1937年8月11日，國民政府軍事委員會為了防備日本海軍溯長江而上，命令海軍布控沉船淤石，阻塞江陰附近航道，先後共沉大小軍艦、商輪35艘，民船鹽船躉船193艘，石子7000多方;同時在江面布雷，構成一條堅固的水中封鎖線，並派海軍第一艦隊四艘主力艦泊受封鎖線內側。

　　8月16日，日軍出動飛機空襲泊守的中國軍艦，要突破江陰防線。中國海軍官兵奮起抗戰，以艦上的高射炮、高射機槍擊退了日軍一次又一次的進攻，與日機周旋30余天。但最後終因力量懸殊，江陰失守。

　　江陰戰役後，國民政府幾乎失去了所以的海軍部隊，自然無法控制長江。而位於長江以北的日軍和偽蒙軍隊則開始渡江，開始封鎖南京守備軍的北退路線，並準備協助從上海登陸的日本軍隊圍攻南京。民國二十六年(1937年)12月1日，日軍攻佔江陰要塞;是日，日本參謀本部據松井石根的要求，下達大陸令第八號:

　　“華中方面軍司令官須與海軍協同，攻佔敵國首都南京”。

　　日軍第10軍遵照方面軍的命令，部署第114師團沿溧陽、溧水公路向南京南部方向攻擊前進;第6師團沿廣德、洪蘭埠公路，在第114師團後，也向南京南部方向攻擊前進;國崎支隊沿廣德、郎溪公路進佔太平(當塗)，爾後渡江迂回至浦口附近，切斷南京守軍北退之路;第18師團經宣城向蕪湖進攻，切斷南京守軍西退之路。

　　從12月3日至6日，經過4天的戰鬥，日軍正面的第18師團、第9師團突破守軍第83軍及第66軍的警戒、前進陣地，佔領了句容，進至句容以西的黃梅、土橋及湖熟鎮一帶，並有一部兵力由右翼深入到孟塘、大胡山附近;第114師團突破了守軍第72軍及第74軍的警戒、前進陣地，佔領了溧水，進至溧水以北之秣陵關、陸朗鎮及江寧鎮一帶。

　　這時，日軍右翼的天谷支隊和第13師團正向鎮江、靖江進攻中，左翼的第6師團正向秣陵關前進中，國崎支隊和第18師團正向當塗、宣城進攻中。到12月8日下午，中國軍隊幾乎丟掉了所有南京外圍陣地。開始退守南京城。然而在南京城被攻佔之前，城防司令唐生智唐喊出了

　　“誓與南京共存亡”

　　的口號，並將兩岸船隻搜羅一空，除了留了少數船隻其余全部焚毀！有的線路已經封鎖，沒關系的出不去了。又由於內遷費用昂貴，撤離人數太多，導致交通資源緊缺，不管船票、車票，一票難求。而在軍隊決定撤退之前，為了阻擋日軍進城，國軍把南京的北門給封死了，這一封門不但沒有阻擋日軍，反到封死了當時兩三萬難民逃出南京城出路。

　　盡管在南京保衛戰前夕，南京居民(包含各類機構)就開始搬遷，在面對日寇來勢洶洶，南京政府和百姓共同發力，得以讓NJ市(含郊縣)的居住人口在1937年6月至12月半年內從101.5萬減少至約50萬，但仍有無數來不及撤退的平民慘遭日軍的鐵蹄蹂躪。