該校不但各種教學的設施十分齊全，還配備有大小教學船隻十余艘，可謂是部門齊全，設備繁多，可以說除了師資力量和底蘊外，這所學院裡面的其余各個方面，完全不下於大英帝國的皇家海軍學院，也是當今世界最完善的海軍學堂之一。

　　眼下已經有千余名學員在軍事學堂裡面進行學習，進行各種關於海戰的具體戰術和指揮的專業知識培訓，這些學員主要包括從各個艦隊裡面挑選出來的基層人才，此外還有從王府所收容的大批孤兒裡挑選的人才，也有呂宋當地居民的子弟，還有原屬台灣鄭家和福建耿家的一些軍官，以及部分從各個大小山寨裡面挑出來的水戰人才，還有少量的原海盜人員和外籍雇傭兵等，人員成分比較複雜。

　　這些人要在這裡接受兩年時間的學習和培訓，然後才能夠成為一名合格的艦船指揮人才。在軍校裡面，他們除了學習技戰術知識，還將通過密集的思想政治教育，逐步樹立起正確的國家民族的概念，明白榮譽二字，學會團結同事，盡量的消除彼此的生疏與隔閡，消除掉原本身上的各種惡習，重新熔鑄為一個新的團體，從而為了一個共同的目標而努力學習。也是由於人員成分的複雜性，使得這些學員們反而有了競爭意識，快速的收斂了一些舊有的惡習，迅速的改變和提高自己，力爭能早日能夠順利畢業，進入軍隊任職，在戰鬥中獲取功勳。

　　當然也有不利的一面，各種不同地域和語言，也造成了各種矛盾，爭執與打鬧就在所難免，對於這種情況，除了嚴明紀律，對當事人予以懲處外，就是大力宣傳團結的重要性，比如軍事競賽，勞動競賽，歌詠比賽等活動不時舉行，大大拉近了學員間的距離，逐漸把他們捏合成為一個整體。

　　當然，學校裡面也免不了拉幫結派，各種小團體也很多，對於這種情況，只要宗旨目標合乎大義，王府一般不予干涉。而負責教授這些學員的教官，成分也比較複雜，比如具體的水戰部分，除了如沐劍聲這種王府的核心人物外，還有有參加過幾次海戰的現役指揮官，以及負傷退役的殘疾軍官，甚至還有少量的西班牙、荷蘭等外籍軍官。

　　其中至關重要的政工思想方面，則由一些從呂宋軍事學院轉來的老資格教官負責，以保證這些學員的思想能夠迅速消除舊有的惡習陋習，從思想上真正的轉變過來，成為具有高度責任感、使命感、榮譽感的合格軍人，為王府的統一大業貢獻自己的力量，在這一方面，崖山島上新建成的博物館，承擔了不可替代的巨大作用。

　　為了鼓舞這些學員，提升他們的戰鬥欲望和精神境界，崖山島被建成為一個遺址博物館，主要用來紀念四百多年前南宋王朝滅亡的那場悲壯一幕，來激勵水師學院這些學員，給予他們最為深刻的警示。十萬民眾齊蹈海，崖山之後無中華！南宋王朝最後一刻君臣子民的死亡之旅，詮釋了這個世界冰冷的一條鐵律——弱肉強食。所謂國雖大，好戰必亡;國雖安，忘戰必危，每一個弱小的民族，如果不能夠團結一心，逐步壯大，最終只會無聲消亡，而一個即便人員眾多的民族，如果沒有凝聚力和向心力，沒有足夠用於保護自己的軍事實力，也難以稱之為強大的民族，也就難免會遭受欺壓，面對國破家亡的結局，所謂的氣節，真的只是一種無奈的抗爭。

　　除了崖山水師學堂，呂宋的軍事學校裡面也有水師科目，負責培養水上的軍事人才，但是就數量規模和科目種類劃分等等，

都遠遠不及崖山水師學堂眾多。崖山每兩年畢業千余人，而呂宋的水軍人才，一年一期學生畢業，不過二三百人規模，於是隨著時間的推移，呂宋的學院逐漸轉變為水師地勤後備人才的培訓，培訓期限也逐漸延長為兩年，以便培訓出來的人才更加專業稱職。　　從永歷二十九年到複興監國時期，呂宋內湖湖心島上的軍事學校也逐步走向完善。目前該學院有學員近兩千人，分為大小二十個分科，其中水師學員四百多人，科目為造船、地勤、動力、技戰術指揮四大科目。陸軍分為步兵、騎兵和炮兵三大類，步兵有指揮、後勤、工程、訓導、諜戰等科目，騎兵則隻開設了指揮、獸醫和後勤三大科，炮兵則分為指揮、工程兩大科，而具體到每個學員，則要在一年的時間裡面，完成十余科目的學習，成績合格者才能夠畢業。

　　在這裡任職的老師，都有著超出常人的特別之處。他們要麽是武功絕倫，要麽是有著豐富的戰場經驗，要麽是有著特別的專業知識和一技之長，而他們的來源也很複雜，幾乎涵蓋了目前王府的各派大小勢力，是各個行業技術裡面幾乎最為拔尖的人才，就連沐劍聲自己，只要本人回到呂宋，就要抽空到這裡講上幾課，拉近和這些學員的關系，進一步鞏固自己的核心地位。

　　而有了這所學堂的支撐，沐劍聲加強了對於軍隊的掌控，而沐王府的軍官素質也逐年攀升，軍隊的戰鬥力也不斷提升，然後在不斷的血與火的考驗中不斷積累經驗和士氣，在一場場的勝利之中積累信心，逐漸成為一支真正的新式強兵。

　　在完成了天地會的整訓工作之後，再加上不斷歸附來投的大小山寨的人馬，隨後通過篩選，到了複興二年中期，沐王府先後有了近五萬人的新兵，其中兩千余人因為有一定的水戰基礎，被挑選補充到水師，四千余人因為馬上功夫出色而補充進入騎兵，其余的三萬三千多人，加上幾百名軍校畢業的軍官和一千多名老兵，陸續新組建了二十個預備團，分別進入瓊州、台灣和廣州附近的新兵營裡面進行整訓。由於這批人有著足夠的江湖廝殺經驗，個人能力都比較突出，有很好的戰鬥基礎，在經過了近半年時間的密集訓練之後，這批新兵就完成了華麗轉身，成功的轉變為一名合格的戰士。

　　此後這些人被補充進入各個基層連隊，除了完善以前時期各個部隊的缺額之外，又以剩余的兩萬多人，新建了十個新兵團，除了接替老部隊承擔守護地方的責任外，少數表現突出的幾個團還被補充進各個野戰師部，進一步充實了王府大軍的一線野戰部隊，為下一步的軍事行動補充了戰力，奠定了基礎。

　　在新兵完成整訓之前，沐王府共有軍隊近二十五萬人，而整訓之後，就達到了二十九萬人，這其中水師就有接近四萬人，為了便於下一步的作戰，沐劍聲重新調整了軍隊的部署。

　　由於盤龍島土著的歸附，加上天海灣大海戰的獲勝，以及和滄海國盟約的進一步加深，另外要塞炮台也已經完全建成，呂宋群島的軍事壓力進一步減輕，因此駐防呂宋的陸軍可以進一步縮編。為了應對以後更大規模的陸上作戰，為此王府在呂宋群島又征發了一萬名新兵，這其中一千人來自當地華人，另外三千人是來自呂宋大島上的土著人員，還有幾千人，都來自原南方的棉蘭老島，即盤龍島等地的土著部落，為了說動這些部落首領同意王府在所屬區域裡征兵，王府也適當的讓步給他們一部分權益。

　　所有這些士兵，被編為五個新兵團，進入到蘇州灣附近新建成的新兵營進行整訓。在這裡，他們將進行為期大半年的訓練，此後他們將被打亂補充到各地的部隊裡面，充實各地駐軍的力量，填補一些精銳士兵離開之後的空缺，保證部隊的戰鬥力。

　　為了保證這些士兵能夠很好的服從命令，這些新兵團的骨乾基本都是王府老兵，此後進入軍隊執行任務，他們大多也是身處異地，所以這些人不老實都不行;至於眼下呂宋群島的駐防任務，將主要由來自瓊州的一個黎民團，和一個台灣的土著團來配合，外加王府的三個正規團和一個呂宋土著團，總共一萬多人完成，而這種異地服役的辦法，也有效的杜絕了這些士兵們抱團作亂的可能性。

　　經過整編後，整個呂宋群島的部隊統編為新編第一師，師長由李西華兼任，具體由以下人員組成:天海城附近的陸軍統編為新編第一師獨立旅，旅長王楷，下轄三個團共九千余人，三個團長分別為王彪、彭大山、朱曉峰，他們分別駐防大島的中部天海城，以及南北兩個方向的幾個主要城鎮;此外在兩個要塞炮台，還有兩個團的陸軍和三個炮兵團的炮兵，其中陸軍由胡平統領，炮兵由張龍指揮，共計有近八千人，這樣呂宋大島共有駐軍一萬七千多人，再加上四千多人的水師，總數就超過了兩萬二千多人，他們全部由以李西華為首的呂宋留守府統一指揮，防守王府的大後方。