2122年，世界爆發毀滅性病毒――天亡之毒，整個世界的人類在毫無征兆中死去。而最早發現該病毒的張天宇博士，向世界提出了一個至關重要的提議。為了人類可以存活，呼喚全世界的科學家將剛出生的嬰兒和不滿12歲的少年收入休眠艙內保護。直至1000年後，所有的孩童被蘇醒。而此時的世界已經發生了翻天覆地的變化。地球已經不在是地球，它的名字叫做――幻化芯之城。
幻化芯之城分別由芯之城、器之城、神之城、域之城、異之城、獸之城六個城市組成。就好比千年之前的五大洲一樣。
而現在的人類，經過100年間的進化和科技改造，身體或多或少都發生了一定的變異。
安全就是被科學家父親親手改造的人類之一。只不過我們的安全，對於老爹給予的改造基因吸收的有些遲緩。改造後該發生的變異遲遲沒有發生。天選之子成為了天選廢柴。不過他依舊快樂的活著，雖然活成了一個死宅男。在學校裡雖然經常被人欺負，好在腦子還是有的。所以活的並不是太慘。
終有一天，他的人生發生了改變。改變就是從他認識九月的那一天開始。當安全與九月碰觸的那一瞬間，安全體內的基因終於從沉睡中被喚醒。成長就此開始，保護幻化芯之城的重任也落在了他和夥伴們的身上。