相反一些比較機靈的流寇乾脆躲進了南京百姓家中。當然躲是躲不過的，他們不知道的是毛鈺深受網格化管理和暫住證的影響，對於外來人員的排查是別有心得。所以很多人就被揪出來，許多人被發現的時候往往挾持了當地百姓，結果自然被燧發槍一槍撂倒。

  孔有德也終於趕到了，他留下了一個師在湖州，中途還跟李自成的隊伍碰了面，不過只是一些零星的農民軍想要趁機劫掠的，看到孔有德的軍隊自然屁滾尿流，孔有德也沒有耽誤。等到天亮抵達南京之後就接到了命令，接替陳繼盛看守四門。陳繼盛的軍隊隨即加入清剿農民軍的行列。四萬多人的正規軍進入南京城，整個額南京城當時就穩穩當當了。

  到這個時候南京城內農民軍的數量已經大致上和毛鈺軍隊人數差不多。於是一場一面倒的屠殺開始了！陳繼盛和尚可義、毛承福都秉承了毛鈺鍛煉隊伍的方針，讓六萬將士在南京城內衝殺，幾乎人人手上都沾滿了血。許多沒有殺過人的士兵在嘔吐出腸胃裡所有的東西後被長官要求清理戰場，將那些沒有死透的農民軍補上幾刀！

  隊伍推進很慢，卻很有成效，基本上所到之處馬上恢復秩序，槍聲由遠到近，再由近到遠，追著農民軍跑。許多南京的幸存的老百姓知道這是毛鈺軍路過，膽子大的也開始打開屋門看看外面什麽情況，然後他們就看到了毛鈺軍將士那高大堅挺的背影和抱頭鼠竄的農民軍，所有人明白這才應該是官兵的樣子！

  許多幸存的鄉紳的私兵也開始加入了毛鈺的隊伍。甚至一些普通百姓家的青壯在父母和妻子的要求下也加入了反擊流寇的隊伍。

  從天亮持續到太陽西斜，剩下的三萬農民軍終意識到他們的闖王拋棄了他們，他們被毛鈺的軍隊包圍在了城內。毛鈺用全城百姓走誘餌給他們來了一個穩重桌別！如今更是發動全程百姓，派遣數倍的軍隊圍剿，他們那裡還有活路。

  毛鈺當然不是用全南京百姓做誘餌，他是沒想到馮銓等人那麽果斷，剛想好就直接開門揖盜。但是對於那些喪失了膽氣的農民軍來說不重要了，重要的是毛鈺準備給他們一條生路。

  放下武器聽從毛鈺的安排是如今剩下的人最明智的選擇。至於財寶，除了跟著闖王離開的人得到了他們的這一天辛苦劫掠來的錢財自然要歸毛鈺。這是毛鈺的一貫做法。等待他們的可能是去礦井挖礦，也可能是去流雲島甚至南洋，不過總比幾發子彈射殺來的好。

  最終十幾萬農民軍入城，毛鈺四面合圍、中心開花，將十幾萬農民軍消滅的七七八八，李自成帶走了兩萬五，最後投降的有三萬，剩下四五萬人在和南京百姓的博鬥爭死亡一部分，大部分則是死在皇城和國昌隆南京總部前面。整個額南京城充滿了血腥，也讓所有的南京人一夜驚醒，原來鬧騰了十幾年的流寇就這麽輕易地進入了南京。

  幾乎所有人對於馮銓和徐鴻基之流自然是深惡痛絕，而毛鈺很快也給出了大家答案，在確定高宏圖、馬士英等人安全之後，立即組織人手對投降派馮銓和徐鴻基等人進行抄家，所有的南京城內幸存的守軍全大概三千人部沒人鞭笞十下之後全部扔到江北去。至於後來從城內搜捕出來的一千多人則一律斬首，因為這些人不但臨陣脫逃還很有可能參與了流寇洗劫百姓的行為。

  很快馮銓就下不出來了，因為抄家的時候遭遇了劇烈反抗，尤馮銓家私兵大約五百人，被解決之後從家中光是抄出現銀六十萬兩，南京城外良田二十萬畝。府中庫存糧食兩萬石，如果他堅持守城，李自成一日不破，他是能夠堅持到最後的少數人。

  魏國公徐洪家更是誇張，光是私兵就有兩千人，這也避免了他們家被湧進來的流寇洗劫，便宜了毛鈺。徐鴻基想過毛鈺很霸道，沒想到上來直接開打，還動用了10門步兵炮，直接將徐鴻基的府門紅開，然後整整一個師的軍隊從四面攻入徐府。兩千多私兵被屠殺帶進，偌大的國公府除了私兵至少還有上千仆從，毛鈺稍微加以甄別之後，除了徐家親眷其余的人放了。家產和府邸自然是充公了。徐鴻基本人則作為農民軍進城的罪魁禍首被梟首示眾，和馮銓那面目全非的頭顱一起掛在南京城的北門！
  高宏圖一臉苦澀地看著毛鈺在城內胡作非為，他沒有阻止，畢竟李自成的農民胡作非為針對的是全城百姓，倉促之間對於徐鴻基這樣的大戶其實是沒什麽好辦法的。毛鈺卻反過來了，每天都有誰家被抄的消息傳出來，菜市口更是每半個時辰就有罪大惡極的南京官員被斬首！

  然後高宏圖就發現事情朝著他不願意看到的方向發展。在穩定了南京城之後，毛鈺還在城內留下了尚可義和毛承府的兩個軍，並且開始清理那些平時為官還算靠譜的官員。高宏圖和馬士英下崗了！
  因為毛鈺宣布南京留守衙門為總督衙門所在，封存皇城。所有的原南京留守官員以及南直隸官員全部去江北自行找地方辦公。

  不是高宏圖等人膽小，而是李自成的兩萬五千人和張獻忠的三萬人以及羅汝才都逃到了江北，李自成在歸德，張獻忠、羅汝才等人在江北總共加起來還有七萬人。如果集結起來還是有十幾萬的，加上他們屬於流寇一路沿途裹挾百姓加入，隊伍旬日之間就可能裝大好幾倍。現在讓他們去江北不是送菜嗎？
  毛鈺的態度也很堅決，不去江北住在南京也可以，但是薪俸是沒有的，想要領工錢就必須通過毛鈺的招聘，一般的小官吏還可以投靠毛鈺重新做官。如高宏圖、馬士英等人是不可能直接投靠毛鈺的。所以他們就下崗了。也有一些不服毛鈺的先是找毛鈺理論，見到毛鈺油鹽不進便聯名上書朝廷要求毛鈺重新恢復留守衙門。

  毛鈺沒空理睬他們，不但南京留守衙門沒了，江南四府也是必須重新委任官員的，松江府平日裡和毛鈺就親近，從知府到知縣基本上可以留任。剩下的就算親近毛鈺的也必須換個地方。至於那些對毛家有敵意的自然就是直接下崗。