但是在2010年12月18日布萊克本流浪者主場一比一戰平西漢姆的比賽中，菲爾·瓊斯下半場五十七分鍾替補克裡斯托弗·桑巴出場，但僅十分鍾便因與卡爾頓·科爾發生碰撞受傷離場，賽後證實膝蓋嚴重受傷，2011年2月15日菲爾·瓊斯又與布萊克本延長一年合約，而原本被預計會缺席整個賽季的他也在2011年3月11日對陣布萊克浦的比賽中復出。
　　菲爾·瓊斯是在2010年11月27日曼聯對陣布萊克本的比賽中首次吸引了曼聯主教練弗格森的關注，隨後在2011年1月曼聯方面曾經對布萊克本提出購買瓊斯的建議，但被布萊克本所拒絕。在2011年6月曼聯再次對菲爾·瓊斯報價並且直接動用了瓊斯合同中的一千六百萬解約金的條款，瓊斯在6月前往丹麥參加U-21世青賽的前一天在未和曼聯簽約的情況下接受了曼聯安排的體檢，這令布萊克本方面非常憤怒。
　　布萊克本表示己方不必遵守解約金條款，此時利物浦隊也像布萊克本提出了兩千兩百萬磅的報價，形勢瞬間複雜化。在6月9日弗格森迅速結束休假親自趕到蘭開夏郡的瓊斯家裡，和瓊斯的父母進行了面談。之後瓊斯告知布萊克本高層，自己對利物浦不感興趣，一心隻想加入曼聯，而此時曼聯也將報價提高了五十萬，並且還為布萊克本提供了四百萬的額外浮動條款，最終布萊克本在6月13日接受了曼聯的報價，瓊斯順利加盟曼聯。
　　曼聯官網稱“曼聯很高興宣布已經於布萊克本就菲爾·瓊斯的轉會達成一致，球員上周已經在曼徹斯特通過體檢，並同意了一份為期五年的合同，交易已經在球員返回參加國際賽事時已經完成。“
　　瓊斯在2011年6月參加完U-21歐青賽後，前往美國和曼聯隊會合參加北美巡回賽，在對陣芝加哥火焰的比賽中首次代表曼聯出場。2011年社區盾杯決賽是瓊斯第一次代表曼聯出戰正式比賽，他在下半場替補裡奧·費迪南德出場，而曼聯最終三比二戰勝了曼城，菲爾·瓊斯也因此收獲了自己職業生涯的第一個冠軍，社區盾杯。
　　在2011-12賽季初期因為曼聯的兩大核心中衛費迪南德和維迪奇都受到了一些傷病困擾，菲爾·瓊斯得以成為了曼聯的主力後衛。在出場的幾場英超中表現非常出色，不僅防守凶狠果斷，而且進攻上也非常積極，經常高速殺入對方禁區製造混亂，已經貢獻了一次助攻和兩次間接助攻。他和曼聯隊內另一位年輕的英格蘭本土中衛斯莫林都有出色發揮，被譽為未來英格蘭國家隊的主力中衛組合。弗格森甚至表示，隊內多年以來的兩大核心中衛費迪南德和維迪奇都要面臨這兩位年輕人的挑戰。
　　在2011年10月2日曼聯對陣諾維奇的英超聯賽中，瓊斯更是因為精彩的發揮被評為當場最佳，在2011年12月3日客場對陣阿斯頓維拉的比賽中，瓊斯攻入個人職業生涯首例入球。他的第二個入球也很快來臨，在接下來對陣巴塞爾的歐冠小組賽，盡管曼聯因一比二不敵對手無源歐冠淘汰賽，但瓊斯迎來了他的歐冠首例入球。
　　菲爾·瓊斯先後代表英格蘭U19、U21國家隊參加比賽，2011年10月首次代表英格蘭國家隊出戰。他於2009年11月17日獲征召代表英格蘭U19出戰土耳其，以後補身份首次上場，幫助球隊三比一取勝，他隨後入選了2010年烏克蘭歐洲U-19足球錦標賽的精英資格賽英格蘭U19大軍，三仗均首發上場，取得兩勝一平，獲得在法國舉行的決賽圈參賽資格。
　　2010年8月4日菲爾·瓊斯獲提升上英格蘭U21，於8月10日對烏茲別克U21首次上場，首發登場踢了半場。其後在2011年歐洲U-21足球錦標賽最後兩場資格賽及兩場附加賽均首發上場，協助球隊取得來年在丹麥舉行的決賽圈參賽資格。
　　菲爾·瓊斯入選了英格蘭隊參加2011年歐洲U-21錦標賽決賽階段的二十二人陣容，身穿六號球衣。在對陣西班牙國家青年足球隊、烏克蘭國家青年足球隊與捷克國家青年足球隊的三場小組賽中，菲爾·瓊斯均作為主力中衛打滿全場，但英格蘭隊在6月19日的生死之戰中一比二被捷克逆轉，就此離開丹麥賽場。
　　菲爾·瓊斯在2011年8月和9月曾兩次入選了英格蘭成年國家隊，但是未有上場記錄。直到2011年10月6日，2012年歐洲杯預選賽小組賽英格蘭客場對陣黑山的比賽中，菲爾·瓊斯才首次代表英格蘭成年國家隊出場並打滿全場。
　　2011年11月中旬瓊斯再度入選國家隊，參加了英格蘭對陣西班牙和瑞典隊的比賽， 他在這兩場比賽中都以後腰的身份首發出場，表現不錯，受到了卡佩羅的表揚。2012年5月16日，英格蘭足協公布了歐洲杯英格蘭二十三人名單，菲爾·瓊斯入選大名單之中並隨隊出征歐洲杯，但遺憾的是他未獲得上場機會。
　　而在剛剛結束的世界杯上，他卻並沒有進入最終的大名單，這也讓菲爾瓊斯很遺憾，不過他也是在第一時間就向媒體表達了對張衛的敬重和即將到來的新賽季充滿了希望，畢竟這個球員也知道一個道理，想要成為更好的球員就必須要有張衛這樣的人來帶領他。
　　瓊斯雖然已經是英超的知名後衛，但仍舊和自己的父母住在蘭開夏郡的家裡。他最終選擇曼聯回絕了阿森納和利物浦的一個原因就是曼徹斯特離自己的家更近。瓊斯說“老實說，我更想自己照顧自己，培養自己的責任感，那並不會難倒我。去別處也不會有問題，但是我喜歡待在家裡，我並不覺得需要速戰速決的解決這個問題，在這裡我會繼續跟以前陪伴我的人在一起。“
　　菲爾·瓊斯有近乎完美的足球天賦:速度、預判、技術，菲爾·瓊斯擁有一名優秀後衛所應具備的一切素質。從防守技巧和預判能力來說，中後衛出身的菲爾·瓊斯絕對堪稱英格蘭右後衛候選名單中最突出的一個，與其高超的球技一樣令人深刻的是，菲爾·瓊斯在精神層面絕對堪稱天生的王者，而這一點也是張衛最喜歡聽的地方，其實一直以來張衛都更傾向於有強大心理素質的人。