我是高中生偵探工藤新一！在和毛利蘭一起到遊樂園遊玩時目睹了黑暗組織可疑的交易！我只顧著觀察，卻沒注意到從背後接近的同夥！我被那個男人打暈並強灌下了毒藥APTX4869！等我醒來時發現身體變小，阿笠博士建議我化名，搜集情報，後以江戶川柯南的身份寄住在小蘭家。後來我又遇到了經歷相仿的灰原哀！幾年後，博士研究出了解藥APTX4868，我搭配老白乾又恢復了原樣！為了保護小蘭，我選擇隱瞞身體恢復的事實，從此我又化名江戶川柯超創建了工作室，進行著調查，經歷了一起又一起案件，獲得了一個又一個情報。我堅信我終能瓦解黑暗組織！
身體雖然變大，但頭腦依舊靈活，無所不知的名偵探，真相永遠只有一個！