朱由檢讓孫承宗擔任遼東督師的原因很簡單，這個人能壓住場子，而且能做實事。

　　當年遼東潰敗之後，楊鎬、熊廷弼、袁應泰、王化貞等遼東大員或是死難，或是下獄。朝臣廷推解經邦為遼東經略，解經邦畏難推卻，遭到削籍處分。

　　廷臣再推王在晉，王在晉也苦苦推辭，又恐怕步解經邦後塵，不得已而赴任。

　　到了山海關後，王在晉先是消極退守，被人們譴責“意欲棄關以捐重任”。又在輿論壓力下，不得不建築重關，理由是“外關破，內關尚可守。”

　　袁崇煥、沈棨、孫元化極力反對，爭論不下，請求朝廷裁斷。時任內閣首輔葉向高認為不可臆斷，應當到現場查勘後決定，兵部尚書兼東閣大學士孫承宗自請前往查勘。

　　到了遼東之後，王在晉建造重關的計劃，經過激烈爭論遭到否決。但是關門的防守大計依然懸而未決，遼東巡撫閻鳴泰主張守寧遠衛東南的覺華島，寧前兵備袁崇煥主張守寧遠衛，遼東經略王在晉主張守靠近八裡鋪的中前所——

　　三位遼東文臣，仍然爭執不下。

　　孫承宗回朝之後，當面向天啟皇帝陳述方略，極言王在晉不足倚，但勤瘁可念，當改任他職。

　　天啟皇帝當即召還王在晉，改任南京兵部尚書。然後吏部等衙門會推遼東經略，擬有閻鳴泰、李三才、王之寀、王之臣四位候選人。

　　群臣爭論不休，孫承宗認為當前最重要的是理順遼東局勢，自請赴山海關督師。訓練兵馬、調和文武，然後選擇可以托付大事者，出任經略、巡撫。

　　天啟皇帝龍顏大悅，當即下旨，孫承宗以內閣大學士兼兵部尚書的身份，督理關城及薊遼、天津、登萊各處事務，“俟功有次第，即召還朝”——

　　遼東督師一職，由孫承宗而始。

　　孫承宗離京的時候，天啟皇帝親自禦門臨遣，賜尚方劍坐蟒，命百官吉服入朝，閣臣送至崇文門外。一切都仿照裴度赴淮西時，唐憲宗禦通化門慰勉的舊事。自裴度以來，相臣出鎮，臨遣賜鉞之禮，沒有像孫承宗這樣隆重的。

　　孫承宗也不負眾望，到了遼東之後，隻用五個月時間，便理順遼東局勢，兵民安定，文武和睦。當前遼東局面，就是孫承宗奠定的。

　　同時，孫承宗支持登萊巡撫袁可立，以毛文龍、沈有容等收復遼南，讓後金疲於奔命，難以威脅遼東。“關門息警，中朝宴然，不複以邊事為慮”。

　　但是好景不長，因為魏忠賢派劉應坤向孫承宗示好，孫承宗沒有理會。又有魏廣微等人傳言，說孫承宗想要清君側。魏忠賢發動閹黨彈劾，因為柳河之敗，孫承宗辭官回鄉。

　　朝廷以兵部尚書高第經略遼東、薊鎮、天津、登萊等處軍務，高第上任之後便改變方略，撤退山海關外守軍。

　　這一畏懼退縮舉動，誘發後金大舉西進，爆發寧遠之戰。寧前兵備袁崇煥，在寧遠之戰中脫穎而出，挫敗後金進攻。

　　這場勝利，讓天啟皇帝喜出望外，稱為“十年積弱，今日一旦挫其狂鋒”，“庶仰雪三朝之恥，慰朕宵旰之懷”。

　　魏忠賢因此冒領功勞，給侄子魏良卿封爵。

　　袁崇煥在寧遠大捷後升任遼東巡撫，遼東經略高第革去玉帶閑住。朝廷派薊遼總督王之臣，以兵部尚書擔任遼東督師。

　　然後，袁崇煥因為擅自遣僧吊贈努爾哈赤、借吊祭議和的問題，被王之臣上疏彈劾。兩人矛盾太大，王之臣引疾求去，被朝廷解任回部。袁崇煥以遼東巡撫身份，主持遼東事務。

　　當時在朝中擔任兵部侍郎的袁可立，認為此事“辱國非計”，被閹黨擔心壞了魏良卿封爵，廷推為南京戶部尚書，被迫致仕回鄉。

　　在這之後，黃台吉率領後金兵馬圍錦州、攻寧遠，爆發寧錦之戰。這一戰中，滿桂脫穎而出，袁崇煥一味防守，被認為“暮氣難鼓”，準其引疾求去。

　　然後王之臣複任遼東督師，兼任遼東巡撫。但他仍然和袁崇煥舉薦的趙率教不合，和督師遼東太監劉應坤也不合，無法理順遼東局勢。

　　朱由檢梳理天啟以來遼東封疆大吏，發現還是孫承宗督師那段時間最為穩定，沒有那麽多亂七八糟的事情需要朝廷操心。所以他讓孫承宗複任遼東督師，把遼東上下理順。

　　得到兵部尚書袁可立認同後，朱由檢當即下令，把孫承宗起複為中極殿大學士，加銜南京兵部尚書，督理遼東、天津、登萊各處事務。

　　沒有聽到薊遼二字，又想到薊遼總督已被撤銷，改為長城督師代替，袁可立道:

　　“遼東西側的草原部落臨近遼東，關系遼東防務。”

　　“遼東督師一職，不能沒有處置草原部落的權力。”

　　朱由檢考慮之後，說道:

　　“草原上的事以長城督師為主， 注重招撫製約。”

　　“但是永平府一段長城和北方草原，由長城護軍使專理，同時受長城督師和遼東督師指揮。”

　　“若是兩位督師命令有矛盾之處，長城護軍使協調。事情緊急就自行決斷，事情不急就上奏朝廷。”

　　這樣就理順了兩位督師防區，解決了協調不暢的問題。雖然長城護軍使要受兩位督師的夾板氣，卻好過以前遼東督師和薊遼總督或薊遼督師權責不明，經常產生矛盾。

　　解決了兩位督師的矛盾後，對於第三位督師，朱由檢直接調回，不再繼續設置:

　　“禦馬監掌印、督師遼東太監劉應坤，曾經依附魏逆。”

　　“念在以往功勞從輕發落，降為禦馬監丞，讓其回京述職。”

　　“督師遼東太監和鎮守遼東太監撤銷，鎮守山海太監由高起潛接任。讓他配合遼東督師，做好山海關防禦。”

　　“鎮守太監的職責就是輔佐將領鎮守關隘，監督軍中錢糧發放。其它事情只有監督職責，上奏給朕處理。”

　　確定了遼東督師在遼東的主導權，朱由檢明確說道:

　　“山海關外的事情，由遼東督師自專。”

　　“遼東巡撫不設，以遼東提督駐寧錦前線，負責前線戰事。”

　　“再設遼東護軍使一員，駐山海關負責後勤，和長城護軍使協調長城防禦。”

　　“遼東的事情，以遼東督師、遼東提督、遼東護軍使為主，三人賜尚方劍節製諸將，其余人的尚方劍收回。”

　　“不能再有三督師、四大將，各個都賜尚方劍。”