在大海的深處，全是水的海底，羽戊良如同鹹魚一般躺在那裡，不時暢遊在水中，偶爾去吞噬一些濃度很高的放射性物質。

　　與羽戊良的悠閑舒適相比，人類就顯得緊張又焦慮。

　　第三新東京市破壞嚴重，重建工作相當艱巨，而且必須趕進度，畢竟誰也不知道下一個使徒什麽時候到來。

　　如今24層裝甲板被破開，NERV總部門戶洞開，不盡早修複的話，下次使徒直接從那裡下來輕松加愉快。

　　人類逐漸感到壓力，原本對自己的武器極為自信，相信可以消滅使徒，卻發現那都只是笑話而已。

　　接著又把希望寄托在NERV以及EVA身上，一開始寄予厚望的EVA，因為羽戊良這隻哥斯拉的亂入，一切又被打亂了，除了第五使徒被零號機偷偷開槍射殺，其他使徒全部是被羽戊良擊敗的。

　　而羽戊良還毫不客氣地吞噬了使徒的身體以及核心，完成了各種各樣的進化。

　　深知自身太過渺小的人類自然有了緊迫感。

　　所幸NERV方面有應對措施，目前在碇源堂的親自監督下，一個用來對付羽戊良的項目正在悄然進行。

　　在此期間，人類這邊似乎一切都不是很順利。

　　“你說什麽?消滅了?”

　　正在浴室中洗澡的葛城美裡接到緊急電話，震驚地直接從浴缸裡站了起來。

　　“EVA四號機和第二支部都被消滅了?”

　　發生這樣的大事，NERV總部立刻召開了緊急會議，使徒分析出究竟是什麽原因造成的。

　　但因為第二支部已經徹底被摧毀，沒有相關的影像資料，所以暫時無法得出具體結論。

　　不過由於EVA四號機是為開發次時代機型提供數據的實驗機體，所以高層認為無論發生什麽都不足為奇，於是沒有太將這件事重視。

　　接下來，就是美國支部強烈要求將EVA三號機送往R國NERV總部，具體原因不清楚。

　　EVA三號機作為最新機型，能力自然不容忽視，SEELE也是鼓勵碇源堂將其最為未來的戰鬥主力。

　　這其中也是引起了一番爭執，碇源堂生性謹慎，不願意嘗試沒有經過測試的EVA三號機，而SEELE則是勸碇源堂放棄作為實驗機的零號機。

　　當然最後以碇源堂服從SEELE的意志結束了這次秘密會議。

　　面對SEELE施加的壓力，碇源堂保持著一貫的思考姿勢，沉聲道:“必須盡快讓初號機覺醒才行。”

　　與此同時，作為EVA駕駛員的三人，各自的境遇也是有所不同。

　　眾所周知的綾波麗，身為容器性質的人造人，接受著她應有的命運，被BT碇源堂這家夥疼愛著。

　　原先可能是主角，現在因為羽戊良出現而失去了頭上發光光環的碇真嗣，在學校的樓頂上遇到了神秘的空降美少女，確確實實是跳傘下來的。

　　這名美少女就是真希波，第四名EVA駕駛員，她跳傘下來自然不是為了恰雞，似乎另有目的。

　　明日香肯定也發生了一些事情。

　　由於NERV總部需要接收EVA三號機，因為“梵蒂岡條約”，所以必須要封印一台EVA，於是選擇了明日香的二號機。

　　這就導致了明日香的不爽，對此非常不滿。

　　同樣的，作為補償，明日香成為了EVA三號機的試驗駕駛員，首先確定三號機的技能以及安全穩定性等等。

　　“那就是Dummy System(傀儡系統)啊?”

　　站在遠處機架上，看著給初號機以及新到三號機(原劇場版只有初號機)安裝新駕駛艙的葛城美裡，自語道。

　　“雖然名義上只是用來輔助駕駛的，不過它不僅能單獨操作機體，甚至在無人駕駛的狀態下也能產生A.T.力場。”

　　“比起讓小孩子來操縱，確實要人道多了！”葛城美裡旁邊的跟班回道。

　　葛城美裡微微眯起眼睛，看著碇源堂的背影，若有所思，她不認為這個傀儡系統單單是為了輔助駕駛，恐怕還有更深層次的東西。

　　“嗯?那是什麽?我記得之前並沒有這個裝置。”

　　突然，葛城美裡發現了新的駕駛艙有新的變化，之前樣機中並沒有見到，就是駕駛艙屁股後面，多了一個漆黑色的箱子，上面寫了一個大寫的“G”字母，不知道那是用來幹嘛的。

　　“這個，我也不知道，不過最近碇司令一直在親自負責一項計劃，或許與那個有關?”

　　跟班搖了搖頭，想起碇源堂這段時間的表現，推測道。

　　葛城美裡只能歎了口氣，只能祈禱這東西對初號機，甚至是碇真嗣不要造成不良的影響，畢竟碇真嗣可是碇源堂的親兒子，虎毒不食子，這個道理在後者身上應該成立吧?

　　三號機試驗當天。

　　明日香與葛城美裡通了電話，也算是一直傾訴，至少不會讓自己的內心太過壓抑。

　　坐在駕駛艙中的明日香嘴角露出淺淺的笑容，自嘲道:“這樣啊，原來我也是會笑的……”

　　“塌噶！”

　　突然一聲異響傳來，明日香好奇地看向前面，驚恐地發現一團詭異的猩紅在駕駛艙前端逐漸擴散變大。

　　不一會兒功夫，在明日香尚未反應過來的情況下，整個駕駛艙失去了原本的樣貌，沒有座艙，沒有操縱杆，仿佛整個人沉浸在紅色的海洋中。

　　“呃，啊?這，這是什麽?”

　　“呵呵呵！”

　　“哈哈！”

　　“呵呵哈哈！”

　　“唔呵哼哼哼！”

　　明日香聽到了許許多多奇怪的笑聲在耳邊響起，緊接著她背後(鬥氣化翼)出現了一對翅膀，推著她不斷前進，也就是深入汙染區中。

　　在明日香驚恐無比的眼神中，卻無能為力，這時候她心中閃過的，會是那個人嗎?

　　“叮！”

　　三號機沉寂的雙眼猛然亮了起來，身體也開始躁動。

　　“插入栓深度超過100！”

　　“精神汙染濃度也進入危險區域！”

　　“怎麽回事?為什麽突然間出現這樣的情況?”

　　聽到系統發出的警報，整個試驗指揮室亮起了紅燈，葛城美裡眉頭緊皺，詢問到底發生了什麽事。

　　“駕駛員超過安全深度！”

　　“快停住，這樣下去的話，駕駛員會失去人形的！”赤木律子沒料到情況突然，急聲道。

　　“試驗終止，快切斷回路！”

　　葛城美裡立刻下令道。

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