最後的江東死忠程普也戰死沙場，蒯越將軍沒有為難他們。將戰死的將士們都好生安葬，死者為大。荊州四萬水軍傷亡不多，只是李術將軍的一萬廬江軍傷亡殆盡。沒有辦法，蒯越一部沒有步軍只能以李術將軍所領步軍為主力。　　劉琦聞之李術將軍戰死，亦是傷感不已，下令讓人好生安葬，並且重賞其家人，使其衣食無憂。程普戰死，江東最後一股反對劉琦的勢力也消滅了。隨著孫權的卸任，劉琦正式統領江東。

　　江東新佔，人心未附。劉琦這時還不能走，留著繼續處理政務。處理當地事物，還是當地人出面最好，為了避免孫氏的影響和北面抗擊曹操，劉琦詢問諸葛亮之後，把揚州治所遷至建業城。

　　劉琦自領揚州牧，在建業另開一府。同時在其征南大將軍府上，實施三省六部製。至於在揚州這裡實行，因為揚州新佔。士人都不敢反對，生怕被劉琦當做孫氏死忠處理。荊州士族根基縱橫，怕是不易實施。

　　這樣在江東有了良好的條件，劉琦稍稍把漢朝的制度一修改就變成了三省六部製。在這裡沒有父親劉表的掣肘，也沒有了士族大家的反對，和一些愚忠官員的喋喋不休的勸諫。

　　揚州六郡都已落到劉琦手中，是時候該分蛋糕了。一方面劉琦任用孫氏舊臣，同時提拔江東當地士人，再加上劉琦帶來的荊州一部分官員構成了江東的體系。

　　李嚴領廬江太守，官至橫江將軍，同時領兵一萬，同副將呂岱、朱桓，北抗曹操;徐庶領丹陽太守駐扎建業虎視徐州，領兵一萬，副將徐盛，黃敘;朱治為豫章太守，呂范為會稽太守，嚴峻為廬陵太守，顧雍為吳郡太守。同時任賀齊為討越將軍，留讚為校尉，領兵一萬征討山越宗賊。擇其精壯充軍，女子小孩，為屯田民。文聘為虎威將軍，領一萬水軍防守長江下遊;甘寧為虎翼將軍，防守長江上遊，領水軍一萬。

　　有李嚴徐庶把守揚州關隘城池，即使曹操來犯也不懼他。況且長江天險，和兩萬荊州水軍精銳，縱使曹操二十大軍也不能踏入江東一步。

　　管理好江東政務軍事，劉琦就開始了三省六部制度的改革。三省六部製是中國古代封建社會一套組織嚴密的中央官製。現在許都只有尚書台，中書省和門下省只是初具規模並沒有形成。

　　現在劉琦只能以征南大將軍府的名義開府，下轄三省，三省督六部。六部管理各州、各郡、各縣。

　　劉琦自領征南大將軍，都督荊、揚、交、廣四州軍事政務。父親劉表被劉琦上書封為楚公，只等曹操的回復。尚書省尚書令蒯良中書省中書令劉先，門下省侍中蒯越。六部分別為吏部尚書蔣琬、侍郎伊籍;兵部尚書賈詡、侍郎陸遜;戶部尚書趙累、禮部尚書嚴峻、刑部尚書張昭工部尚書張紘。

　　劉琦廢除州牧製，改為刺史制度。於此同時加強了刺史的職權有行政、司法等權力，廢除了其軍事、立法權，可以任命包括太守之下的官員。

　　同時任命龐統為荊州刺史，持節都督節製荊州兵馬;諸葛亮為揚州刺史，持節都督，節製揚州兵馬;賴恭為交州刺史，韓嵩為廣州刺史。諸葛瑾為蕩寇將軍，都督交州廣州兩州兵馬。

　　三省各有明確分工，中書省起草昭書，門下省封駁審議，尚書省負責執行。對於三省製，;中書省和門下省成立的目的，在於分割和限制尚書省的權力。主要掌管中央政令和政策的制定、審核與貫徹執行。

　　中書省的長官為中書令，

副長官為中書侍郎，主要職官有中書舍人。中書省主要負責秉承皇帝旨意起草詔敕;起草之責主要由中書舍人負擔。主要官員有劉先，楊儀等;　　門下省的長官為侍中，副長官為門下侍郎，主要職官有給事郎主要官員為蒯越，廖立。門下省主要負責糾核朝臣奏章，複審中書詔敕，如認為不當，司以封還和加以駁正，稱“封駁”。駁正之權主要由給事中掌握。

　　中書、門下二省都設在劉琦征南大將軍府內，所以又有諫諍之責，設左右諫議大夫、左右補闕、左右拾遺，分屬二省(左屬門下、右屬中書)，以匡正大將軍的過失。

　　尚書省設在府外，長官為尚書令，副長官左、右仆射。仆射之下有左右丞、左右司郎中、員外郎、負責都省職事， 總領六部。主要有蒯良，魯肅等。

　　六部各部長官稱尚書，副為侍郎.各司之長為郎中，副為員外郎，分別負責貫徹各種政令。他們對中央擔任具體事務的九寺三監(或五監)及地方上的州、郡、縣官有領導、監督之權。

　　“中書取旨，門下封駁，尚書奉而行之”，是三省分工原則，從而彼此製約，以掌管國家大政。三省長官為宰相，台議軍國大事於政事堂。用來加強中央集權的調整和補充。

　　理論上，劉琦是實習的軍政分離的政策。但是戰亂年代，又是一個人同時處理一個地方更有效率。所以劉琦賦予一個人兩個職位，來處理這個局面。但是不會設立一個職位同時能掌握所有權力，避免以後的地方割據勢力橫行。

　　勉強設立了三省六部的模型，劉琦就急忙離開了。快過年了，劉琦快馬加鞭，急忙回到荊州，原因只有一個他的妻子蔡玉懷孕了。其實臨戰之前劉琦就刻意的想要孩子了，前兩是因為蔡玉還小，怕生出個弱智了。現在劉琦也老大不小了也該有個孩子了。也讓忠於劉琦的臣子有個盼頭。

　　讓諸葛亮自己相機行事，劉琦帶著步練師同陸遜，劉磐等數百護衛先行一步了。蒯越自領大軍五萬隨其後。江東百廢待興，人口銳減。實在拿不出兵馬防守，劉琦隻好留下四萬荊州兵馬，用來抵禦曹操。江東雖被攻下，可現在對於劉琦來說，只是個累贅，起碼十年之內是這樣的。

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