四月二十五日，燕軍與南軍在靈璧附近進行主力決戰。此戰燕軍幾乎集結了所有精銳兵將，而南軍方面最能打的將領之一徐輝祖卻被調回了南京。燕軍依靠騎兵優勢騷擾南軍糧道，南軍的普通將領毫無辦法，迫不得已，由平安親自率兵護衛糧草。

　　四月二十七日，朱棣親率精銳襲擊平安，將其與南軍主力一分為二。南軍何福等部全力救援，卻被燕軍伏兵擊退。

　　戲劇性的一幕再次出現，南軍原本計劃於二十九日凌晨突圍，以三聲炮響為號;但燕軍也計劃於二十九日凌晨發動總攻，同樣以三聲炮響為號。

　　結果，當燕軍總攻的炮聲響起，南軍以為是己方的突圍信號，紛紛奪路而逃，南軍指揮完全失靈。燕軍趁勢進攻，南軍幾乎全軍覆沒。

　　此戰除何福等少數人逃跑之外，南軍被俘將領三十七員，四名宦官，朝廷大員共一百五十多人。降兵、戰馬、裝備物資等不計其數。

　　此後，燕軍在江北，再無敵手。半個多月的時間，泗州、盱眙、揚州、高郵等或被攻克，或直接投降，燕軍把戰線推進到長江一線。

　　這次，建文帝方面是徹底怕了，派出慶城郡主(朱棣的堂姐)來談判，想要割地求和。面對如此局勢，朱棣自然是不可能答應，和談失敗。

　　與此同時，南京方面，很多心思活泛的官員將領，有了自己的小九九。

　　比如這位，李景隆。

　　李景隆兩次進攻燕軍失敗，損兵折將，回到南京後，遭到禦史大夫練子寧、宗人府經歷宋征、禦史葉希賢等人的輪番彈劾，就連當初舉薦他的黃子澄也請求誅殺李景隆。對此，朱允炆一概不聽。

　　等到朱棣大軍逼近南京，建文帝竟然令李景隆與兵部尚書茹瑺、都督王佐到燕軍軍營請和，表示願意劃江而治。

　　劃江而治自然是不可能的，朱棣與心腹眾人商議，眾人認為李景隆可以爭取，朱高煦又提起自己的舅舅徐增壽與小姨徐妙錦仍在南京，朱棣最後決定自己與眾將纏住茹瑺、王佐，讓朱高煦偷偷去接觸李景隆。

　　見到李景隆，朱高煦大步走上去，握住李景隆的手:“李兄，好久不見！”

　　李景隆雖然一驚，但是因為來之前已經做了多個預案，惶恐道:“豈敢豈敢，罪臣當年一時糊塗，冒犯之處，還請殿下恕罪！”

　　朱高煦繼續說道:“現在南京城危在旦夕，李兄要為以後，多做打算啊。”

　　李景隆再拜，道:“罪臣愚鈍，還請殿下明示。”

　　“現在有兩件大功，只是不知李兄敢不敢拿。”

　　“什麽大功?赴湯蹈火，罪臣萬死不辭！”

　　“這其一，南京城高牆厚，還有多重甕城，如果硬拚，我大明雙方必將損失慘重，你我皆會成為千古罪人。所以，如果李兄能夠打開城門，放燕軍入城，那就是救我百萬大明軍民於水火，此乃天大的功勞。”

　　朱高煦這一套說辭，站在建文帝的立場上，自然是強詞奪理，但是站在整個大明，整個中華民族的立場上，並不能算錯。

　　“這其二，李兄知道我們家吧，在外面自然是我父王說了算，可是，關起門來，那做主的可是我娘。現在，我小舅和小姨都在南京城中，若是李兄能保他們無恙，這又算一大功。有此大功兩件，於公於私，於我大明，於我華夏，李兄均可稱大英雄！”

　　李景隆這兩年被各種看不起，現在一下子被抬到那麽高，雖然明知對方說的不全是真話，但是心底還是高興的。另外，這兩件大功，也的確是在燕王一家賣了大人情。李景隆知道，建文帝大勢已去，這種時候，“精明”的李景隆，下定了決心。

　　六月初，燕軍逼近南京，朱允炆讓很多大臣拿著重金出去募兵，但是這些大臣基本都卷款潛逃了。朱允炆隻好讓各勳貴子弟把守城門。徐增壽原本打算做點什麽，被李景隆阻止。

　　六月十三日，朱棣大軍抵達金川門下，李景隆、谷王朱穗聯合手下士卒，開城投降，南京城破，皇宮燃起大火，但最終找到的幾具屍體已經燒焦了，不能辨認，建文帝生死成迷。

　　燕王進入京城，大部分文武百官紛紛跪地相迎。朱棣抱著“疑似”建文帝屍體大哭，“侄兒啊，你怎麽這麽傻啊，叔叔是來幫你的！”群臣擁立朱棣即位，朱棣再三推辭後，“勉為其難”的即皇帝位，史稱明太宗。

　　後來在嘉靖皇帝時期，改稱明成祖。這事情有點意思，有興趣的讀者可以自己查一下。 www.uukanshu.net

　　齊泰、黃子澄作為“削藩”的始作俑者，無論如何都逃不過身死族滅。

　　方孝孺當了出頭鳥，大罵朱棣，成為第一個被“誅十族”的人。(但因為未被記錄在正史上，不少人認為此處存疑)

　　鐵鉉同樣寧死不屈，被虐殺至死。但鐵鉉的家人並未被誅殺，而是或被流放、或被藏匿。可見朱棣對鐵鉉親屬並未下死手。

　　史書記載的建文舊臣，被誅殺者有幾十人，牽連被殺、流放、充入教坊司者甚眾。

　　朱高煦的大舅徐輝祖因為始終不肯投降，被下獄，但靠著徐妙雲的面子，活了下來。

　　之後，朱棣又大封功臣和追封陣亡功臣。而一些有功的建文舊臣，如李景隆等亦有封賞。

　　至此，持續三年多的“靖難之役”宣告結束。

　　朱棣上位之後，首先就是全盤推翻了建文帝，比如凡是建文年間被貶斥的官員，一律恢復職務;建文時期更改的成法，全部恢復舊製;建文年間制定的各項法律規定，凡是與太祖相悖的，一律廢除。

　　並大赦天下，除了犯謀反、大逆，謀殺祖父母、父母等重罪不赦外，其余罪無大小，通通赦免。但一些有利於民生的規定也被廢除，如建文二年下令減輕洪武年間浙西一帶的極重的田賦，至此又變重。

　　朱棣上位，可以說是有人歡喜有人愁。

　　朱棣這樣做，根本的原因還是朱棣上位不合法，需要最大程度的削弱建文朝的影響力。但是做法，有點過於簡單粗暴，雖然籠絡了很多人，但同時也得罪了很多人。