒，想方設法貶黜那些攻擊張居正進而涉及到他自己的人。

　　萬歷十二年(1584年)，禦史張文熙上疏，歷數之前閣臣專恣自斷的四種表現:各部各院都設《考成簿》，記錄官吏功過，送內閣考察升降;吏部、兵部掛選官員，都得經內閣認同;督撫巡按辦事，無不密謁內閣大臣請教;內閣首輔奉詔擬旨，獨自行事。

　　申時行急忙上疏論爭，對前三條，他認為是內閣的職權范圍許可的，內閣中有徇私舞弊的可罷黜，但若因有一二個閣臣徇私舞弊就把內閣的職權削弱，未免因噎廢食。對最後一條，他說內閣首輔奉詔擬旨，曾無專斷之舉，都同內閣其他大臣商議。萬歷帝覺得申時行講得有理，遂絀張文熙之議不用。

　　這一次試探，並未使言官們就此罷休。

　　緊接著，禦史丁此呂上疏揭發禮部侍郎高啟愚主持南直隸鄉試時，出題《舜亦以命禹》，是想勸進張居正當皇帝。萬歷帝將他的奏疏批示申時行處理。申時行言:“丁此呂以這種暖昧問題陷人於死罪，臣恐讒言接踵而至，不是清明的朝廷所應有的。“吏部尚書楊巍秉承申時行心意，建議將丁此呂貶出京師，萬歷帝采納。

　　這一下惹怒了眾言官，給事中、禦史王士性、李植等紛紛上疏彈劾楊巍與申時行，蔽塞言路。萬歷帝又覺得言官們講得有理，詔令罷免高啟愚，丁此呂留任。

　　申時行見狀，遂與楊巍一同上疏辭官。內閣大臣余有丁、許國上疏反對留任丁此呂，許國是申時行的好友，采取一致行動，也上疏辭官，向萬歷帝施壓。於是，萬歷帝乃維持原來的判決，貶丁此呂出京。言官們群起攻擊許國，申時行奏請按情節輕重懲治眾言官。

　　言官們與閣臣由此愈發對立，

有如水火。後來由“壽宮有石”之事，更是掀起了明廷的朝堂D爭。　　說回正題，申時行雖然支持拉攏宋洲，換得遼東的安定，但他也不敢冒這個險，讓言官們找到攻訐自己的口實。

　　籠絡提議，最後是由遼東巡撫提出，申時行只不過順水推舟，將遼東巡撫的上疏送到了皇帝的案頭。萬歷帝一看這封奏疏覺得大為可行，若每年隻用幾十萬錢的“歲幣”，換得遼東與西北一樣太平，那不就省卻了海量的邊備開支。

　　萬歷帝可是個很會花錢的主。萬歷十年，弟弟潞王完婚，宮廷動用了各色金三千八百六十九兩，青紅寶石八千七百余顆，銀十萬兩，珊瑚珍珠兩萬四千余顆。光邊備軍費就讓萬歷帝挪用了九十多萬兩，整個京城的珠寶甚至一度都被皇室買空，時言:“京師雖百貨所萃，此等珍奇與日用粟帛不同，即召商湊買，難以時刻取盈。”

　　見皇帝意動，申時行趕忙建言，可以先派人前往遼東與宋夷探探口風。

　　萬歷帝欣然接受了這個提議。

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　　五月初的東北大地已經回暖， 亦河堡周圍的村落，農人開始了春播。

　　明朝禮部官員郭懷安看著堡外阡陌縱橫的農田，不由得失神。出邊關一路行來，朝中諸公所稱的“宋夷”治下，田地溝壑整治得井井有條，百姓安居樂業，少見有與明朝流民遍地的場景。宋洲人自稱宋末漢人遺民，這一點如今看來，倒也所言非虛。

　　“郭大人，剛剛有宋洲兵差傳話，說他們負責接洽的上官趕回了！”一隨從跑來稟報，打斷了郭懷安的思緒。

　　“回了便好，快命人為我更衣！”郭懷安催促道。

　　換上大明官服，郭懷安在宋洲接待人員的領路下，與蔣勇碰了面。

　　雙方自報家門，郭懷安聽對方是個武夫，心中有些輕視。

　　蔣勇隨意抱了抱拳，示意對方落座，又命人準備茶水。

　　郭懷安對武夫的不通禮節，不以為意，坐下後，講明了自己的來意。

　　能與明朝修好，安心清掃西面的韃靼人，對宋洲有百利而無一害，中樞自然樂意見到。但談判嘛，總得有商有量，能在明朝身上多撈一點好處，何樂而不為。不過，當蔣勇聽到郭懷安報出的價碼後，立刻大失所望，明朝還真把宋洲當做與韃靼人一樣的“叫花子”。

　　“貴使所言之事，我要回總督府商談一番，才能給出答覆！”蔣勇瞬間沒了興致，敷衍道。

　　郭懷安知自己報出的條件沒讓對方心動，隨即湊近，壓低聲音道:“將軍可知‘將在外，軍令有所不受’的道理，如果將軍能一言而決，我朝封將軍為王，也未嘗不可！”