小智和小霞在與武士少年告別之後的路程一切順利，順利穿過森林，小智和小霞終於抵達尼比市。　　小霞一走出森林，就對天空喊道:“終於出來了，我以為要死在裡面了。”雖然小霞在小智開導下，對蟲系小精靈的態度已經好很多了，但天性不是一會半會就會改變的，小霞現在還需要一些時間來克服恐懼。

　　就在小霞大喊大叫的時候，與原著一樣，小指和小霞遇見了小剛的爸爸武能。武能一出場就用低沉渾厚的聲音說道:“尼比代表灰色，是石頭的象征，而尼比市自古以來就以石頭而出名的。對了還有就是你們可以從我的石頭上下來嗎?這是我賣的商品。”

　　在小智和小霞道歉之後，小智就以道歉的名義從武能那裡買了一塊含有土精的岩石。武能看到小智買了自己的石頭後，高興的與小智聊了起來，並給小智指明了去小精靈中心的道路。

　　小智見此之後就覺得有點不好意思，畢竟土精對小世界的發展很有用處。所以，小智想了想對武能說道:“一個會成功的人需要有能面對失敗的準備，在失敗後會勇敢的面對。這也是一個男人應該做的事，對嗎?大叔。”

　　小智說完就拉著小霞向寵物小精靈中心走去，身後的武能則陷入沉思。

　　"希望他能早日想通，直視自己的失敗，不在逃避，擔起一個男人應承擔的責任。"小智看都陷入沉思的武能想到。

　　小智一行人到達小精靈中心之後，小智準備休息一下。小智並不打算現在就去挑戰，而是想想怎樣應對小剛的小精靈。小智最後決定用蚊香蝌蚪和皮卡丘作戰。蚊香蝌蚪是水系，克制岩石系小精靈，並且蚊香蝌蚪已經到了進化的邊緣。而皮卡丘的電系雖對岩石系無用，但是水系加電系的代表威力是很大的，並且皮可丘也學會了鋼系絕招。不過皮卡丘需要提高一下電系力量。

　　原著裡面有一個可以提高皮卡丘實力的發電廠，小智準備去那裡看看，而且那裡是水車發電，周圍有水源，皮卡丘和蚊香蝌蚪都可以去那裡特訓。

　　在向喬伊小姐詢問發電廠的位置之後，小智就去那裡特訓了。

　　小智按照原著的方式，讓皮卡丘借助機器習慣了高壓電流之後，成功的學會了打雷與十萬伏特，在熟練掌握之後，小智準備讓皮卡丘學習高壓電擊，高壓電擊可是皮卡丘另一個大招啊。

　　蚊香蝌蚪則是和小智一起去尋找野生小精靈進行戰鬥，增加蚊香蝌蚪的對戰能力。至於其他小精靈則是分身帶著他們進行基礎訓練和絕招的發射速度及威力。

　　小智和蚊香蝌蚪在這幾日中到處挑戰，小智也收復了兩隻小精靈，即小拳石和小拉達。這兩隻小精靈各有優點:小拳石性格堅毅，並且對水有一定的免疫力，蚊香蝌蚪與他對戰時幾乎虛脫了。而小拉達則靈活機敏，而且還特別的好戰，小智的對戰就是小拉達先挑起的。

　　小智在訓練完之後，就與小霞一起去尼比市道館，準備挑戰道館贏得徽章。