永祿三年，七月五日，深夜。就在時任征夷大將軍、從三位參議兼任左近衛中將足利義輝於二條禦所遭到三好三人眾與松永久通等人的襲擊身亡。就在足利義輝於二條禦所遇害後不久，三好三人眾與松永久通等人便火速派遣平田尾張守率數人前往距離二條禦所最近的京都鹿苑寺，意圖將足利義輝之弟周暠(周高)殺害。同時，三好三人眾與松永久通等人則是立即動身率軍前往奈良興福寺，意圖將足利義輝三弟覺慶(時任奈良興福寺權少僧都)殺害。

　　對於三好三人眾、松永久通、足利義榮等人來說，足利義輝的親弟弟周暠和覺慶二人的存在無疑是一種無形的威脅，故而三好三人眾與松永久通等人意圖一舉將堀越公方系的足利將軍家斷絕血脈，好讓足利義榮能夠順利繼任征夷大將軍並且坐穩將軍之位。

　　然而，僥幸存活下來的足利義輝側近細川藤孝(細川元常養子、三淵晴員次男)並不想讓三好三人眾與松永久通等人就此得逞，隨即聯合大覺寺義俊(近衛尚通之子)、米田求政(足利將軍家侍醫)、石谷光政(足利義輝家臣、禦小袖禦番眾)、松田賴隆(足利義輝麾下奉行眾之一)、和田維政(甲賀油日豪族、伊賀眾)等人將覺慶從奈良興福寺救出，並且藏身於近江六角家一門眾和田惟政的居城和田城內。

　　覺慶試圖替兄長足利義輝完成沒有完成的夢想——再興堀越公方系足利將軍家的威權，他於八月十五日正式還俗，並且更名為足利義秋。在近江守護六角義治(永祿二年，其父六角義賢隱居後繼任六角家家督)、伊賀國守護仁木義政、和田維政、朽木藤綱(禦部屋眾)等人的斡旋下，足利義秋敘任從五位下左馬頭。

　　隨後，足利義秋便先後向佔據東國十七國(加賀、能登、越中、越後、佐渡、安房、上總、下總、上野、下野、常陸、武藏、相模、岩代、磐城、陸前、陸中)的上杉家、佔據駿遠三甲信飛等地的武田家、佔據南九州的島津家、佔據越前的朝倉家、佔據若狹的武田家、佔據南近江的六角家、佔據北近江的淺井家等有力大名發出請求援助的書信，並且號召各地大名支持自己繼任征夷大將軍一職。除了若狹武田家、朝倉家、淺井家、六角家等京畿大名外，上杉家、武田家、島津家、長宗我部家等大名距離京都甚遠，而去各自的近鄰都存在強敵，自顧尚且不暇，更加談不上對足利義秋的出兵援助。但是，京畿一帶的大名大都兵少示弱，根本不足以依靠。

　　此後，雖然足利義秋與諸大名的使者常有往來，但是通往和田城的道路非常狹窄，交通非常不便，故而足利義秋決定將禦所移至琵琶湖附近的矢島。

　　然而細川藤孝、大覺寺義俊、和田維政、石谷光政等人拚盡全力也隻救出了足利義秋一人，而周暠則是被平田和泉守以‘京公方於二條禦所舉辦連歌會為由’騙出京都鹿苑寺，於紙屋川邊被害。

　　大館輝光、一色輝清等原足利義輝側近眾在得知足利義輝於二條禦所遇害後，為了保住家名和自己的領地，他們便主動出仕三好三人眾、松永久通等人所準備擁立的新將軍——足利義榮。不僅如此，畠山伊豆守、畠山孫六郎、畠山維廣、細川駿河入道、荒川三郎等京畿各地的幕府奉公眾們皆先後擁立足利義榮為征夷大將軍候補。

　　而上泉秀綱、疋田景兼等人護送足利義輝的禦台所近衛氏進入近衛府邸後便迅速進入阪本城告知明智光秀，

三好家起兵謀反攻打二條禦所，足利義輝於二條禦所遇害，上百奉公眾武士戰死。　　明智光秀此時此刻僅僅征召到一千五百余軍勢，隻好暫時先固守領內並且聯絡丹後的國人領主們，並且派遣義弟明智三右衛門火速沿北陸道前往春日山城和河越城兩地，向謙信和朝定告知現任將軍足利義輝被三好家襲擊殺害的消息。

　　不過，就在足利義秋尋求京畿以及遠國各大勢力的協助之時，分別佔據近江南部和北部的六角家與淺井家卻在近江野良田展開大戰。淺井賢政率軍一萬一千在宇曾川對陣六角義賢所率的兩萬五千大軍。

　　淺井賢政在與六角家展開大戰之前便將正室平井定武之女離緣並且送回六角領，同時正式迎娶織田信長庶妹織田市為正室，還將之前六角義賢所賜的‘賢’字放棄，更名為淺井長政。

　　六角軍雖然兵力多於淺井軍，但是其內部並不穩定，導致了淺井長政輕輕松松將對六角家抱有不滿的肥田城城主高野瀨秀隆寢反。肥田城作為六角家本據觀音寺城北方的支城，還扼守著兩萬五千余六角軍的退路和糧道之上，六角義賢、六角義治父子二人為了消除後顧之憂不得不先在敵軍陣前分兵返回包圍肥田城，並且對肥田城展開水攻。

　　六角義治火速下令當地領民在肥田城的周圍修築一道堤壩，將肥田城南北兩側的愛知川和宇曾川的河水水引入堤壩內，打算用水攻困死被淺井長政寢反的高野瀨秀隆。

　　然而，水攻確實對肥田城起效了，肥田城內受到了不小的傷害，僅有二之丸和本丸的部分高地沒有被水浸泡外，其余大部分地區被淹沒。高野瀨秀隆雖然已經被六角軍逼到了絕路之上，但是他非常清楚眼下一旦就此向六角軍投降，那麽等待自己和一族的絕對會是死路一條。故而高野瀨秀隆決定繼續在肥田城內籠城頑強抵抗。

　　就在高野瀨秀隆繼續頑強抵抗的同時，一場豪雨救了他和一族的命。這場豪雨導致了洪水氾濫將不怎麽堅固的堤防被洪水衝出決口，圍城的水全流了出來而失敗。與此同時，淺井長政收到了肥田城的緊急求援，隨即率一萬一千大軍來到了南近江宇曾川北岸布下本陣。

　　隨後，淺井軍與六角軍野良田展開合戰，兩軍先陣交戰了近兩個時辰仍然沒能分出勝負，勢均力敵。但是隨著六角軍次陣的楢崎壱岐守、田中治部大輔兩部加入戰鬥之後，寡不敵眾的淺井軍先陣百百內蔵助、磯野員昌、丁野若狹守等人開始不敵並且被六角軍一度擊潰。六角軍在擊潰淺井軍先陣之後對淺井軍發起更加猛烈攻擊，似乎淺井軍的戰敗已然相當明顯。

　　然而，令六角義賢、六角義治父子二人沒有想到的是，淺井長政並沒有就此放棄， 反而將大野木茂俊、安養寺氏秀、上阪刑部等將繼續投入正面戰場與六角軍的大軍作戰中，自己則是親自率一隊以馬廻眾為主的偏師前去突襲六角義賢的本陣。

　　淺井長政奮不顧身親率麾下馬廻眾與六角軍本隊進行廝殺，並往六角軍中部陣線試圖進行夾擊。隨後，六角軍本陣軍勢和本陣側翼待命的鯰江眾、伊賀國人眾(出仕六角家的盾岡氏、城戶氏、下柘植氏等)等部紛紛不敵淺井軍的兵鋒，先後被淺井長政所突破擊潰，淺井軍的騎馬武士們直撲六角義賢和六角義治父子二人。

　　見淺井軍逐漸逼近自己本陣的六角義賢、六角義治父子二人發覺他們已經陷入了危險當中，心驚膽跳的他們隨即跳上了自己的坐騎，在麾下馬廻眾的掩護下瘋狂的向本據觀音寺城逃命，將還在野良田奮戰的兩萬余大軍拋棄了。原先呈現局部優勢的六角軍先陣與次陣見主帥敗走之後，局面一發不可收拾，瞬間開始全軍潰散，大野木茂俊、安養寺氏秀、上阪刑部等將隨即率淺井軍進行對六角軍的追擊。此次野良田之戰淺井家大勝，討死六角軍一千五百余，並且一舉奪取了原先屬於六角家的犬上、愛智兩郡。

　　由於野良田之戰的敗北，導致了六角家家臣團發生了動搖。加上先前在永祿元年時，六角家就被謙信擊敗多次，就連家督六角義賢都不得不向足利義輝低頭降服請罪。算上此次的野良田之戰，六角義賢的威嚴徹底喪失殆盡，同時六角家的顏面也被徹底掃落。就連家中的多位譜代重臣也開始進一步與新任家督六角義治離心離德。