就當武田信玄派遣馬場信房、保科正俊、藤澤賴親等信濃諸將率軍五千余進駐古廄城、岩原城等地做好隨時翻越燕之嶽、立山連峰侵攻東越中的準備之時，武田家一門親族重臣小山田信茂已經對武田信玄屢次征收繁重的賦稅以及不停的軍役產生失望。小山田信茂憑借著自己領地與上杉領接壤的便利，暗中派遣家中重臣小林宮內助和一門眾小山田八左衛門(小山田信茂從兄弟)前往河越城與上杉家取得聯系。由於朝定不在河越城中，擔任留守役的山崎秀仙不敢擅作主張，便將小山田信茂所寫的書信送至越後府中，由謙信再轉交給朝定。

　　朝定鑒於勝沼信元、今井信良兩名內應因多次與自己展開聯系被武田信玄發現並且拔除，便不打算與小山田信茂展開過多的接觸，僅僅只是搭上線，除非在萬不得已的情況下聯系。

　　同時，身在東越中魚津城的朝定令重臣廣澤忠信、曾我佑重、宮城政業、大森藤賴、大森實賴等人對上州兵進行改編。由於上州兵屢次對外作戰已經從當時的八千余人的規模降至六千不到，故而朝定決定在眼下尚未發生戰事的這段時間裡將上州兵進行改編和補員。

　　朝定對選拔淘汰的標準送至廣澤忠信、曾我佑重、宮城政業、大森藤賴、大森實賴等人的面前後，眾人全都目瞪口呆，他們根本沒有想到朝定的要求竟然會如此嚴格——士卒皆披胴丸，手持長槍，配帶打刀肋差，身背四方竹弓(由四片竹包裹著木芯的合成弓)，負矢囊內裝弓箭50枝，攜帶三日口糧，半天能走七裡(1裡=3927.2米，約等於4000米)接戰。

　　好在上杉領內人口眾多、土地肥沃、物產豐富，並且路網縱橫、交通便利所以天下物產雲集從而使商業繁榮、製作業發達。朝定對上州兵所提出的標準也並不難達成。廣澤忠信、曾我佑重、宮城政業、大森藤賴、大森實賴等人隨後在兩個月內便將六千上州兵篩選至三千人，而後又在上野、下野、武藏、上總、下總、岩代、磐城、陸前等地招募士卒。廣澤忠信、曾我佑重、宮城政業、大森藤賴、大森實賴等人優先招募當地地頭武士、豪族、領主的庶子、次子等不能繼承家業的男子，而後再對領民進行招募。

　　八月三十一日，原江戶家一門重臣的枝川通清、枝川通近、枝川兵庫介、鱷淵通資、鱷淵通忠、鱷淵通憲等江戶家、佐竹家舊臣們在連續與上杉軍的作戰中失利後隻好退守飯沼城，並且堅持不降。而太田資正則認為這是一個徹底攻滅江戶氏殘黨千載難逢的機會，隨即派遣麾下戰力較強的鴻巢七騎(鴻巢眾，大島、小池、河野、立川、深井、本木、矢部)率軍三千余火速進入東常陸與岩付太田家重臣三戶景道、本間小五郎、潮田資勝、北澤直信等人合流，並且對東常陸一揆眾僅剩下的飯沼城進行猛攻。

　　枝川通清、枝川通近、枝川兵庫介、鱷淵通資、鱷淵通忠、鱷淵通憲等人在飯沼城內籠城死守了半個月後，城內糧盡力屈，城池也隨後被上杉軍所攻落。枝川通清、枝川通近、枝川兵庫介、鱷淵通資、鱷淵通忠、鱷淵通憲等掀起東常陸國人一揆的首要人物被上杉軍討死後首級送往河越城，其城兵、黨羽、家眷等一千余人全部被太田軍誅殺，歷時五個月的東常陸之亂就此平定下來。常陸江戶氏至此徹底滅亡了，從此以後，在常陸國的土地上，再也沒有出現過佐竹氏、江戶氏一族對上杉家的反抗了。

　　朝定自從率軍三千余在進入魚津城後並不急著召開軍役研究對東越中國人一揆的戰術和戰略，

而是迅速派遣使者前往七尾城請能登守護宇佐美定滿率能登諸將前來助陣。　　得知朝定進入越中的神保長國、寺島職定、柴田久光等東越中一揆眾隨即停止了對外擴張的勢頭，立即做好了在稻村城、上市館、寺田城、日中城、新莊城等地的籠城準備。

　　然而，神保長國、寺島職定、柴田久光、神保茂政等東越中一揆眾見朝定遲遲不從魚津城出陣後便認為他是在顧忌駐守在古廄城、岩原城等地的五千余武田軍，隨後神保長國便令神保出羽守、神保長利、神保茂政等一門親族眾迅速率軍五百余將原越中守護代神保家的本據富山城襲取，同時還在富山城的西面和南面新築大峪城和掛尾城用於牽製西越中和能登方面的上杉軍。

　　朝定得知富山城被神保長國、寺島職定等東越中一揆眾襲取後認為不能再讓一揆眾繼續在越中一國肆意妄為了，在與宇佐美定滿、神保覺廣、小島職鎮、長景連、唐人親廣、畠山將監等能登諸將合流之後，朝定一共集結了二萬余大軍，再一次踏上了平定越中的旅程，不到兩天便攻破了神保長國為阻攔上杉軍進軍而設置的大峪城和掛尾城兩座支城，並且取得了斬首三百多級的戰績，進而兵鋒直指東越中一揆眾的新本據——富山城。

　　神保長國得知自己才下令新築的大峪城和掛尾城兩座支城被上杉軍在兩天內攻落的消息後嚇得魂飛魄散，自知沒有與上杉軍匹敵的實力便不敢繼續在富山城籠城死守，隨後急忙率城兵棄城而逃，遁至其原先舉兵的本據稻村城。

　　九月十日，朝定在奪取空無一人的富山城之後便馬不停蹄的向新莊城、寺田城、上市館等東越中一揆眾所佔據的城池兵砦展開猛攻，於當天將東越中一揆眾所佔據的五座城池兵砦全部攻落，之後又一並攻陷受武田信玄調略而舉兵反叛的舟見城、館之城、柴田屋城等地，討死隸屬於神保長國的椎名家舊臣小幡九助、館彈正、飛彈守五郎左近尉、柴田久光等人。隨著大峪城、掛尾城、富山城、新莊城、寺田城、上市館、日中城等地的相繼陷落，以及東越中一揆眾中的有力武將小幡九助、館彈正、飛彈守五郎左近尉、柴田久光等人和神保氏一門親族眾的神保茂政、神保出羽守、神保長利、神保氏長等人先後被上杉軍所討取後， 使得神保長國統一越中、複興神保家的希望完全破滅了。

　　隨著神保長國所布置在東越中的支城兵砦皆在朝定等人的猛烈攻勢下一一易主，接下來朝定等人就準備對已是孤城的稻村城動手了。早先已經失去了屏藩新莊城、寺田城、上市館、日中城的神保長國，如今蜷縮在稻村城這一隅之地避難，顯得非常落魄。上杉軍軍勢盛眾，抱著必定徹底滅亡越中神保氏的決心氣勢洶洶而來，越中神保氏的滅亡，只在咫尺之間了。

　　聽聞朝定已經兵臨稻村城下的武田信玄當即令馬場信房、保科正俊、藤澤賴親等信濃諸將率五千余軍勢迅速翻越燕之嶽、立山連峰侵攻東越中策應神保長國等東越中一揆眾。

　　然而，武田信玄得知神保長國等東越中一揆眾僅剩一座孤城的消息畢竟晚了，就當馬場信房、保科正俊、藤澤賴親等人率五千余軍勢抵達稻村城外時便發現城頭上到處樹立著竹雀紋旗後便明白自己已經來晚了，東越中一揆眾已經被上杉軍攻滅了。隨後馬場信房、保科正俊、藤澤賴親等人隻好率軍泱泱退回了北信濃。

　　越中神保氏在神保長國的帶領下，依然沒能起死回生，還是敗亡在了朝定的手上。朝定趕在了武田軍抵達稻村城之前集中優勢兵力將稻村城迅速攻落，神保長國和一門親族武將的神保長賴、神保長重等人皆被上杉軍討死，越中神保氏，也步了佐竹氏、江戶氏等大名的後塵被上杉家徹底滅亡，湮沒在歷史的沙塵之中。從此以後，在越中國的土地上，椎名氏、神保氏一族再也沒有人繼續與上杉家刀兵相見了。