楊秀到達長安後立刻就被關押入內侍省。
　　楊秀求見楊堅，但楊堅根本不見他。對於楊秀最大的來說，最大的悲劇是我把你當父親，你卻不把我當兒子。
　　這時才有人把楊秀之罪偷偷告訴他，詛咒天子，結交異族，謀殺大將，構陷兄弟，結黨營私，截殺官差，蓄養死士，圖謀不軌······楊秀感到天旋地轉，這怕是天底下有的罪都加到他的身上了，真是罄竹難書啊。
　　楊秀不禁自言自語道:“我真有這麽壞嗎?”
　　說他是逆子，他認了;說他有天子製式的車隊，他也認了;但是說他搞那麽些旁門左道，要整死父親和弟弟，那是絕無可能，他死也不認。
　　楊秀整日在內侍省大吵大鬧，終於激怒楊堅。楊堅派人痛斥楊秀的罪行。
　　楊秀謝罪說:“我承受國恩，出京當藩王，不能遵守法令，真是罪該萬死！”但是楊秀堅決不承認自己的罪行。
　　次日朝會上，楊堅當著眾人的面，宣布了楊秀的罪狀，他顯得憤怒無比，在朝堂上揚言要處死他。
　　楊廣這時候立刻在朝堂上痛哭流淚，代楊秀謝罪。楊諒見自己這位兄長如此狡詐，心中鄙夷，然後也跪在地上，請求代楊秀之罪。
　　“阿耶，念在四弟年幼的份上，就饒了他吧！”
　　“阿耶，四兄不過是一時糊塗，絕無害阿耶之心！”
　　兄弟倆兩個好助攻，一番表演，贏得了滿堂喝彩，卻是把楊秀的罪給坐實了。楊秀是悲憤莫名，卻是說不出話來。
　　眾人也勸楊堅要慎重，畢竟楊秀罪狀也清，很多東西都是主觀臆斷。
　　楊堅這時候早就不聽勸了，便對眾人說道:“往日秦王楊俊浪費財物，朕用為父之道訓導他。今日楊秀陰謀作亂，朕要用為君之道懲處他。”
　　楊堅這邏輯，真是神了。楊俊那裡就是為父之道，到了楊秀這裡就成了用為君之道。懲處兒子用為君之道，說明楊堅根本沒有把楊秀當成親兒子。
　　眾人聽了面面相覷，也沒人勸說，你父子之間的事，你自己處置就好。
　　這時開府儀同三司慶整勸諫道:“慜太子已被廢黜，秦孝王已經去世。聖人兒子不多，何必如此處治?而且蜀王生性耿直，被嚴肅處理，恐怕不能自我保全，望聖人網開一面。”
　　也不知道慶整到底是誰的人，勸人是直接往楊堅心口上捅。楊堅聽到慶整的話是勃然大怒，大罵道:“若不是朕網開一面，早應當將楊秀推到街市斬首，以便向天下百姓謝罪。”
　　慶整跪在地上不停地叩首，楊堅便讓人捉拿慶整，要割掉他的舌頭。眾人勸諫乃免，但再也沒有人敢替楊秀進言。
　　因此楊秀被交與執法人員審訊，楊堅命令楊素、蘇威、牛弘、柳述、趙綽等人，詳細審問，嚴肅處理。
　　其實詳細審問也沒有什麽可審問的，除了“違犯制度，超越規格，車馬服飾，均比照天子所用樣式添置”這些罪狀，楊秀其他事一概不承認。
　　楊素故意把楊秀怨懟的話送給楊堅，楊堅看到氣得直言:“天下難道有這樣的事嗎?”
　　七月十日，楊秀回京第六日，被問罪第三日，楊堅以楊秀“心含怨懟，陰謀作亂，違逆人倫”的罪名將楊秀廢黜為庶人，同時將其軟禁在內侍省，不得與妻子兒女相見
　　也不知道楊堅心中到底是多變態，竟然派遣醜陋凶惡的婢女二人，供他驅使。受楊秀牽連獲罪的有一百余人。
　　楊秀雖然被廢，卻是死活不認罪。對於朝廷對他的控訴他一概不承認。楊素沒有辦法，隻得令人不斷地羞辱楊秀，以折磨他的意志。
　　後來楊秀實在撐不住了，便給楊堅上表道:“我因為幸運，成為聖人的兒子，承蒙父母撫養長大，九歲就得到了榮華富貴，隻知富貴享樂，從未憂懼過。我輕易地放縱我這顆愚笨的心，落到這個地步，我辜負聖人山嶽一樣高的大恩，心甘情願地去死。不料天恩還可讓我有余漏，到如今這地步，我才知道愚心不可放縱，國法不可觸犯，我捫心問罪，真是來不及改過自新。我還想分身有術，竭盡余生，稍稍報答一下父母的養育之恩。但因神靈不保佑，我的福分爵祿完了，夫妻團聚，不可能了。只怕我長辭人間，永歸地府，伏請聖人，賜我憐憫，在我死之前，讓我與我的兒子瓜子見上一面。然後請你賜我一個墓穴，讓我的屍骨有個去處。”
　　楊瓜子便是楊秀的小兒子，最是得其寵愛。
　　楊秀也是害怕，當初楊俊死後，楊堅甚至剝奪了楊俊兒子喪主的身份。他怕自己淪落到和三兄一樣，落得個死了兒子都不能主祭的下場，孤零零踏上黃泉之路。
　　楊秀這份信，有怨懟，有乞求，不過他已經不是親王了。作為楊堅的親兒子，楊堅怎麽也得顯一下慈愛之心。
　　可惜楊堅真不是一個好父親，對於自己的兒子簡直就跟仇人一樣。五個兒子親手搞死三，四個弟弟，除了親手養大的楊爽，都跟他關系不睦。楊堅這種人，天生的孤家寡人，不當天子都可惜了。
　　也不知道楊堅到底怎麽這麽嫌棄楊秀，竟然回應了一番話，將他裡裡外外地不是，全部都數落了一遍。
　　楊堅下了一封詔書駁斥楊秀:
　　你從地位上說，是臣又是子;從感情上說，與家又與國相關。庸、蜀是重要的地方，朕讓你去鎮守。你卻觸犯綱紀，心懷惡意，幸禍樂災。你小看皇宮和太子宮，等著這裡發生災禍。你容納不法之徒，交結異端分子。朕有什麽不和，你便等著，指望朕死了，你就起異心。皇太子是你的兄長，按長幼順序也當立他。你卻假托妖言，說他不能終其位。你裝神弄鬼，又說你可惜不能入主東宮。你自稱骨相不該當人臣，品德、功業應當皇帝。你胡說青城出聖人，想用自己當其位。你詐稱益州出現了龍，假托是什麽好兆頭。你重述“木易”之姓，又修成都的宮室，胡說“禾乃”之名，以當“八千”年的皇運。
　　胡編京師有什麽妖異，以證明父親兄長有災。妄造蜀地有什麽吉祥，以說明你有什麽祥瑞。你哪裡不想國家遭惡，哪裡不想天下大亂?你還建造白玉王廷，又作白羽箭，你的服飾車馬與天子無異，哪裡像有我的樣子?你糾集旁門左道，用符書壓鎮朕和漢王。漢王和你，是親兄弟，你卻畫他的形像，寫上他的姓名，縛手釘心，枷鎖杻械。還說要請華山的慈父聖母的神兵九億萬騎，收楊諒的魂魄，閉在華山之下，不讓魂魄散開。朕對於你，是你的親父親，你卻又說要請西嶽華山的慈父聖母開化朕夫妻二人，讓我們回心轉意，歡歡喜喜。你又畫朕的形像，縛手撮頭，還說請西嶽神兵收楊堅鬼魂。如此這般，朕如今不知道朕和楊諒是你的什麽人?
　　包藏禍心，圖謀不軌，這是叛逆之臣的罪證。希望父親遭災，以此為幸事，這是賊子的毒心。懷著非分之想，對兄長放肆毒心，這是悖弟的行為。嫉妒小弟，無惡不為，無孔懷之情。你觸犯國法，到了極點。你多殺無辜，這是豺狼的暴行。你剝削百姓，酷虐到了極點。你只求財貨，這是市井小民的勾當。你專門侍奉妖邪，這是頑囂的本性。你辜負了我的重托，是個不成器的東西。凡此十罪，滅天理，逆人倫，你都作了，壞到了極點。你還想免除禍患，長守富貴，怎麽可能呢?
　　一份詔書，宛如一封斷絕父子關系書，楊堅之狠決，對親子之無情，一點一滴都浸住在這封詔書中，割得人心血肉模糊。