於昌在女兒文芷家門口留了封信，算是道別。但通道大門關閉，他只能求助於一個最不想見到的人，孫之俊文。當年，於昌X就是知道自己的妻子不是普通職員，憤而投靠了孫之俊文。孫之俊文沒想到這個於昌在知道妻子是情報人員後，仍癡心不改，急著回去。孫之俊文能幫於昌達成目的，但有一個條件，先幫他打探秦玉兒X的下一步行動。

　　孫之俊文以為於昌是個懦弱的人，卻低估了他骨子裡的剛強。於昌絕不肯做背叛秦玉兒的事，那邊不會，這邊也不會。惱羞成怒的孫之俊文掏出手槍，於昌見狀抄起壁爐旁的火扡用力打在他的腦袋上。一汪黑血流在了地毯上，前來抓捕孫之俊文的王建衝進屋時，也被眼前的一幕驚呆了。在這種情況下，王建只有逮捕於昌。被關進小黑屋的於昌不知道自己何時才能見到妻子，甚至連能否活著走出去都不清楚。

　　另一邊的於昌X也忙著逃亡，他心知方中勝不會放過他。可他料想不到，方中勝會打電話過來。電話裡方中勝沒打算四處追捕，隻說會撤走秦玉兒病房裡的守衛。至於仍處於昏迷之中的秦玉兒是否有危險，他並不關心。

　　於昌X對秦玉兒X沒有絲毫感情，但對這個信任過他，向他傳遞情報求助的秦玉兒卻有著發自內心的尊重和信賴。明知那是個陷阱，於昌X仍去了醫院，可他迎來的第一個人卻是顧月珍。顧月珍受命殺了於昌X和秦玉兒，但她沒料到這根本就是方中勝設下的陷阱，就是為了引蛇出動。

　　於昌X藏在黎同家中的包裡有大量現金，於昌X願意把這些錢給顧月珍，只要顧月珍不再來糾纏。有了這筆錢，顧月珍就能開始自己的生活，她接受了這個條件。作為回報，顧月珍大開殺戒，方中勝的手下無一幸免，連方中勝也死於她的槍下。

　　現在只有曹濟是個隱患，於昌X在酒吧裡找到借酒消愁的曹濟，提出自己的條件。只要秦玉兒安全，他就不會說出克拉的秘密。兩人心照不宣的達成默契，於昌X回到醫院，在護士台插上一束鮮花，走進病房，為秦玉兒輕聲讀著書。他感覺到秦玉兒的手動了一下，抬眼看到，昏迷了幾個月的秦玉兒睜開了雙眼。因通道關閉而被滯留在這裡的另一世界外交官、工作人員都要向海關自首並接受審查，以防混有“潛伏”的間諜，可這些人裡唯獨缺了大使阮火。外交部長軒轅大和女婿戰略部主管曹濟坐在鏡頭前向上面匯報最近的情況，曹濟將泄密的責任推到已死的方中勝身上，刻意隱瞞了妻子克拉就是鬼特工的事實。他這麽做是想保護自己的婚姻，保護女兒黃伯寧。

　　曹濟還把家從郊區搬到了市區裡，就是為了不讓克拉再與另一個世界的組織有聯系。在嶽父母面前時，曹濟對克拉呵護備至。單獨相處時，就冷若冰霜，甚至還在自己的臥室門上裝了把鎖。

　　於昌X也照常上班，收斂起以往的鋒芒，學會於昌低調的生活方式。現在進入大樓都要經過嚴格檢查，每天都要說出今天和昨天的代碼，防止被鬼調包。剛走進三步一崗五步一哨的辦公室，就聽到主管奈爾宣布重要消息，上面已指派梅白協助曹濟查找潛伏的“鬼特工”。

　　梅白在聯調局工作九年，破獲不少間諜組織。現在她迎來新的挑戰，尋找來自另一個世界，與本人一模一樣的間諜。上任第一天，她就頒布了新規定，任何人發現任何異常情況都可以向她檢舉。這種舉報制度讓於昌X很擔心，一點點失誤都可能導致身份曝露。

　　在通道關閉後，於昌X就和曹濟達成了停戰協議。二人各有目的，曹濟要保護妻子和女兒，於昌X則要保護秦玉兒。如今梅白介入，曹濟不得不想辦法獲取她的信任，打探下一步計劃。於昌X能給他的建議只有一個，讓克拉透露點線索。

　　聽從於昌X的建議，克拉給了曹濟一張字條，是阮火的信使毒布將會出現的時間和地點。毒布被捕後，交代阮火可能藏身在薩克洛夫的一座谷倉，隨後便被關進大樓下專門關押另一個世界人口的特殊監獄。不過這條線索已經過克拉的確認，那裡只是個情報戰，阮火不會因此被抓。阮火隨即給克拉送來了通道關閉前送達的最後一封文件，要求克拉成為激活最終靜默特工的人。

　　梅白有著驚人的直覺。雖然曹濟提供了谷倉的線索，還檢舉方中勝是內奸，但仍沒有逃過梅白的懷疑。梅白要知道曹濟的情報源，這讓曹濟頭大如鬥，不得不再次向在會計處工作的於昌X求助。只需偽造一些紀錄，證明他出錢向線人購買情報即可。

　　於昌X最近忙於照顧秦玉兒。秦玉兒已出院，但因大腦受傷，記不清以前的事。還得了失語症，無法正常閱讀和書寫。在於昌X悉心照顧下，她的記憶逐漸恢復，想起了那場車禍，還有黎同。記起曾在戰略部工作，為了工作而欺騙丈夫。她痛恨以前的自己，戰略部的工作讓她很混亂。於昌X在安慰她的同時，也體會到於昌的生活。這種溫馨是於昌X在另一個世界無法感知的。

　　於昌X按曹濟的要求，開了一張支票。曹濟取了錢剛進辦公室，梅白就來了。底樓的監獄出事了，毒布割腕自殺。關押前明明經過搜身，自殺用的刀片又是從何而來?曹濟感覺到後背發涼，大樓內仍有潛伏的“鬼特工”。

　　曹濟的精神防線崩潰了，不知道自己什麽時候就會成為“鬼特工”的目標，更不知道克拉是否真的與組織斷絕了聯系。他把所有事情錄了下來，再把磁帶放進辦公室的保險箱裡。萬一有一天他遭遇不測，這盤磁帶就會將真相公諸於世。於昌X過著低調的生活，刻意隱藏自己的身份。另一邊的於昌就沒有這樣的機會，通道關閉沒的同時，他就因為殺害孫之俊文被捕，從而曝露了穿越者的身份。每天等待他的只有枯燥的審訊，秦玉兒與於昌X之間的郵件也成為證據，他無從證明自己並不知情。而通道關閉前收到的最後一條情報就是秦玉兒已從昏迷中蘇醒，想著心愛的妻子與另一個自己生活在一起，他就感覺到心裡隱隱作痛。

　　秦玉兒X沒有因為於昌的被捕受到影響，仍照常上班。每天各部門的例行會議上，大使都會提出返回自己世界的要求，可外務部長每次都以圓滑的外交辭令敷衍了事。實際上，秦玉兒X對管理層一意孤行關閉通道，而不是尋求合作的做法同樣很不滿。會後，她時常會到關押處要求會見編號14的囚犯於昌，但一再被駁回。文芷與馬可分手後，便住在家裡，很懷念前段時間那個顧家的父親。秦玉兒X卻不敢告訴她實情，只能任由女兒認為父親又故態複萌。

　　一天早上，秦玉兒X剛踏進辦公大樓就被兩名保安人員帶上了四樓。四樓曾是管理層所在的樓層，如今空無一人，只有一張桌子兩把椅子和一台攝像機。管理層從不以真面目示人，只有他們的授權人與秦玉兒X面對面交談。顯然，秦玉兒X對於昌表現出的關心讓管理層很擔心，根據《哥尼斯堡法案》秦玉兒X可能因幫助和支持穿越者受到懲罰。

　　不過，這一次管理者願有條件的破例一回。管理層承認，幾周前秦玉兒X提到潛伏計劃時，他們有所隱瞞。有一個叫楚淇的女人於1996年實施了針對大使館的爆炸案，當時管理層下令除掉此人。可目前來看，楚淇仍在世，並且策劃了“潛伏計劃”。今天凌晨一時，通道暫時開啟，對面世界管理層提供了一個議案，用楚淇交換和平。所以從即日起，秦玉兒X取代布奇擔任戰略部代理主管一職，執行抓捕楚淇的任務。資料顯示，天幕夫婦涉嫌將子女送到了波茨坦學校。可以從他們那裡入手，，然後找到楚淇就“立即消滅”。

　　秦玉兒X以戰略部副主管的身份拜會天幕夫婦。這對夫婦聽說了秦玉兒X的來意後態度迥異，天幕夫人堅稱兒子21年前就死於流感，不可能去什麽另一個世界偽裝成那個世界的自己。就算秦玉兒X承諾，只要配合調查就能與兒子團聚，天幕夫人仍堅持自己的說法。整個過程裡，天幕先生卻一言不發。

　　離開天幕家後，秦玉兒X又去了關押處。有了副主管的身份，申請探視的要求終於得到批準。秦玉兒本想以協助調查為由讓於昌獲得自由，哪知於昌已心灰意冷，無意離開。在接受審訊時，審訊人員曾要求他返回自己的世界監視妻子秦玉兒。於昌已不是第一次聽到這種要求，孫之俊文就曾提出過，自然不會同意。可審訊人員播放了一段錄音，是秦玉兒不同意曹濟將於昌從界面部升至戰略部。難怪工作了三十年，每次走進曹濟辦公室要求升職都會被拒絕。

　　其實秦玉兒X能理解秦玉兒的想法，因為她也做過同樣的事，目的是為了保護丈夫和女兒。但她沒能成功，反而因此與於昌X結怨。從某種方面來說，秦玉兒是個更成功的女人。只是秦玉兒X沒能說服於昌，於昌一再拒絕配合，獄方已申請將其送至艾科關押。這卻正合了楚淇的心意，只有如此才能找到朱馬藏匿起來的盒子。

　　走在回家的路上時天色已黑，秦玉兒X意外碰到了等候多時的天幕先生。為了再見到兒子，他願意幫助秦玉兒X。次日，天幕先生與波茨坦學校負責人之一的李剛在咖啡館碰頭，秦玉兒X和王建帶人監視。他們跟蹤李剛進了一幢公寓樓，秦玉兒X命令確認楚淇是否在公寓內之前，不許打草驚蛇。可王建的手下伊萊沉不住氣，持槍踹開了李剛的大門。秦玉兒X和王建隻得前後包夾，被堵在樓梯間的李剛被逼無奈，逃上樓頂，跳樓身亡。

　　在公寓的電腦裡，發現了襲擊另一個世界的人員名單。桌上一疊資料中，有處房產照片，需要確認其具體地址。秦玉兒X翻看著其他資料，突然冷汗直冒。文件夾裡有她出入診所的照片，時間顯示是在2008年2月。可秦玉兒X知道那不是自己，只有一個可能，照片裡的人是秦玉兒，而且她曾來過這個世界。於昌X盡量模仿著於昌的生活方式，以免秦玉兒或者龐倩產生懷疑。可不論他做什麽事，都會讓秦玉兒想起一點點往事，迫使他不得不刻意與秦玉兒保持一定距離。即便再小心行事，還是躲不過另一些人的眼睛，曾經的同事。二局的三名特工秦爽、德麗和恩佐找到了他。他們在這個世界只是情報人員，對“潛伏計劃”毫不知情，卻因那場襲擊滯留在這裡。毒布的離奇死亡讓他們很不安，認為有必要采取行動自保，比如抓住阮火交給這個世界的戰略部，用以換取保護。

　　對於阮火的下落，於昌X也愛莫能助，想不到秦爽等人已經有了線索。於昌X來到他們的藏身處，驚訝的看到被綁在椅子上的顧月珍。顧月珍拿了於昌X的錢後，對女友念念不忘，並沒有離開博林，因而成了秦爽的目標。到現在，她仍不失殺手本色，淡定的要求與於昌X單獨交談。於昌X明白她的用意，她已經是組織上的棄子，不可能知道阮火的去向。不過阮火知道太多的秘密，交給戰略部只會惹來更大的麻煩。於昌X便與顧月珍達成交易，於昌X負責找到阮火，顧月珍負責鏟除後患，然後離開博林。

　　而這會，曹濟在用自己的辦法尋找阮火。他在妻子的跑鞋底裝了竊聽器，每晚克拉外出跑步回家，他都會偷偷取出芯片，聽聽有無異常。這一天，他果然聽到妻子與阮火接頭時的對話。錄音中，阮火除了催促克拉盡快激活鬼特工外，還要求籌筆錢，用於賄賂那些審核假護照的人。阮火說出了一個地址，曹濟馬上記了下來。

　　克拉當然清楚阮火的伎倆，那個地址只是測試內容。所以她仍按既定的程序，在公交車上把錢交給特工。只是她沒料到，前來接頭的特工會是以前的戀人黃伯寧。故人相見，克拉卻默然無語，轉頭下了公交車。

　　克拉沒有中計，曹濟則一腳踏進了陷阱。就在同一天，龐倩拜訪了在家休養的秦玉兒。秦玉兒看著龐倩提供的一些資料，想起車禍前自己在調查一件事。腦子裡很模糊，隱約記得有所學校，還有教堂裡母親的靈龕。但她能確定一件事，方中勝絕不可能是鬼特工，因為那名鬼特工應當是女性。此言一出，龐倩對曹濟的懷疑更甚。

　　回到辦公室，龐倩恰好看到曹濟召集行動隊執行任務。龐倩是特別調查員，要求一同前往，曹濟也不便拒絕。等行動隊衝進曹濟指定的地點，發現只是間空無一人的廢棄辦公室。桌上唯一一部電話詭異的響起，曹濟剛拎起來，龐倩就看到對面大樓有狙擊手，急忙將他推倒在地。

　　曹濟死裡逃生，怒氣衝衝的回到家，質問“心如蛇蠍”的克拉。克拉一聽便知大事不妙，曹濟的行動無異於告訴阮火，克拉已經曝露，今後只怕永無寧日。恰在此時，於昌X敲開了曹濟的家門。既然阮火成了大家的麻煩，不如聯手想辦法，解決這個麻煩。

　　通道另一邊的世界裡，於昌被關進艾科。這裡有別於其他的監獄，犯人可以自由活動。於昌剛踏進活動區，就看到了電視機前的曹濟。與他認識的曹濟不同，眼前的曹濟是籍籍無名又很重要的囚犯。他會把自己的弱點、思路告訴亞克。通過這種方式，管理層就能了解另外一個曹濟可能做出的決定。這就是艾科的作用，開采和發掘囚犯的記憶，用於對付另一個世界。在這裡，於昌還看見了搶走戰略部職位，又死於顧月珍之手的同事何道興。當晚，於昌就被何道興等人痛毆。當初是於昌X將他們關進艾科，於昌也就成了代罪羔羊。看守坐在監視器前無動於衷，絲毫沒有阻止的意思。

　　秦玉兒X得知於昌被送去了艾科，即失落又無奈。向管理層匯報工作進展時，管理層對文件夾裡那套休閑別墅並不感興趣，強調秦玉兒X只需查清李剛與楚淇之間的關系。管理層如此有意避開這套別墅，必有隱情。再結合秦玉兒來過這個世界，管理層不可能不知道此事。他們掩蓋秦玉兒的行蹤，誰又知道有沒有隱瞞其他事。

　　秦玉兒X不會任人擺布，仍決定讓王建前往調查休閑別墅。在別墅裡，王建找到一具死去多日的屍體。根據鄰居描述，曾有個女人找過戶主，想來必定是楚淇。別墅裡被翻得亂七八糟，像是在尋找什麽東西。鄰居的一句話引起王建的注意，十幾天前，戶主在後院做園藝。時值冬季，沒人會在這種時候種植花草。王建拿起鐵鏟，在後院草地下挖出一個帶密碼鎖的旅行箱。

　　秦玉兒X此時在檔案室調閱秦玉兒的檔案，顯示其曾與唐延飛特工接觸。唐延飛已退休數年，開了家汽車銷售店。到了店裡，唐延飛一眼就認出此秦玉兒非彼秦玉兒。事到如今無須隱藏，唐延飛承認多年前秦玉兒來過這個世界，向管理層提交了一份報告。報告指出，上世紀九十年代爆發的流感疫情確為彼世界試驗室失誤釋放出病毒，再由通道傳到此世界。管理層收到報告後不久，便調走了唐延飛。此後，他也再沒見過秦玉兒，也沒有那份報告的消息，更沒聽說過楚淇的名字。最後，唐延飛提醒秦玉兒X，秦玉兒會把機密資料藏在一個地方。也就是說，只有秦玉兒X才會想到“自己”把答案藏在了哪兒。 秦玉兒X記得，1984年自己和母親外出度假，用假名貝琳達入住旅店，還給自己編了個可信的背景故事。從那時起，她在潛移默化中學習如何偽裝自己。秦玉兒有著相同的童年，如果猜得沒錯，應當會把機密資料藏在那裡。循著童年的腳步，秦玉兒X來到度假區湖邊的小教堂，在磚牆的空隙中找到了包裹嚴實的文件袋。文件袋裡除了波茨坦學校，還有一個叫斯漫的檔案。

　　就在秦玉兒X前往度假區的同時，王建將找到的旅行箱送到了電氣專家莫裡茨的工作室。莫裡茨擺弄兩三下打開了箱蓋，卻驚出一身冷汗，裡面是管理層專用的通話器。據說，管理層成員從不呆在同一個地方，都是通過這種通訊器相互聯系。如果被人知道此事，後果不堪設想。王建可管不了這許多，讓莫裡茨先自行研究，晚些時候他再來了解情況。可等王建再回到工作室時，莫裡茨已遭毒手，旅行箱也不知所蹤。一群人衝進來將王建按倒在地，詢問箱子和楚淇的下落。

　　管理層最擔心的事還是發生了，楚淇的殺手斯漫已得到通訊器。楚淇也找到了艾科，最後一塊拚圖就在這裡，楚淇命令斯漫將盒子送到艾科。斯漫拎著旅行箱匆匆離開公寓，前去與楚淇碰頭。早已等候在樓下的秦玉兒X發動車輛，悄悄跟了上去。

　　被囚在艾科的於昌渾然不知外面發生的事情，躺在冷冰的水泥地上整整一晚都沒人理會，還是曹濟X提過來的一杯咖啡讓他感覺到一絲暖意。這裡的大部分人都不喜歡於昌，或者應當說是於昌X。