這是二次元世界，各個世界本各不相識。突然，時空反轉、炸裂，在二次元中心大陸地區出現了可以扭轉現實的時空之門。

　　時空之門顧名思義:掌握時空力量的門。若有人企圖攪亂時空秩序，渴望獲得時空之力，將會被時空之力反噬，永久的墮落於黑暗。若無法完全製服時空之力，就將被這力量所嗜殺。時空之力會讓二次元世界紊亂，各個不同二次元拚湊在一起，導致不同世界人物組合在一起。

　　一位青年誤入時空之力的地域，他曾聽聞過時空之力的強大，但也知道時空之力的詛咒。他猶猶豫豫著，這時，他身邊響起神秘的聲音:“年輕人，相信我，以你的天賦定能掌握時空之力。”“你是誰?”那個聲音消失了，沒有再出現……

　　青年緩緩地走向時空之門……

　　………

　　次元學院是在時空紊亂之後所創造出的學院，不同的班級負責教不同的次元中主要的戰鬥方式。但是也有等級之分，從次元學院初中部畢業後會根據實力、天賦、教師評價及分班考試成績作為標準進行分班，依次是SSS班→S班→A班→B班→C班→D班。初中部班級是不定的，初中部共12個班級，前5班為選修，余下班級為固定自己班級，不可發生轉變。

　　選修班是固定時間上課，每個學員若非身體素質極強，僅可選擇三門科目，選修班級如下:

　　一班:替身課程，主要考驗學員的精神力。眾所周知，替身的強弱是和精神力相關，強大的精神力可以覺醒強大的替身，隨著精神力的增加，可以加強替身的各方面屬性。任課老師為空條承太郎。

　　替身能力面板(上限為A):成長力量速度持久精準射程

　　二班:呼吸法課程，主要考驗學員對呼吸的領悟，呼吸法始祖為日之呼吸，而後衍變出炎之呼吸、水之呼吸、雷之呼吸等，還可自創呼吸法。該任課老師為鬼殺隊中的音柱宇髄天元。

　　三班:忍術課程，主要考驗學員查克拉的數量與忍術的精準施展。每個人皆可契約自己的通靈獸，也可以與十大尾獸並肩作戰。忍術多為:火遁、水遁、土遁、木遁與雷遁。除了忍術外還有體術需要修煉。該任課老師為三代目火影猿飛日斬。

　　四班:巨人課程，主要考驗學員在戰鬥時格鬥技巧，判斷及團隊配合還有操縱巨人的能力，講訴如何巨人化和與巨人戰鬥的方法。巨人中最強大的有九種巨人:車之巨人、鎧之巨人、超大型路人、進擊的巨人、女之巨人、獸之巨人、戰錘巨人、下顎巨人和最強大的始祖巨人。任課老師為始祖巨人，進擊的巨人的操縱者艾倫。

　　五班:惡魔果實課程，主要考驗學員對惡魔果實的掌握能力，充分運用果實屬性來擊倒對手。此外還有武裝色霸氣，見聞色霸氣和劍氣需要自己領悟。該任課老師為手術果實能力者、紅心海賊團船長羅。

　　除了這些任課老師外，學員也可以自行外出尋找適合的師傅，學習更多課外技能。

　　在次元學園中，不會有普通人出現，每個人皆可釋放出自己的能力與屬性。學院中特設了切磋台，負責考試學員自身能力與所學課內或課外技能。此外，每位學員體質不同，也可產生互補，例如:查克拉與呼吸法可相並，釋放出意外技能。

　　校長歐爾麥特和副校長宙斯(終末的女武神)，教導主任七海建人和龍，輔導員戰國，他們對待學員也不會過分嚴格，校園中隨時皆可切磋，並非只有切磋台，但在切磋過程中需找老師或輔導員來保證學員安全。

　　次元學院在危急情況中會保證學員的絕對安全。學員可通過自己的技術領悟並自創技能。學員也可與老師切磋，只要膽大，當然老師是會放水的。