順王李自成在得知格魯派使者的來意後很熱情的接待了他們，李自成告訴格魯派使者自己對他們提出的條件感到非常的滿意，李自成直接並且表示自己願意以後充當格魯派和噶舉派之間的仲裁者，要幫助吐蕃宗教間實現和平，同時李自成又向格魯派使者展示了順軍的軍容，格魯派使者認為李自成是想用武力震懾格魯派勢力，從而讓他們日後不敢再去忤逆順軍。

　　而格魯派使者則在暗中對順軍士兵進行觀察，很快他就發現李自成的軍隊裡大量士兵水土不服，很明顯這些中原士兵非常不習慣吐蕃高原的環境，於是格魯派使者立刻就明白李自成為何態度友好，他認為這很明顯是李自成因為軍隊水土不服所以也想和平，於是他立刻把自己的判斷匯報給格魯派，格魯派高層見狀紛紛感到大喜過望，事到如今他們已經被順軍打出了心理陰影，能夠讓順軍止步康區不把自己消滅，這些格魯派高層就感到謝天謝地了。

　　結果幾十天后突然就傳來了緊急軍情，大批順軍突然出現在拉薩郊外，這下格魯派直接傻眼了，原來之前李自成跟格魯派的談判只不過是他的緩兵之計，實際上他並沒有打算放棄進軍衛藏的計劃，要知道這種招數農民軍已經玩了十幾年了，如果李自成跟洪承疇這麽忽悠，洪承疇只會把他當笑話，然而封閉的吐蕃對這個操作簡直聞所未聞，結果他們全都傻乎乎的以為順軍真的要退兵了。

　　而這次奉命帶兵攻打拉薩的是艾能奇，艾能奇曾經常年跟隨張獻忠在湖廣安徽的丘陵地帶轉戰，因此他對山地作戰可以說算是很有經驗了，而且他在入川後開始招募大量本地士兵，這讓艾能奇麾下的軍隊是入川順軍裡為數不多的山地部隊，因此這次艾能奇積極請戰並總算獲得了攻打拉薩的機會，於是艾能奇立刻就率領麾下軍隊輕裝上陣，順軍舍棄了不少火器並帶上很多的乾糧，並且艾能奇還去使用犛牛進行運輸，最終在艱苦的條件下艾能奇從康區成功穿越到拉薩。

　　艾能奇率順軍抵達目的地後就發動出其不意的進攻，很快艾能奇麾下的順軍就殺到了拉薩城下，周圍毫無準備的吐蕃軍隊見狀幾乎是一觸即潰，然後艾能奇直接動用手中僅存的五門火炮炮轟拉薩，結果很快順軍炮兵的炮彈就直接命中布達拉宮，沒見過世面的吐蕃軍隊見狀就立刻開始紛紛逃跑了，艾能奇率領順軍輕松的殺進了拉薩，大批吐蕃士兵直接望風而降。

　　在這種情況下格魯派也明白拉薩是徹底是守不住了，於是他們趕緊狼狽不堪的逃出了布達拉宮，畢竟順軍並不熟悉吐蕃的地形和情況，因此艾能奇殺入拉薩後行軍非常的謹慎，這就給了格魯派高層趁機逃跑的機會，很快他們就在上千護衛的保護下迅速逃出了拉薩，而在他們逃走後艾能奇指揮順軍很快就控制了拉薩各地，發現格魯派高層逃跑的吐蕃軍隊不是逃跑就是投降。

　　艾能奇成功攻佔拉薩的行動基本上徹底終止這場戰爭，經過此戰格魯派勢力基本瞬間土崩瓦解，順王李自成很快就率領順軍挺進衛藏並跟艾能奇所部會師，然後各部順軍和噶舉派盟友就四處出擊，各地的格魯派勢力見狀基本上都望風而降，畢竟吐蕃的都城都被中原軍隊輕松拿下，他們這些格魯派殘余也都喪失了抵抗的想法，很快臧巴汗就在拉薩宣布白教取得了最終勝利。

　　至此噶舉派勢力終於成功的入主拉薩了，不過李自成卻並不打算撤出拉薩，因為此時他已經下定決心要通過白教控制衛藏和康區了，為此順軍不但在衛藏各地繼續駐軍，並且還積極的從李自成治下西南四川等地引進了大量漢人移民，雖然這裡自然條件其實非常的惡劣，但是飽經戰亂的西南漢人還是有不少為了土地而選擇移居吐蕃，並且他們還帶來了耕種技術和道教的信仰。

　　而與此同時格魯派則一路逃到了羌藏高原，由於順軍根本無法在衛藏進行大規模的搜尋和追捕，因此格魯派高層的逃亡也並沒有遭遇多少挫折，然而在逃離拉薩後格魯派高層的威望就愈發的低迷，結果導致大量護衛和僧侶見大勢已去離開他們，這就導致格魯派高層進入羌藏時僅剩不到千余士兵，而羌藏的自然條件比衛藏還要惡劣，這讓格魯派基本上無法在羌藏立足。

　　於是格魯派隻好派使者去安多找鐵杆盟友固始汗，他們希望能夠接受和碩特部的固始汗的庇護，然而很快格魯派使者就得到了巨大的噩耗，和碩特部已經向大明岐王洪承疇屈服了，原來此前賀人龍不斷的去追擊固始汗，導致固始汗的和碩特主力越打越少，而與此同時大量漢人移民進入青海屯墾，這就讓賀人龍就地有了大量的據點，賀人龍所部久經沙場武器精良，這導致和碩特部屢戰屢敗。

　　很快在賀人龍所部明軍的消耗下，固始汗的主力軍就損失殆盡，大量和碩特別部紛紛歸順明軍，最終固始汗陷入窮途末路不得不去向明軍請降，岐王洪承疇爽快的同意了他的投降並且對他很優待，他冊封固始汗為安多侯並且接他到西安來窮奢極欲，這樣洪承疇既安定了和碩特部降兵部眾的情緒，也把固始汗調到了西安從而把他控制起來。

　　而格魯派在走投無路下只能去請求洪承疇收留，洪承疇很快就非常高興的答應了格魯派的請求，他需要藏傳佛教為己所用從從而征服西北，他首先派兵以保護格魯派的名義控制羌藏並收編其殘部，然後洪承疇直接把格魯派武裝護送到西寧，之後洪承疇就表示希望格魯派高層以後就直接定居西寧，格魯派此時受製於人所以只能選擇去答應，而這就意味著以後格魯派直接就成為洪承疇手中的傀儡，但此時格魯派必須依靠洪承疇保護，而洪承疇對他們的待遇很優厚，因此格魯派只能接受這個現實，並且他們還冊封洪承疇為護教法王讓他有聯統藏傳佛教勢力的名義。