永祿三年，七月五日。就當太陽下山之後，三好軍迅速在京都各個關卡要道上做好了部署。總大將三好義繼在其一門重臣三好政保的協助下率四千余軍勢於鴨川沿岸的三本木布下了本陣;松永久通率軍一千余在烏丸一帶待命;岩成友通率軍一千余在室町一帶待命;三好長逸率軍兩千余在西大路一帶待命;三好政康率軍兩千余在勘解由小路一帶待命。一萬余三好軍將二條禦所包圍的嚴嚴實實，甚至連一隻鳥都快飛不進去了。

　　而京都東南方的鳥羽伏見兩地則是由三好長直(攝津三好、尼崎豪族)和今村慶滿(原細川氏綱家臣、出仕三好家後任山城國代官和小泉城城主)二人各率五百余軍勢駐守，鳥羽和伏見兩地恰好扼守住出仕將軍家的近江甲賀郡豪族通往京都的道路。在將三好長直和今村慶滿布置在鳥羽和伏見兩地後，三好三人眾與松永久通等人還是覺得不放心，隨後又派遣三好長勝(三好長逸一門眾)、三好房一(三好康長家臣)、橫田宗昭(三好家一門眾)等人分別率軍五百余駐守在鳥羽和伏見兩地東北方地勢較高的龍雲寺、桃山、禦香宮三地。

　　三好家諸將在各地全部布置妥當之後，夜裡開始下起了雨。

　　明智光秀雖然身在阪本，但是對局勢還是略知一二的。他很清楚眼下三好家派出一萬三千余大軍上洛肯定是來者不善善者不來，隨即讓先前來到京都修行的上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠(上泉秀綱弟子)等兵法家迅速進入二條禦所護衛足利義輝，自己則是迅速在領內征召軍勢，以備不時之需。

　　上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠等人才小心翼翼的進入二條禦所並且見到了足利義輝本人之後，所有人都沒有想到，在今天夜裡會發生一場震驚五畿七道六十余州的大變。

　　二條禦所的大手門正對著室町大街，禦所棟門的改修也已經完工，禦所內的兩座箭櫓也修建完成了。

　　戊時過後，雨勢稍微減弱了，到了亥時，部署在烏丸、室町、西大路、勘解由小路等地的三好軍各部同時手持松明火把，從各自的所在地向著二條禦所包抄而來。三好軍一萬余大軍勢向二條禦所發起總攻擊，為了獲得絕對的優勢，這支三好軍一共裝備了一千五百挺鐵炮，非常大膽的從四個方向同時發動攻擊。

　　與此同時，足利義輝正坐在靜室裡盯著上百柄太刀發呆，伸手取來那柄天下的著名太刀童子切安綱，緩緩抽出露出雪亮的刀刃，光滑如鏡的刀背上映照出那張瘦削清臒的面容。

　　“是什麽聲音?！”正在擦刀的足利義輝瞬間起身拉開紙門走到走廊上，他隨即想到了佔據著京畿大部分的三好家和近江的六角家，難道是他們起兵反叛了?

　　隨即足利義輝派遣近臣沼田光長、細川隆是、武田輝信等人前去大手門處查看。

　　沼田光長、細川隆是、武田輝信等人迅速跑到大手門附近的箭櫓上一看，發現禦所周邊的大街小巷內都點著松明火把。包圍著二條禦所軍勢的旗指物皆為拔釘紋。不過，為了確定攻擊的二條禦所的敵方總大將，沼田光長、細川隆是、武田輝信等人還是向下吼道:“究竟是何人謀反?！為首大將速速報上名來！”

　　“吾乃三好左京大夫家臣，今日特來此地請求申訴。”岩成友通隨即大聲回答道。

　　沼田光長、細川隆是、武田輝信等人急忙奔下箭櫓前去向足利義輝匯報。同時，岩城友通也指揮著一千余三好軍向二條禦所的大手門發起了猛攻。

　　由於二條禦所內守軍稀少，奉公眾武士們只能眼睜睜的看著二條禦所的四方城門被攻城錘猛烈的撞開，奉公眾武士們被打的節節敗退。

　　“請求申訴?派遣一名使者攜帶一紙訴狀就可以做到，需要出動一萬余的大軍把二條禦所團團圍住嗎?！這樣的事情余可真的是頭一次聽說呢！”足利義輝聽完沼田光長、細川隆是、武田輝信等人的匯報後冷笑道。隨後，他便在小姓和近臣的幫助下迅速穿戴鎧甲準備迎戰。

　　足利義輝在換上足利家祖傳的大鎧和戴上配有五枚金綴的頭盔之後，將收藏的上百柄太刀中的三十余柄太刀插在地上寶刀插在走廊，與來襲的三好軍對戰，砍鈍一把就換另一把，一直到用完最後一把刀為止，沒有一人能夠近得了他的身。

　　雖然足利義輝身旁有上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠等擅長劍術的武士護衛著，但是奉公眾依舊扭轉不了局勢。進士藤延、荒川晴宣、荒川輝宗、彥部晴直、彥部輝信、杉原晴盛、小笠原稙盛、沼田光長、細川隆是、武田輝信、攝津糸千代丸、一色淡路守、治部藤通、治部藤阿彌等五十余名奉公眾、側近先後被三好軍討死。

　　就當足利義輝率殘余奉公眾暫時擊退了岩城友通部後，上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠等人勸諫他立即向南近江阪本方向突圍，抵達阪本之後便能聯合六角家、朽木家等大名與三好家抗衡。

　　然而足利義輝拒絕了上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠等人的建議，仍然決定在二條禦所內堅守。在雙方激戰多時後，足利義輝力斬百人，折損刀劍數柄，也已漸漸力怯，見三好軍仍然如潮水一般湧來，層層密密，殺不盡，斬不絕，在見到二條禦所已經被叛軍完全包圍地如同大海中的一葉孤舟，沉默的足利義輝已經對命運有所覺悟了，心知自己的大限已至，遂率眾且戰且退避入內室。

　　足利義輝知道上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠等人大都來自關東，並不希望他們在這裡死於亂軍之中，令他們護送自己的禦台所(征夷大將軍的正室)近衛氏(近衛植家之女)和兩名嫡女離開二條禦所，還令側近細川輝經立即前去與三好家諸將交涉。

　　上泉秀綱、疋田景兼、丸目長惠等人也不再堅持，隨即進入大廣間內帶著驚慌失措的近衛氏和足利義輝的兩個女兒緩緩離開了。而三好三人眾、松永久通等人也不願意得罪公卿名門近衛家和時任關白近衛前久，故而隻同意禦台所近衛氏和足利義輝的兩個女兒安然離開二條禦所，而足利義輝最寵愛的側室進士小侍從(進士晴舍之女)卻沒有那麽好的運氣了，三好三人眾與松永久通等人直接拒絕了已經懷孕的進士小侍從離開二條禦所。不過，足利義輝的另一位側室則是在三好軍還未完全將二條禦所包圍的時候悄悄的離開了。

　　足利義輝為了不讓足利將軍家(堀越公方系)就此斷絕血脈，立即令近臣小早川外記、吉川齋宮等人護衛已經懷胎八月的側室烏丸氏(出自藤原北家日野流)暫時前去與將軍家暗中經常聯系的讃岐國橫井城城主尾池光永處藏匿。

　　“源氏千載夢幻碎，淨火焚盡世間惡。五月細雨露如淚，願寄我名登雲霄。”足利義輝在僅剩的二十余名奉公眾武士們的掩護下於大廣間內寫下了辭世詩(又稱辭世句)。從鐮倉時代開始，一直到明治維新過後，身為征夷大將軍而親自上陣揮劍殺敵的，恐怕就只有足利義輝一人了。

　　不久，二條禦所的本丸各地都燃起了大火，火勢漸漸逼近了大廣間，足利義輝在大廣間內繼續奮戰著。這時，足利義輝被三好軍用長槍絆倒在地，隨後蜂擁而來的三好軍便將大廣間的多扇紙門拆下並且壓在了足利義輝的身上，使他動彈不得。之後，無數杆長槍刺入了足利義輝的身軀，不久後強情公方足利義輝咽了氣。

　　足利義輝的生母慶壽院(近衛尚通之女、第十二代室町幕府將軍足利義晴的正室)也在熊熊大火之中結束了自己的生命。而足利義輝最寵愛的側室進士小侍從則在本丸庭院裡的假山後被三好軍找到並且殺害了。

　　就在足利義輝、慶壽院、進士小侍從等人死後，三好三人眾與松永久通等人還是覺得不放心，認為足利義輝還有兩位親兄弟尚在人世，不可不剪除。這兩人按照幕府將軍家的慣例，都出家為僧了，一名法號為周暠，在京都鹿苑寺出家，一位法號為覺慶，在奈良興福寺一乘院為僧。