正在這時候，兵科給事中郝絅上疏攻劾吏部文選郎中吳昌時，而且矛頭直指首輔周延儒，說吳昌時“竊權附勢，納賄行私，為周延儒乾子。內閣票擬事關機密，而昌時事事先知”，說周延儒“多欲則不剛直，有用而無體，智足以掩過而忠不足以謀國”，是“天下之罪人”。

　緊接著，一批禦史、給事中紛紛論劾吳昌時和周延儒，禦史蔣拱宸還揭發吳昌時勾結內監，直接在皇帝身邊做手腳。

　而吳昌時是複社的第一號政治活動家，極善於鑽營，當初周延儒再次出山全是靠他一手操辦，在京中宮裡宮外關系又極多，自然是周延儒的頭號心腹。但他在周延儒再次出任首輔一年多之後，仍然只是一個沒有實權的禮部儀製司主事，心中頗為不平。直到崇禎十六年三月，在周延儒和東林黨一派的吏部尚書鄭三俊的聯合支持下，吳昌時才調任吏部文選主事，代理郎中事，掌握了文官銓選的大權。

　一朝權在手，吳昌時不由得意忘形起來，在京都的官場上頻繁活動，徇私受賄，一面為朋友同黨安排好職位，一面對結過夙仇的人痛下恨手。

　在吳昌時代理文選郎中的當月，正值例行的科道外轉，就是在給事中和禦史中挑出幾個人出京作地方官。科道出京照例是要升官的，但通常還是被認為是很吃虧的事，因為給事、禦史不但在京中頗有勢力，而且隨時可能升為京卿，前程無量，而一入外官之流，遠離朝廷，前途就十分暗淡了。

　何況此時正是天下多事之秋。外轉為地方官，天知道會落個什麽下場。因此科道們全都不想被外轉出去。按慣例，每次科道外轉都是給事中一人，禦史兩人，但這一次吳昌時偏要殺一殺言官們的威風，一下子外轉了四個給事中和六個禦史。大多數言官為此相當憤慨，但當時吳昌時的後台太硬，隻得隱忍。

　可是隨著周延儒的失寵和鄭三俊去職，陳演等人又正在煽動一起摧毀周延儒在朝勢力的風潮，言官們的積怨終於爆發出來。再加上吳昌時平日招搖太甚。得罪的人很多，才有了這次對他的集中攻訐。

　明朝的官僚向來彼此撕咬不休，但許多人共同攻擊一個郎中級的小臣的事件卻極為少見。崇禎皇帝正在邪火上撞的時候，見到劾書上有同首輔勾結操縱朝政、與宦官暗通聲氣及泄露機密等重大內容，立即對這宗案件表現出病態的關注。

　在這時候。崇禎皇帝還收拾不了躲在通州大營的首輔周延儒，那就先收拾周延儒的首號爪牙——吳昌時吧！

　崇禎皇帝執政從來就有一個保守機密、慎之又慎的原則。最忌諱宮中與外間。內閣與部僚互通消息。平日裡有關重大事宜的本章發往內閣，他都是親自密封在黃絹小匣中，親筆在封條上寫好“某日某時送閣”;內閣票擬之後，原本章連同票簽再放在原來的小匣裡，由閣臣密封“某日某時某臣等謹封”，再由他親自啟封。

　這一套繁瑣的辦法。就是怕內臣或是中書一類辦事人員有意無意了解了機密，泄露出去。而這個膽大妄為的吳昌時竟然既勾通內閣又勾通太監，覬覦大密，暗操朝政。這還了得?

　為了不讓手眼通天的吳昌時得到消息，他沒有把攻擊吳昌時的劾疏發往內閣，因為怕內官見了也會走露風聲，劾疏就一直裝在自己的袖子裡，趁著身邊沒人才親自批旨:立即將吳昌時除名，聽候審判。

　崇禎皇帝在處理吳昌時案時表現出的極度小心謹慎，實在有點疑神疑鬼，小題大做。但他自己卻真是很鄭重其事的。他平時親自批的禦旨，字都是真草相間，唯獨這一次批旨全用楷書，無形中也反映出他當時的心態。

　皇帝如此鄭重，這樣如臨大敵，吳昌時要想躲過這場災難已經不可能了。四月，崇禎皇帝再次在中左門平台上升堂斷案，親自審訊吳昌時。

　這次審訊一派殺氣騰騰，內閣、五府、六部大臣以及京卿、科道官員全部被召入，崇禎皇帝身著素服角帶，更是一副要殺人的氣勢，太子和定王也隨侍在身旁。

　在此之前，錦衣衛密探已經向皇帝報告了周延儒與吳昌時狼狽為奸、納賄營私的種種劣跡，圍在崇禎皇帝身邊的大太監們也摸準了他的脈，用真真假假的“事實”向周延儒大潑髒水，因此他在心裡早已拿定了主意，審訊不過是為了耍耍威風，出出惡氣。

　沒想到，吳昌時卻是個硬骨頭，對於所有指控一一辯解。崇禎皇帝特別痛恨吳昌時罪款中的“通內”，因為宦官內臣是他自己的家奴，卻被朝臣中的小人利用，實在是情理難容。但吳昌時卻說:“祖宗之法，交結內侍者斬。此法最為森嚴，臣雖不才，哪裡敢觸犯?”

　崇禎皇帝喊來揭發吳昌時通內的禦史蔣拱宸，要他當面對質。誰知蔣拱宸已經被周圍的氣氛和吳昌時的強硬態度嚇破了膽，伏在地上渾身哆嗦，一句話也說不出來。崇禎皇帝被氣得幾乎也要發抖，只能大罵吳昌時欺瞞狡辯。吳昌時仍是不屈不撓，說:“如果皇上一定要以通內之罪坐臣，臣怎敢違抗聖意?處罰自當由臣承受，但要違心屈招，臣實不能。”

　氣昏了頭的崇禎皇帝命宦官對吳昌時用刑。閣臣蔣德暻、魏藻德抗議道:“朝廷殿陛之間，向來沒有用刑的先例。請將吳昌時發送法司審問。”

　可崇禎皇帝卻說:“這樣的奸黨，神通廣大，若離開此地，誰還敢按法律對他勘問?”

　兩個閣臣仍然說:“在殿陛用刑，實為三百年來未有之事！”

　可崇禎皇帝恨恨地說:“吳昌時這廝也是三百年來未有之人！”

　於是閣臣無話可說，只能看著太監們在堂皇的丹陛上動刑。吳昌時被上了夾棍猛敲，不多時兩條腿就都被夾斷，人也昏死過去。朝廷中的文武大臣們從來沒見過這樣的場面，一個個面如死灰。

　而崇禎皇帝發泄了一通，也覺得頗為無趣，這才收場。之後，他又命錦衣衛迅速派人到通州大營和吳甡的家鄉，將周延儒和吳甡提解到京，聽候發落。周延儒是在吳昌時案中受到牽連的，提解進京還勉強說得通，吳甡同此案毫無關系，也被提解，那理由就只有崇禎皇帝自己知道了。可是因為清軍還在關內，全城戒嚴，提解的錦衣衛一時三刻內不能出京。

　而吳昌時被人抬到詔獄中，後來又多次受刑，始終沒有招供。為了泄憤，崇禎皇帝就下令把吳昌時連同范志完、趙光汴等人一起處決了。

　這件事不僅證明了，小人中也有“堅貞不屈”的硬骨頭，也讓眾勳貴心中戚戚，崇禎皇帝已經變得喜怒無常，所以在這敏感時期，還是謹言慎行為妙。

　沉默了一會兒，就有位侯爺就問薛濂和吳惟忠道:“薛侯！吳侯！你們家長敬什麽時候帶兵來勤王?”

　薛濂立刻閉緊了嘴，因為這個問題很難回答，怎樣回答都不好。

　而吳惟忠則沉吟了一下，接著猶猶豫豫地說道:“本侯那十四子現在汝寧，正與民匪和韃子作戰，應該無力顧及京城。而那西北李賊已成氣候，依本侯之見，還是先讓皇上赴南京巡視一番吧。”

　而吳惟忠提出的就是遷都江南，這也是現在的崇禎皇帝最想要做出的一個決策。

　在明朝建國的時候本來建都在南京，後來成祖靖難成功，卻不願離開自己的老根據地北平(就是北京)， 所以在政權穩定之後仍然回到北方，以北平為北京，但在很長時間裡北京在名義上只是陪都，稱為“行在”，正式的首都還是南京。

　直到宣德年間，南北兩京的地位才巔倒過來，北京成為了正式的京師，而南京反而成了陪都。但由於歷史的原因，陪都南京一直保留著皇宮和一整套政府班子，有五府、六部、和各院、寺、科、司，甚至宦官的二十四衙門都一應俱全。各部門的長官和屬員在名義上同北京各官是平級的，只是沒有實權，管轄范圍僅限於南直隸地區。

　明朝在南京保持一套虛擬的政府班子，本來也有預防突然事變的意思。此時北方大部分地區頻遭兵燹，已經殘破得幾乎無法收拾，而長江以南卻還基本上保持著比較穩定的局面，因而遷都南京確實是暫時躲避危險，再從長計議的最佳策略。

　這裡面的道理，就連從來不過問政事的周皇后都很明白。據說一次見到崇禎皇帝為國事危急悶悶不樂，她就提起過:“我們在南京還有一個家。”

　其實崇禎皇帝自己對於這個道理更清楚，而且早在崇禎十四五年間就已經與首輔周延儒秘密商議過南遷的問題。