然而就在關寧軍上下躊躇滿志打算反攻滿清的時候，突然南方傳來了緊急軍情，原來張獻忠勾結小袁營和革左五營等部農民軍大舉進犯直隸和山東，農民軍各部聯軍號稱五十萬大軍並且兵分三路，這其中一路打大名府，一路打兗州府，一路打徐州府，刹那間中原大地可以說狼煙四起。

　　此前張獻忠意圖進軍江東結果被西班牙軍隊和明軍給接連暴打，之後他帶著殘部撤回河南然後就迅速在此集結起了大軍，此時盧象升被關寧軍軟禁，河南明軍各部都很敵視關寧軍政權，於是關寧軍政權乾脆不給這些明軍發糧草，結果就是河南基本上處於混亂狀態，張獻忠在這種情況下自然很快就東山再起，然而河南現在如此殘破，張獻忠就把目光投向了商業發達承平日久的直隸和山東。

　　此時由於關寧軍和魯軍把直隸和山東視為根據地用心經營，他們為了籌糧鏟除了很多佔據土地的明朝宗室和土豪劣紳，並且他們為了提高收入采取了對外開放的重商主義，因此直隸和山東的經濟就開始迅速的發展，除此之外他們還引進了番薯，土豆，玉米等美洲的作物，這讓當地的糧食產量得到大幅度的提升，再加上他們的軍隊保護所以當地發展很好。

　　本來張獻忠確實忌憚關寧軍和魯軍，但是隨著清軍主動入塞進行劫掠，關寧軍和魯軍紛紛調兵去前線對抗滿清入侵，這就讓直隸南部和山東西部變得非常空虛，於是張獻忠就認為自己的機會來了，河南由於連年大旱導致巨量饑民投奔了農民軍，這就讓各路農民軍的兵力非常龐大，然而這就意味著農民軍要湊齊足夠的糧草，因此以小袁營和革左五營為首的大量農民軍都想要跟隨張獻忠劫掠外省，於是張獻忠可以集結大軍傾巢而出發動進攻。

　　結果很快農民軍各部就迅速的席卷了直隸的大名府，廣平府，順德府，山東的兗州府，東昌府，以及同樣屬於魯國公孔有德治下的徐州府和鳳陽府，於是一時間華北各地是狼煙四起，饑餓的農民軍四處進行瘋狂劫掠，甚至那些農民軍頭領也沒什麽計劃，他們也只是想繳獲糧食楊冰，不過張獻忠的思想稍微長遠一些，他其實想要向山東和直隸擴張地盤。

　　掌權的兵部尚書吳襄得到軍情後非常驚恐，他立刻和關寧軍諸將召開軍事會議，神機營提督陸澄得知消息後頓時捶胸頓足，他知道如此一來自己想要出塞反擊滿清的願望徹底落空了，直隸是關寧軍政權最重要的產糧區和根據地，雖然此前編練而地方民兵拒城固守保住了大部分城池，但是關寧軍的農田勢必會遭到農民軍沉重的打擊，所以關寧軍無論如何也必須要分兵南下。

　　最終經過討論後吳襄決定也要兵分三路，他讓薊鎮總兵鄧玘，宣府總兵祖大弼，延慶總兵靳國臣就地駐扎防備塞外的清軍反攻，山海關總兵祖大樂，天津總兵王洪，保安總兵張韜則去增援祖大壽，而三千營提督祖寬，神機營提督陸澄，保定總兵劉國柱，河間總兵彭友謨，真定總兵牟文綬則要率部南下前去清掃農民軍，吳襄讓祖寬負責統帥這五部明軍，畢竟他的資歷最老而且還是祖大壽族人。

　　幾十萬農民軍入侵山東對於魯國公孔有德來說也是非常危急的情況，要知道統帥他麾下野戰軍的六大總兵裡，陳光福和李應元已經出兵增援朝廷，穆裡尼奧和尚可喜還在遠征遼南，耿仲明奉命率部鎮守徐州府，他手頭上只剩下王子登部魯軍和自己的近衛軍能夠出擊，其余的都是不能野戰的民兵。

　　在這種情況下耿仲明還得在徐州府和鳳陽府去對抗以革左五營為主的十幾萬農民軍，而穆裡尼奧遠征遼南靠的是他自己生產的糧食，因此他在短時間內根本無法回來，不過留守殖民地的上萬葡萄牙軍隊表示可以協助魯軍作戰，這些葡萄牙軍隊雖然號稱是葡萄牙正規軍，但是實際上也是穆裡尼奧他自己招攬的人馬，其中大部分也都是由當地人組成的新兵，指揮這隻軍隊的葡萄牙上校德科還靠穆裡尼奧的舉薦在魯軍裡面擔任參將，要知道他也是穆裡尼奧在明魯戰爭中召集的舊部，而此外濟南還有三千多葡萄牙士兵在魯伊科斯塔上校的指揮下表示願意隨同魯軍出擊。

　　孔有德於是立刻命令已經到京師的陳光福和李應元立刻率領魯軍返回山東，同時他還命令王子登率部前去鎮守兗州府，此時兗州府已經遭遇了十幾萬農民軍侵擾，而且兗州府地理位置非常的重要，因此孔有德讓威望十足而且經驗豐富的老將王子登率部前去駐守， 他希望能夠靠耿仲明和王子登兩路魯軍先遏製住農民軍的東侵。

　　做完這些布置後孔有德又想要帶著近衛軍前往東昌府作為機動部隊作戰，不過他的這個想法自然遭到了魯國官員反對，魯國官員裡有很多都是商業家和天主教徒，在戰後孔有德雖然也開辦了科舉，但是他考核的內容以軍政實務為主，這也是因為魯國本質上就是務實的軍人政權，這些官員紛紛建議孔有德應該親自坐鎮濟南府去指揮，但是孔有德認為既然自己當年能橫掃華北明軍，那麽他現在率領精銳騎兵打徒有其表的農民軍肯定毫無壓力。

　　而與此同時農民軍在山東的行動卻遭遇了很大的阻力，此前孔有德開始在山東大力推廣天主教，天主教進入中原這麽多年已經發生巨變，比如說他們已經正式承認儒家思想，而且孔有德雖然表面上在口頭上效忠羅馬教廷，但是山東都全是他親自打下來的土地，因此當地的天主教教會基本上全是由孔有德的魯軍直接掌控，關於這點遠在歐洲的羅馬教廷只能默許，孔有德趁機摻雜私貨去神化自己。

　　由於山東連年戰亂饑荒，而天主教會提供基礎的救濟補助，因此天主教迅速在山東各地傳開了，很快幾乎各個山東縣城都有了自己的天主教教會，要不是山東各地百廢待興那應該已經遍地教堂了，結果等到現在農民軍前來進犯山東的時候，山東各地的天主教會紛紛以天主的名義號召民眾去戰鬥，結果很快各地的民兵紛紛武裝起來去抵抗，他們給農民軍造成了極大的阻礙。