盡管拿破倫得到了大量的王冠，但形勢並不像他在《箴言報》上說的那麽樂觀。因為早在5月2日，也就是斐迪南繼位前，馬德裡就發生了反抗繆拉元帥和馬德裡守軍司令格魯希的大規模武裝起義。蒙塞的援軍趕到才給他們解了圍。結果有1，000多法國人和西班牙人被殺，有人估計有25，000人被殺。西班牙人民反對法國入侵的武裝起義從此在伊比利亞半島上風起雲湧。此時，拿破倫還和約瑟芬在巴榮納海邊度假，他沒有將西班牙起義當一回事，他認為這不過是小事一樁。後來進一步的消息傳來，說西班牙人將法國人自特拉法加海戰後就一直停泊在加的茲港的幾艘法國商船炸毀並佔領了該海港，拿破倫仍然不以為意。

　在法國的版圖上增加了兩個新的王國之後，拿破倫和約瑟芬回到了巴黎的聖克魯宮，經嚴格審查的新聞界對法國人在西班牙遭到的挫敗隻字未提。盡管眾官員在首都紛紛彈冠相慶，但外交部長康佩尼和陸軍大臣克拉克卻幾乎每天都收到來自西班牙的壞消息。5月裡的一個星期之內，西班牙3個地方的法事長官被刺殺，許多省份開始公開叛亂。在7月的第一個星期，幾乎整個西班牙王國開始了反對法國佔領的起義，西班牙人甚至直接向英國人請求軍事援助。

　事實上，拿破倫在從巴榮納返回巴黎的途中就從他所不喜歡的軍官薩瓦裡(新任洛維戈公爵，陸軍上將，第11軍團(新建)軍團長)那裡得知了西班牙抵抗運動的消息。

　西班牙抵抗運動是在法軍大規模入侵西班牙後成立的，其成員主要是西班牙軍隊將領和貴族，以及天主教宗教人士.他們得到來西班牙人民廣泛的支持，到處襲擊法隊，刺殺高級官員，使得法國在西班牙的統治幾乎崩潰。其領導人物就是西班牙前陸軍副部長卡斯塔尼奧司上將，在他的號召下，西班牙20萬陸軍中的12萬人開始了反抗法軍的統治，還有大量的人脫下軍服，投靠法國的只有僅僅不到4萬人，以馬德裡守軍司令格魯希中將為首。

　但論軍事實力，在西班牙的法軍擁有第2軍團、第4軍團和騎兵軍團，整整10萬人，還有格魯希的4萬人，和卡斯塔尼奧司領導的軍隊相比，人數並不處於劣勢，盡管此時卡斯塔尼奧司的軍隊已經發展到了16萬人。武器裝備也要比卡斯塔尼奧司的軍隊好得多，但卡斯塔尼奧司卻得到了西班牙貴族階層的全力支持，他們有著大量的財富，可以為卡斯塔尼奧司提供精良的武器和各種補給。而法軍的各種補給物資則需要從法國運來，其間還得穿過西班牙人抵抗比較激烈的伊比利山脈，這樣使得法軍不得不派出大量的軍隊守衛運輸線，造成了前線兵力的嚴重不足。

　西班牙抵抗運動如火如荼，法軍陷入了困境。7月22日，法軍將領杜邦率領的23，000人在拜蘭遭到卡斯塔尼奧司將軍的猛襲;法軍傷亡慘重，杜邦隻得率軍投降。拿破倫對杜邦的慘敗特別關切，聖克魯宮和陸軍部籠罩著不祥的陰雲。杜邦的軍隊在攻佔科爾多瓦之後對西班牙人進行了野蠻的奸淫搶掠，那情景酷似1797年拿破倫意大利戰役的情況。成千上萬的騾馬拉著500輛滿載掠奪物資的四輪馬車使他的軍隊如牛負重，終於沒能逃脫憤怒的西班牙平民(法國人稱之為“流氓”)和緊隨其後的西班牙軍隊的包圍和阻截。

　“如果征服西班牙需要付出80，000人的代價，我認為不值得，但在我看來12，000人足矣。”拿破倫4月18日在巴榮納的口氣十分輕松，仿佛12，000人的生命是毫不足惜的。但現在，法軍的損失已經遠遠超過了12，000人。

　7月30日，為了解決目前的西班牙的困境局面，拿破倫在聖克魯宮召開專門會議討論這一問題。蕭傑也參加了這次會議。“先生們，我們現在在西班牙的處境非常糟糕，每時每刻都有勇敢的法國士兵在卑鄙的西班牙人的偷襲下喪生，我們必須找到辦法解救他們。”拿破倫激動的揮舞著手臂說道。

　辦法到是有，很簡單，只要法軍全部撤出西班牙就不會有人在死亡了。但沒人敢這樣說，因為西班牙對法國的重要性和拿破倫佔領西班牙的決心，在這個時候，撤出西班牙那不是承認法軍在西班牙失敗了嗎，這是拿破倫決定不能忍受的。所以也沒有人敢提出來觸拿破倫的眉頭。

　“康佩尼，你向大家解釋一下現在西班牙的局勢。”拿破倫說道。

　“好的，陛下。各位，現在西班牙的局勢非常糟糕，迄今為止，我們在那裡已經損失了近4萬人。原本佔領的地方現在都已經被亂軍奪回，現在還在我們的控制之下的只有馬德裡、赫塔費、薩拉戈薩和多拉達海岸以及壯觀海岸的城市，其他的地方都已經被亂軍佔領。馬德裡一度有被圍的危險。另外，卡斯塔尼奧司已經派人向英國求援，請他們直接加入戰爭，英國很可能答應卡斯塔尼奧司的請求，那樣的話，我們在西班牙的處境將會更加的糟糕。”康佩尼向大家介紹了西班牙那糟糕的形勢。

　聽了康佩尼的介紹，參加會議的人都皺著眉頭。蕭傑也是那樣，但心裡卻樂開了花，在他的計劃中，西班牙越亂越好，這樣在他出兵西班牙的時候才能向拿破倫要更多的好處。另外，在這種情況下，西班牙的所有反對份子基本上也露出了水面，到時候只要他能把這些人全部消滅，那他今後在西班牙的統治就會簡單很多。

　“克拉克，陸軍部有什麽解決的方法沒有?”拿破倫皺著眉頭問道。

　“我們政治擬定向西班牙增兵的方案，按計劃，我們至少還得向西班牙增派2個軍團才能控制控制住局面，要想消滅西班牙人的抵抗至少得派3-4個軍團。”克拉克說道。

　增兵那是肯定的，但法軍現在的兵力也並不充分，雖然現在法軍已經有12個軍團了，並且還有4個在建設當中，但法國現在龐大的領土也需要大量的法隊駐守，其中第1軍團在荷蘭，第3軍團駐守加萊，第5軍團波蘭，第6軍團和第7軍團在巴伐利亞防備蠢蠢欲動的奧地利，第8軍團在德意志，第9軍團在諾曼底，第10軍團在萊茵同盟，近衛軍團和帝國衛隊在巴黎，蕭傑的第88軍團還在訓練，歐仁的意大利方面軍也在防備奧地利，而可憐的第2軍團和第4軍還有騎兵軍團則陷入了西班牙的戰爭泥潭中，過著擔驚受怕的日子，所以現在拿破倫能調動的軍團也並不多了。

　“可是我們的各個軍團都有自己的使命，並沒有多余的軍隊用於西班牙。”拿破倫說道。原本他以為10法軍就能完全佔領西班牙了，但他現在才知道他錯了，他錯誤的估計了西班牙人保衛祖國，抵抗侵略的決心。

　“我們準備先讓皇儲殿下率領第88軍團進入西班牙，幫助繆拉元帥穩定住局勢，等3個月之後，我們新的軍團就可以投入戰鬥，到時候我們就可以很好的解決西班牙戰事了。”克拉克說道。聽了他的話，大家都看向了蕭傑，知道他的第88軍團經過這次擴編以後已經有了8萬余人，足足是其他軍團的兩倍，況且由於他就是安德雷西兵工廠的老板，所以第88軍團的裝備也是最好的，火炮和重機槍的配備也是其他軍團的兩倍以上。

　拿破倫也看向了蕭傑，因為現在能調往西班牙的也就只有蕭傑的第88軍團了， 但他卻沒有向蕭傑下達命令，因為眾所周知，第88軍團是蕭傑用自己的錢建立起來的，這個軍團的所有開支都由他自己承擔，所以雖然這個軍團名義上隸屬於法國陸軍部，但他們都沒有向這個軍團發布命令的權力，包括拿破倫。

　看大家都看著自己，蕭傑有些鬱悶了，他還不想這麽早的把自己的軍隊投入到西班牙去，同時也在心裡暗罵克拉克那個老家夥，沒事幹嘛把主意打到自己身上。“各位，我的軍團的訓練還沒有結束，目前我還無法派遣軍隊參加這次行動。”蕭傑說道。其實第88軍團的訓練已經基本上完成了，只剩下最後一些收尾的工作還沒做。經過這次擴編以後，第88軍團雖然是以前的兩倍多，但戰鬥力卻不是以前的兩倍，因為有很多人都是沒有經歷過戰爭的新兵，在戰鬥力上自然要大打折扣。不過讓蕭傑十分高興的是對士兵們的洗腦卻非常的成功，在第88軍團的士兵們心中，安德雷西的地位絕對要高於拿破倫，這都是每天不斷的洗腦帶來的。

　“都快一年了，還沒訓練完，誰信啊，怕死就明說嘛。”蕭傑剛說完，就有人不陰不陽的說道。