趙曙即位之初，由於生病便由曹太后來垂簾聽政。一些宦官不斷向曹太后說趙曙的壞話，致使兩宮嫌隙萌生，關系頗為緊張。
　　為了調解兩宮矛盾，韓琦和歐陽修先對曹太后說:“您侍候先帝仁宗這麽多年，天下誰不知道您是一個又賢德、又寬厚、又仁慈、又通達的人，為什麽現在會和兒子過不去呢?他是個病人，您不至於和他一般見識吧。難道您希望別人象議論天下其他繼母那樣去議論您嗎?”他們又對趙曙說:“自古以來，天下賢明的君主不計其數，人們為什麽唯獨稱頌舜為大孝子?難道其他人都不孝順?當然不是。父母慈愛而子女孝順是很平常的事情。如果父母作的不好而子女依然孝敬有加，那才值得稱道啊。過去太后是個什麽樣的人難道您還不清楚?您隻管盡您作人子的孝心，相信太后一定不會虧待了您。”在大家的勸解下，兩宮之間的矛盾得以逐步緩和。
　　公元1064年五月，趙曙病體恢復，曹太后撤簾還政。趙曙親政僅半個月，宰相韓琦等人就向他提議請求有關部門討論趙曙生父的名分問題。當時仁宗逝世已有14個月，趙曙批示，等過了仁宗大祥(中國古代漢族喪禮儀式之一，父、母喪後兩周年(即第二十五個月)舉行的祭禮)再議。
　　治平元年(1064年)，京畿、宋、亳、陳、許、汝、蔡、唐、潁、曹、濮、濟、單、濠、泗、廬、壽、楚、杭、宣、洪、鄂、施、渝等州，光化軍、高郵軍發生大水災，趙曙派遣使臣巡視，疏治河道，賑濟撫恤災民，免除災民賦稅。
　　同年，西蕃瞎氈的兒子瞎欺米征歸附宋朝。
　　治平二年(1065年)農歷四月初九，韓琦等再次提出趙曙生父的名分問題，於是，趙曙出詔將議案送至太常禮院，交兩制以上官員討論。由此引發了一場持續18個月的論戰，這就是北宋史上的“濮議”事件。
　　公元1066年，中書大臣共同議事於垂拱殿，當時韓琦正在家中祭祀，趙曙特意將其召來商議，當時即議定(趙曙生父)濮王稱皇考，由歐陽修親筆寫了兩份詔書，交給了趙曙一份。到中午時分，太后派了一名宦官，將一份封好的文書送至中書省，韓琦、歐陽修等人打開文書，相視而笑。這份文書正是歐陽修起草的詔書，多了太后的簽押。趙曙便立刻下詔停止討論。同時又將宰相與執政們召來，商量如何平息百官的情緒，以穩定時局。趙曙最後同意了歐陽修等人的意見，將呂誨等三名禦史貶出京師。
　　公元1066年十一月初八，趙曙再次生病，同年十二月在宰相韓琦的建議下，立長子趙頊為太子。
　　有一天，趙曙對趙頊說:“按照國家的舊制度，士大夫的兒子有娶皇帝女兒的，公主們都因身價高升而避開公婆的尊長地位，這於情於理都說不過去。我總是在想這件事，醒時睡時都為此感到不安，怎麽能因為富貴的緣故，而違背一般的人倫長幼之序呢?可以下詔有關部門改掉這個規矩。”遇上患病，趙曙沒有實現這一願望。
　　公1067年一月二十五日，趙曙因病駕崩於福寧殿，享年36歲，殯於殿西階，廟號英宗，群臣上諡憲文肅武宣孝皇帝。八月二十七日，葬趙曙於永厚陵(今河南鞏義孝義堡)。
　　在政治上，趙曙繼續任用仁宗時的改革派重臣韓琦、歐陽修、富弼等人。鑒於仁宗以來的弊政，趙曙向執政宰輔們提出了裁救積弊的問題，征求大臣們的意見;還下詔將各品級官員的轉遷年限加以延長，在一定程度上緩解了“冗官”現象給朝廷財政造成的壓力。為廣納人才、為國選賢，趙曙命宰執大臣推薦才行之士以充館職。
　　在經濟上，趙曙執政時，封樁庫、左藏庫等國庫空虛。以公元1065年為例，這一年宋朝歲入雖達一億一千六百一十三萬銀兩，官費、軍費等支出卻達一億二千零三十四萬銀兩，入不敷出。
　　在文化上，趙曙還非常重視讀書和書籍的編寫整理。公元1064年，司馬光寫成了一部《歷年圖》進呈給趙曙，趙曙對此大加讚賞。
　　公元1066年，趙曙命司馬光設局專修《資治通鑒》。趙曙同意司馬光選聘助手成立書局編寫歷代君臣事跡的請求，批示將書局設在崇文院內，特允許其借調龍圖閣、天章閣、昭文館、史館、集賢院、秘閣的書籍。不僅如此，趙曙還批準提供皇帝專用的筆墨、繒帛，劃撥專款，供給書局人員水果、糕點，並調宦官進行服務。趙曙的批示，極大地改善了司馬光編修史書的條件，使編寫《資治通鑒》的宏偉事業自一開始就有了堅實的後盾。司馬光為了報答趙曙的知遇之恩，在此後漫長的19年裡，將全部精力都耗在《資治通鑒》這部巨著的編纂上。