永祿三年，九月十五日。在近衛前久的進言和斡旋之下，朝廷正式通過了足利義榮的將軍宣下，同時足利義榮敘任從五位下左馬頭一職，成為了室町幕府的第十四代將軍，於是就任征夷大將軍，並被賜予禁色(指不經敕許，不得穿用的顏色，包括青、赤、黃丹、深紫、深蘇枋、深緋、桅子七色)，及允許升殿(六位以上的官員才允許上殿，稱為殿上人)。

　　在足利義榮就任征夷大將軍之後，雖然又有小笠原稙盛、小笠原秀清等一些原足利義輝麾下奉公眾、奉行眾出仕足利義榮。但是大部分原先出仕足利義輝的近臣、小姓、奉公眾、奉行眾、足輕大將眾等幕臣投奔至越前出仕足利義秋，沒能得到在京幕臣的全體支持，造成了他再建幕府機構的不安態勢。

　　不過，就在足利義榮順利繼任征夷大將軍後，三好三人眾和松永久秀之間關於權力、領地等分割的明爭暗鬥卻依舊沒有停止。三好三人眾為了完全撇乾淨殺害前任征夷大將軍的嫌疑，迅速向幕府、朝廷申請一道討伐朝敵的綸旨和討伐令，把松永久秀、松永久通父子二人指認為‘永祿大逆’中的罪魁禍首，不管是策劃出兵上洛、攻打二條禦所、殺害前任征夷大將軍足利義輝、意圖挾持三好家家督三好義繼和新任征夷大將軍足利義榮號令天下等事情全是他們的乾出來的，跟三好家、三好三人眾一點關系都沒有。

　　三好三人眾表明自己和家督三好義繼、新任征夷大將軍足利義榮自始至終都被蒙在鼓裡，完全不知情。總之，三好家上上下下全都是乾乾淨淨的‘幕府忠臣’、‘朝廷忠臣’，但壞就壞在了松永久秀、松永久通這父子二人的手上。就連三好義興、三好長慶、安宅冬康、十河一存等三好家重要人物之死全是松永久秀、松永久通父子二人策劃和實施的。簡而言之，三好家由盛轉衰也全是松永久秀、松永久通父子二人的錯。

　　從古至今，栽贓陷害張口就來，從來都是不計成本的，欲加之罪何患無辭?三好三人眾的總體方向就是要朝著松永久秀、松永久通父子二人怎麽壞就怎麽來、怎麽惡毒怎麽來。還說松永久秀這樣做就是為了能夠有朝一日能夠位極人臣，爬上幕府管領的位置。

　　而足利義榮自身亦因為背上有腫物，所以在就任征夷大將軍之後，也沒有入京。與此同時，滯留在越前守護朝倉義景處的足利義秋得知足利義榮已經敘任從五位下左馬頭和繼任征夷大將軍後對朝倉義景失去了信心，隨後便在越前舉行了元服禮，由越前守護朝倉義景親自擔任足利義秋的加冠役。足利義秋覺得由於自己名字裡的“秋”字不吉利，便改名為義昭，向世人表明意圖繼任征夷大將軍的野望依舊不減。

　　就在三好三人眾將京畿一帶鬧得烏煙瘴氣的同時，不滿三好三人眾、松永久通等人殺害前任征夷大將軍的山城國豪族革島一宣、中澤滿房等人將率軍進入勝龍寺城，意圖發動山城國內的國人一揆。

　　然而，三好三人眾畢竟還是把持著三好家大權的，三好三人眾之一的岩成友通迅速率軍五千將勝龍寺城攻落，討死革島一宣、中澤滿房等人以下五百余人。隨後，岩成友通為了將山城國中反三好家的勢力徹底清除，將與革島一族有關的豪族全部流放出山城國，並且自己還將本據移至勝龍寺城，便於自己控制才奪取的山城國西部和南部地區。

　　就當岩成友通奪取了近半個山城國後卻開始得隴望蜀起來，聯合三好三人眾中的三好政康、三好長逸和三好家中重臣三好長直、今村慶滿、橫田宗昭等人以及攝津的池田勝正、大和的筒井順慶等大名出兵三萬一千余攻入松永久秀方武將們的領內，

不久之後與松永久秀在大和國東大寺一帶展開激戰。　　而松永久秀一方算上從紀伊搬來的援軍根來眾也八千余眾，仍然不是三好三人眾的對手。原先松永久秀還指望控制丹波國大部分的弟弟內藤宗勝(丹波守護代、丹波大守，松永長賴、松永久賴)能夠在三好三人眾的後方牽製一下他們，好讓自己能夠有足夠時間調略更多大和國內的豪族到自己這方來。

　　但是，人倒霉的時候喝涼水都塞牙。就在三好三人眾大軍攻入大和國的時候，內藤宗勝意圖將後方安穩後再出兵救援自己的兄長。隨機出兵攻打敵對大名赤井家，將赤井家的本據黑井城團團包圍起來。

　　令內藤宗勝沒有料到的是，自己雖然佔有絕對的優勢，但是卻由於自己的本陣過於接近黑井城，導致被一僧人告知正在籠城死守的赤井直正。赤井直正隨即當機立斷趁夜出城展開反擊，直接突襲了內藤宗勝的本陣。內藤宗勝猝不及防，當場戰死。而內藤宗勝本陣的七百余軍勢全部被討死，無一幸免。隨著內藤宗勝的戰死，三好家在丹波的經營完全破產，此後丹波國內的波多野家和赤井家迅速崛起，將三好家的勢力徹底逐出了丹波國。內藤宗勝之子松永長直在恢復自己松永的苗字後率內藤家殘部投奔松永久秀。

　　對於松永久秀而言，弟弟內藤宗勝的戰死對他打擊更大。不僅失去了一位手握重兵的弟弟，還失去了一翼的援護，他瞬間變得勢單力薄起來。隨後，他與三好三人眾一方的戰爭導致燃起戰火遍布攝津、山城、河內、和泉、大和等國，導致了三好家的徹底衰落以至滅亡以及家督三好義繼威望掃地，也為織田信長日後的順利進京上洛打開了大門。

　　在隨後的兩個月裡，松永久秀方與三好三人眾方先後在山城小泉城、山城澱城、山城勝龍寺城、攝津越水城、攝津伊丹城、攝津瀧山城、攝津堀城等地展開了激戰。松永久秀由於寡不敵眾的原因，瓦林三河守等己方有力武將先後被三好三人眾方討死，瀧山城、伊丹城、堀城等要地也紛紛被三好三人眾所攻落奪取。

　　值得慶幸的是，松永久秀成功聯絡到了畠山高政。畠山高政也知道唇亡齒寒的道理，一旦松永久秀一方被三好三人眾攻滅，那麽三好三人眾下一個目標必然是自己。故而，畠山高政直接率紀伊國內的豪族們和根來眾共計一萬余大軍進入大和國支援松永久秀，與三好三人眾的大軍在東大寺展開對峙。

　　之後，兩軍於東大寺殘酷的廝殺了兩個月，整個東大寺在戰火中化為了一片灰燼。東大寺的根本中堂以及周邊的般若寺、文殊堂、仏餉堂、妙光院、觀音院、寶徳院、妙音院、徳藏院、金藏院等先後在兩軍的爭奪中被燒毀。

　　就在松永久秀一直處於劣勢被三好三人眾壓著打的時候，改完名、元服後的足利義昭在幕臣細川藤孝等人的建議下前往美濃成功獲得織田信長的協助，準備出兵上洛了。

　　松永久秀覺得這是一個千載難逢的好機會，隨機派遣家臣前去與織田信長聯絡，並且獻上家寶‘九十九發茄子’。織田信長雖然在眼下尚未率軍攻入京畿，但是直接給予松永久秀能夠自由切取大和一國的權力。

　　得知織田信長給自己自由切取大和一國的松永久秀並沒有打算真的好好侍奉織田信長，在表面上成為織田家一員的松永久秀還不忘派遣家中重臣海老名勝(松永家家老)正通過佔據南近江阪本一帶的明智光秀開始與朝定搭上線。因為松永久秀此時此刻還是看得清大局的。畢竟織田信長眼下僅僅佔據尾張、伊勢、志摩、美濃大部，而另一邊東國的上杉家已經佔據了加賀、能登、越中、佐渡、越後、上野、下野、武藏、上總、下總、安房、常陸、陸前、陸中、磐城、岩代等近二十國的領地。織田家絕對不能與上杉家同日而語，更何況眼下上杉家已經將版圖拓展至加賀，憑實力來說完全能夠迅速擁立足利義昭出兵上洛。眼下只是礙於武田家可能會出兵襲擾越後等原因才將擁立足利義昭的機會讓給了織田信長。