劉芳亮得到順王李自成的命令後立刻集結麾下順軍攻打雲南，很快劉芳亮旗下順軍就在武定府和尋甸府接連擊敗雲南明軍，在這種情況下劉芳亮指揮的順軍兵鋒直抵昆明，劉芳亮這次直接讓李竟志率領所部人馬擔任先鋒，李竟志此前就已經訓練了列裝火繩槍的新軍，所以這次順軍在火力上總算是能壓過裝備原始的雲南明軍了。

　　此外李竟志在隨軍進入四川後對當地的土司和豪傑非常的友好，所以他也招收了不少土司士兵和四川士兵加入了他的軍隊，這些熟悉地形和氣候的的新兵們成改善了不少順軍的短板，這就讓李竟志在雲南的推進非常的順利，這些新兵在久經沙場的順軍老兵的帶領下，完全可用輕松暴打那些沒什麽戰鬥經驗和武器裝備的雲南明軍。

　　結果這下順軍的進攻就引起了雲南沐府上下的恐慌，此前雲南沐府為了能夠保住手頭上的權力，他們對唐王朱聿鍵的軍隊進入雲南是推三阻四，於是這就導致此時雲南境內的明軍只有雲南沐府控制的本地軍隊和他們的土司盟友，由於雲南交通閉塞發展落後，這導致當地連新式火器的概念都沒有，而且當地明軍常年只要對付作亂的土著，這導致他們幾乎毫無戰鬥經驗。

　　本來雲南沐府認為川南的地形複雜而且氣候濕熱，所以他們認為順軍根本不會對他們發動進攻，此外他們也沒有想到雲南明軍和順軍的差距會這麽大，畢竟他們也基本上沒有什麽正經的戰鬥經驗，結果順軍輕輕松松的就擊潰了上萬明軍殺到昆明城下，這下執掌沐府的宋氏這才慌張的給唐王朱聿鍵寫信請求他趕緊帶領明軍進入雲南抵抗順軍。

　　而此時朱聿鍵就在臨近雲南的南寧進行駐軍，久經世事的他很清楚雲南沐府想繼續割據的心思，但是朱聿鍵也不甘心就讓雲南繼續脫離他的管控，於是他就親自坐鎮南寧一方面開始恢復廣西生產，一方面他要耐心的等待入滇時機來臨，於是朱聿鍵得到宋氏的求援信後大喜過望，他立刻召集了麾下各路軍隊進軍雲南，朱聿鍵揚言表示要保衛雲南和在昆明的沐府。

　　就這樣朱聿鍵率領準備很久的十萬明軍進入雲南，他任命粵國公黃琦統帥本部人馬和閩國公世子鄭大木旗下的閩軍和范巴斯滕上校的荷蘭遠征軍在千米那先行，然後朱聿鍵讓剛剛被他封為廣西巡撫的張煌言率領他集結的廣西明軍尾隨其後，而朱聿鍵自己則率領剩下的四萬來自廣東的明軍在後面，雖然朱聿鍵這個安排是有想要消耗荷蘭人和國公的實力的想法的，但是畢竟他為了請這些勢力出兵也開出了很高的價碼，所以這些援兵對此也沒有什麽反對的聲音。

　　明軍前部裡以黃琦的官職和資歷最高，所以鄭成功和范巴斯滕上校都接受他的指揮，於是黃琦讓鄭成功率領他麾下閩軍立刻前去攻打尋甸府，劉芳亮得知這個情況後頓時大驚失色，他意識到明軍是要切斷順軍通往四川的退路，於是他命令順軍總兵艾能奇率領順軍去攔截，統領張獻忠舊部的艾能奇也明白尋甸府的重要意義，就這樣他立刻馬不停蹄的殺向了尋甸府。

　　鄭大木見狀立刻集結麾下閩軍直接向艾能奇殺來，就這樣艾能奇和鄭大木在尋甸府展開了激戰，鄭大木這次是他首次單獨領軍出征，所以他本人鬥志昂揚想要建功立業，而他麾下士兵也都是鄭芝龍挑選的閩軍精銳部隊，而對面的艾能奇麾下雖然也都是沙場老兵，但是他們長途奔襲導致人困馬乏，而且艾能奇因為感覺在順軍內部得不到信任，所以他也無心讓自己的軍隊損失太多。

　　結果雙方在交手後鄭大木憑借著強大的火力壓著艾能奇打，為了對抗西班牙人鄭芝龍早就把麾下海盜全部列裝了新式裝備，而且他還砸錢打造了最強大的明軍炮兵，對此麾下連火繩槍都沒有多少的艾能奇根本就擋不住，最終艾能奇在無力支撐後不得不率領順軍，就這樣鄭大木輕松的拿下尋甸府，他取得了唐王明軍入滇後的開門紅。

　　得知了艾能奇的敗績後劉芳亮感到非常震驚，他立刻就意識到明軍的意圖是要包抄自己的後路，在此之前順軍雖然在雲南推進的迅速，但是川南糟糕的地形讓他們的後勤很難跟得上，所以到了昆明城下的時候順軍得等重武器運到前線來，而雲南沐府則在昆明集結大量軍隊意圖死守，雖然這些明軍論戰鬥力只能說是濫竽充數，但是目前前後脫節的順軍也無法發動猛攻，在這種首尾難顧的情況下當習慣流寇的順軍立刻決定撤退保存實力，劉芳亮計劃率領順軍先撤到武定府。

　　結果劉芳亮在撤回到武定府的路上就遭遇了明軍的伏擊，粵國公黃琦通過分析順軍作戰方式已經預料到順軍會在陷入困境之前先展開跑路，於是他直接率領本部人馬和范巴斯滕上校所部荷蘭軍隊先前往武定府去設伏，結果劉芳亮果然率領順軍向武定府撤退，畢竟這裡是劉芳亮回四川的必經之路， 黃琦於是立刻率領明軍對順軍展開突襲。

　　黃琦指揮明軍和荷蘭軍隊用火繩槍和紅衣大炮對順軍展開狂轟濫炸，明軍和荷蘭軍隊在道路兩旁同時發動射擊形成了交叉火力，猝不及防的順軍刹那間就被打得七零八落，劉芳亮見狀是大驚失色，他也不知道自己現在到底遭遇多少明軍，於是他趕緊下令麾下的順軍突圍，結果方寸大亂的順軍很快就直接陷入了混亂之中，那些從西北和中原來的老兵見狀輕車熟路的逃跑，但是那些四川的新兵因為沒什麽經驗就被明軍打得傷亡殆盡。

　　李竟志率領麾下的順軍火繩槍兵朝對方展開還擊，但是對面殺來明軍和荷蘭軍隊的人數太多了，而且他們不但佔據了有利地形還出動了火炮進行轟炸，而李竟志這邊由於道路不便導致很缺乏火炮，所以很快李竟志的順軍火繩槍兵就被對面的明軍擊敗，李竟志不得不率領麾下的火繩槍兵且戰且退，中途還有不少順軍步兵和騎兵加入了他的隊伍去突圍。

　　至此明軍和順軍在武定府的戰鬥基本上結束了，此戰劉芳亮及時下令順軍突圍因此保全了主力，然而經過此戰南線的順軍基本上意見崩潰，劉芳亮集結了李竟志等部順軍並且跟艾能奇的軍隊會和，結果他們又遭到了朱聿鍵旗下的明軍進攻，黃琦率領荷蘭軍隊和閩軍殺了過來，這次廣西巡撫張煌言也率領廣西明軍加入了戰鬥，結果倉促集結的順軍再次被打的大敗，明軍這次直接把順軍趕回四川，很快唐王朱聿鍵命令明軍繼續北上攻打川南，劉芳亮見狀不得不帶著殘兵撤到敘州府。