明末亂世裡，朝廷棄忠臣良將如敝履，萬曆二十三年，向來秉持著忠勇精神，為大明看守國門的戚家軍（南軍），因長期遭貪官苛扣糧餉，而與北軍爆發索討欠餉的衝突，時任薊鎮總督王保，竟想用一場屠殺計劃，來平息此場兵變。
他將戚家軍眾軍士誘騙至演武場，並以無情的砲火，殘殺了三千多名精忠報國的軍士，接著還逮捕，追擊餘下的殘存部隊，欲將戚家軍殲滅，解散。
主角陳東，時為戚家軍麾下總旗，薊鎮兵變後率領殘部，收編散落開來的餘下戚家軍眾，一路與總督王保的北軍血戰，最終敗退逃亡至寧坡府海外的孤島上，從此成為流亡於海上的一支孤軍。
在十六世紀的大航海時代裡，這支海上孤軍，將於這片東亞海洋上，翻起一道開創出新時代的滔天巨浪。