孔子後裔的封號，一向是嚴格遵守宗法制度，以嫡長子承襲的。宋金時期，南北對峙，由於社會劇烈動蕩，“衍聖公”出現了南宗與北宗。

孔端友以上傳承如次:孔子44代孫文宣公孔宜生三子:延世、延澤、延渥，45代延世襲封;延世子、46代孫文宣公聖佑無嗣，後又以堂弟、45代延澤之子宗願承繼文宣公爵位。(孔宗願，是歷史上接受封爵“衍聖公”之第一人。在其之前，孔子嫡孫封號叫做文宣公，宋仁宗至和二年(1055)，詔令改文宣公為衍聖公。)宗願生四子:若蒙、若虛、若愚、若拙。宗願之後，由其子47代孫若蒙襲封，後若蒙被廢爵，改其弟若虛承襲。若虛故，仍由若蒙子端友襲封;(孔子47代孫孔若蒙生二子:端友、端操。)孔端友扈駕南渡，囑其胞弟端操留守曲阜，代為祖廟墓廬祭祀及族務。因金兵肆虐，焚燒孔廟，不久孔端操憤懣而亡。

在衢州的孔子48代孫、衍聖公孔端友無嗣，以其弟端操四子孔玠承繼;而金兵入主中原後，扶持了偽齊劉豫政權，劉豫在偽阜昌二年(公元1131年)將孔端友之弟孔端操的次子孔璠，封為“衍聖公”，主持孔廟祭祀。偽齊政權滅亡後，金熙宗天眷二年(1139年)，仍封孔璠為“衍聖公”。

很清楚，最起碼在這個時候，最講究“立嫡立長”的傳統禮製，已然遭受到歷史因緣際會的無奈。

後來，在衢州的衍聖公一系，自孔端友以降，先後是端操子49代孫孔玠、50代孔搢、51代孔文遠、52代孔萬春、53代孔洙均享宋“衍聖公”之封爵。

北宗孔璠是南宗孔玠的胞兄，其後傳子於50代孔拯(拯無嗣，由其弟孔摠承襲。)孔摠生二子:51代元措、元紘;元措亦無嗣，由其弟元紘之孫孔湞為嗣孫。孔湞系元措侄子側室所出，曾隨生母遭嫡母之逐出，長大後複被孔元措領回作繼承人，又引起元措之婿嫉恨。蒙古人搞的“戶籍製”填造戶籍，元措之婿將其填報於李氏門下。後因此故，孔湞被其他孔氏族人攻擊為不是孔子聖裔，被免去“衍聖公”封爵。自元憲宗八年(1258)孔子53代孫孔湞被虢奪封爵後，北宗衍聖公封爵中斷43年。

在這一段時間內，“衍聖公”襲爵隨著宋金元的戰爭而不斷變化。更因之出現了宋金元三個衍聖公。

在51代孔元措就任衍聖公期間，金宣宗貞祐三年(1215)七月，詔令孔元措隨朝就職，曲阜祭祀事物由元措交由其族兄孔元用代攝。元滅金，元太宗複令元措繼續襲衍聖公(元措傳嗣孫孔湞，湞後被罷爵。孔湞絕嗣。)，主奉祀事，而改任孔之全為世襲曲阜縣尹;孔元用，孔宗願三子、47代若愚五世孫，元措奉詔赴汴京後，代行曲阜奉祀和族務。金宣宗興定四年(1220)五月，蒙古太師木華黎經略山東，奉成吉思汗令，頒元用四品印信，令其襲衍聖公爵;宋嘉定十七年(1224)宋軍收復山東，授元用通直郎。次年、宋寶慶元年(1225)又命元用襲封衍聖公，世襲仙源縣令。元用卒，其子52代孫孔之全襲封。元憲宗八年(1258)53代孔湞被虢奪封爵後，直至元成宗元貞元年(1295)，複由孔之全子、53代孔治襲封衍聖公。孔治生子54代孔思誠，亦襲封爵(後遭罷黜)。

由是觀之，在傳統中國史觀裡，作為中國正朔的趙宋，在那時已經承認了北宗的地位。

宋亡。元至元十九年(1282)忽必烈議立孔子後，

眾臣以寓衢者為大宗。遂召南宗53代衍聖公孔洙赴闕，欲令其載爵回曲阜主持奉祀。孔洙以南宗先世墓廬在衢，難以離去，且感恩於曲阜族人守塋護廟，有功於祖，願讓爵於曲阜宗弟孔治，並以母老為由，乞求南還。元世祖讚曰:“寧違榮而不違道，真聖人後也。”遂拜孔洙為承務郎、國子監祭酒兼提舉浙東學校，給俸養廉，並予護持林廟璽書，遂結束了北宗、南宗並列的局面。(《闕裡文獻考·世次》)由是而知，孔洙讓爵實為辭爵。且元政府官訂衢州孔氏家規懸於南孔家廟:“衢州一派子孫，自宋衍聖公孔洙讓爵於闕裡子孫孔治承襲公爵……竊恐後世兩派子孫互相嫌隙，妄起爭端……行令在衢子孫永遵製典，恪守祖風。有違者以不忠不孝論，置之重典，永不敘錄。法令昭明，人無異議。”(《孔府檔案》)。

元延佑三年(1316年)，孔氏族人因認為世襲衍聖公54代孔思誠(孔治之子)出於旁支，非孔氏嫡長，上書請求改易長支孔浣之子孔思晦為世襲衍聖公。(孔思晦，孔宗願第三子若愚之七世孫。若愚生端稟、端立，端立生琥，琥生拂。拂生元直、元孝、元用，元孝生之厚，之厚即孔思晦祖父。之厚子浣生思晦;孔思誠，亦孔宗願第三子若愚之七世孫。若愚生端稟、端立，端立生琥，琥生拂。拂生元直、元孝、元用，元用生之全，之全生治，治為思誠父。)時元仁宗征詢大臣元明善意見，明善告答確為孔思晦。後元仁宗又親自查閱孔氏宗譜，認定應該冊封孔思晦為世襲衍聖公，孔思晦也就是後來歷代衍聖公的祖先，從此衍聖公由孔思晦一系嫡長孫世襲不紊。

南宗失去爵位後，逐漸衰敗。也導致一些記錄的“偏頗”:

元代南宗世系記載不一，概括起來，大致有三個版本:

一:孔洙——思許(演子)——克忠(思栗子或思俊子);

二:孔洙——津(改名楷)——思許——克忠(思栗子);

三:孔洙——楷——公許(早卒)——宏(公俊子)。

(由於南宗在元代就出現世系的這一“特殊”現象，導致彼時南宗就比北宗輩份高幾代，直至今日。事關孔氏宗親，茲不贅述。)
直至明弘治十八年(1505)，由衢州知府沈傑奏請朝廷，於正德六年(1506)方授孔彥繩為將仕郎、世襲翰林院五經博士。自此，中斷了250年之久的南宗孔氏，始又襲封，享受衍聖公次子之待遇。但孔彥繩身後，明政府又是數代未封。直至清順治九年(1652)，由65代孔衍楨複又承襲翰林院五經博士銜。

明政府確定衍聖公為孔氏大宗主。南宗五經博士和顏氏、孟氏、曾氏之襲封五經博士完全一樣，均受衍聖公之節製。南宗兼代衍聖公管理衢州當地孔氏族務。孔氏大宗主衍聖公對衢州翰林博士擁有絕對的管轄權，衢州翰林博士必須隨時將情況報明衍聖公府。

清代對世襲翰林院五經博士有嚴格的規定，將應襲者的親供與裡鄰、親族甘結，附上應襲者三代履歷由西安縣逐級轉呈，經衍聖公批示，呈請吏、禮部選任。吏、禮部批準後，經予文憑，谘文衍聖公府，轉發至翰林公署。衢州翰林博士接到文憑後必須在規定期限內到任，延期不得超過一個月， 並將到任時間上報衍聖公府，轉報吏、禮部。
民國二年北洋政府頒布《崇聖典例》保留衍聖公爵位，改衢州世襲五經博士為世職“南宗奉祀官”，奉祀官的承襲由衍聖公谘文“地方行政長官呈明內務部核準”，承襲過程中仍需族長、各支房長及鄰右出具甘結，附上應襲者三代履歷相關宗圖，印花稅洋一元，付衍聖公府掌書廳監印等手續費30元，一並呈衍聖公府，再由衍聖公府將相關文件及印花稅交由山東省長轉呈內務部。待內務部批準後，發給任命執照，經山東省長交衍聖公府，再劄付南宗奉祀官收悉。
現存孔氏南宗《欽定孔氏家規》是明正德元年(1506)衢州知府沈傑制定，並上奏朝廷欽準刊行:
第一條:遵製典。要求孔氏南宗子孫嚴守本分，遵崇製典，不得覬覦北宗衍聖公之職。為恐後世南北兩派子孫“互相嫌隙，妄起爭端”，因此嚴立規戒，“行令在衢子孫永遵製典，恪守祖風”，“有違者以不忠不孝論，審之重典，永不敘錄”。
第七條:責報本。規定“南渡孔氏子孫，每十年一赴闕裡，謁拜聖祖家廟，祭掃山林……就令會同南北宗譜，開保歷代子孫名諱，居曲阜縣者書引於前，居衢州府者書引於後……且以見我國家一統文明之化普及南北……”。
以上資料與曲阜存檔案相符。如:曲阜所存南譜記載“世祖皇帝及時宰之意謂洙當襲爵無疑，洙乃以子非親出而又志欲回南，上章力辭而行”“津子公許改名思許繼洙後”。

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