永祿三年，十月十日。就在武田信繁率兩萬兩千余武田軍入侵相模國的同時，朝定很快便得知了此事，他隨即下令位於房總兩國的家臣東金城城主狩野秀治、峰上城城主正木道俊、椎津城城主板屋光胤、岡本城城主岡本安泰等將迅速征召五千余軍勢後先行出陣相模，前去聯合長野業盛、池田盛周、善宗次等東相模諸將在相模川附近布置防線，不讓武田軍進一步深入相模腹地。

　　與此同時，織田信長為了能夠消除後顧之憂和兩線作戰，隨即迅速與正在派兵攻打西三河親織田家豪族的武田信玄達成了和議。兩家按照協議中的勢力范圍劃分各自的歸屬界限，其中佔據碧海郡大部分的水野家歸屬在織田家旗下，佔據額田郡的德川家重新返回織田家旗下成為從屬大名，而加茂郡、設樂郡、八名郡、寶飯郡、幡豆郡、渥美郡則歸武田家所有。這也宣告著長達數年之久，遍布著三河遠江兩國的戰事終於能夠暫時告一段落了。

　　就在小笠原信嶺、下條信氏、木曾義昌、知久賴元等南信濃諸將所率的五千余武田軍返回南信濃後不久，織田信長派遣不破光治、內藤勝彌等家臣率兩千余軍勢從北近江小谷城外的休懷寺前去迎接足利義昭。

　　與之相對的，淺井長政也派遣重臣上阪城城主上阪意信(上阪氏原為近江守護京極氏執權，上阪意信繼任上阪氏家督後成為了淺井家家臣)、山本山城城主阿閉貞征等人率一千五百余軍勢護送他們到美濃關原。對於這位四處流浪多時的“將軍家的當主”而言，這一次的旅行給了他絕對的安全感，因此足利義昭心中感到非常高興。

　　隨後，足利義昭便入住暫時的居館——美濃西部的立政寺內。就當足利義昭在立政寺內過上一段安生日子後，織田信長於十月二十日來到立政寺內參見足利義昭，同時向足利義昭進獻一大堆禮物:國綱太刀一柄、葦毛馬一匹、大鎧兩套、沉香百斤、縮布百匹、鍛子三十匹、虎皮兩張······

　　足利義昭在見到織田信長所贈的這麽多禮物後不斷的點頭，甚至快要激動的留下淚來。自從足利義昭以‘將軍家的當主’自居後，從來沒有哪一家大名送給自己那麽多的禮物，就連幕府重臣、佔據大部分東國的上杉家都沒有理睬過自己，送去的書信也大都石沉大海毫無回應。他覺得織田信長一定能夠圓他的將軍夢。

　　十一月一日，織田信長在美濃、尾張、西三河、伊勢、志摩等國大規模征召下，兵力達到了四萬余。在正式出兵上洛之前，織田信長率馬廻眾五百余人從本據岐阜城出發，前往佐和山城和六角義賢、六角義治父子二人展開交涉，希望六角家能夠參與擁立、護衛足利義昭加入上洛之戰，並且獻上人質交換誓書等等。但是，早就跟三好三人眾有過協議的六角義賢、六角義治父子二人在交涉中始終堅持拒絕擁立足利義昭參加上洛之戰。

　　在多次與六角家交涉無果後，織田信長隨即與淺井長政商議準備向六角家宣戰並且做好攻打六角家支城之一的箕作城和對抗三好三人眾之事。同時，三好長逸、三好政康和岩成友通三人隨後在十一月五日前往南近江石部城與六角義賢、六角義治父子二人進行會面，雙方再次對阻止織田信長率軍上洛等事情進行磋商。

　　而此時的六角家才經歷了野良田慘敗和觀音寺騷動正處於低潮期，六角家中亂象叢生，上下離心離德，甚至連十年以前的五分之一都不如了，

若是比起二十年前六角家的鼎盛時期，更是天差地別不足以道計，眼下完全不是織田軍的對手。若不是有三好三人眾在其後暗中援助，六角義賢、六角義治父子二人哪裡有膽量同時與織田家和淺井家開戰?　　為了盡可能的拖住織田家大軍西進上洛的時間，六角家大規模對本據觀音寺城周圍的八幡山城、長光寺城、箕作城、和田山城、佐生城、荒神山城、目賀田城、高取城、敏滿寺城、山崎城、田山城、日野城等十八座城池兵砦進行普請增築，意圖用籠城戰讓織田軍分兵攻打，能夠爭取更多的時間來與三好家的大軍合流後擊退織田軍。

　　在確定談判破裂後，織田信長於十一月八日與淺井長政在南近江佐和山城外會師，織田軍隨後在高宮一帶進行兩天休整後便進軍至愛知川附近布下本陣。聯軍總數瞬間便膨脹至五萬余人，聯軍士氣大振，營砦綿延如同長蛇一般，篝火遍地燃起如同星空一樣。

　　六角義賢、六角義治父子二人得知織田軍大軍已經進入南近江後，為了抵禦織田軍的來襲，隨即做出了分兵在箕作城、和田山城等要地重鎮加強防衛的決定。以吉田重高(佐佐木氏支流，吉田重政之子)、吉田重光、吉田新介、吉田安藝守(太尾山城城主)、建部秀明、建部壽德、建部日向守(六角義治側近)等人率軍三千余進入箕作城協助城主建部賢文籠城，田中治部大輔(和田山城城主)、田中山城守等人率軍六千余鎮守和田山城，六角家譜代重臣、近江守護代蒲生賢秀負責固守日野音羽城。蒲生賢秀認為箕作城守軍數量還是太少根本無法抵禦織田·淺井聯軍的進攻，原本他想要出兵增援箕作城，但是六角義賢卻認為完全沒有繼續增援的必要，因此蒲生賢秀隻好返回自己的居城日野音羽城繼續做好籠城死守的準備。

　　而織田信長在十一月十二日先派麾下重臣森可成、柴田勝家、阪井政尚為先陣，與駐守在觀音寺城外的六角軍交戰，討死百余人，取得了織田軍進入南近江以來的首勝。原先，織田信長希望由淺井長政負責率軍監視六角家的本據觀音寺城，然後由織田軍去負責攻打和田山城。但是，淺井長政為了盡可能獲得南近江領地和增加淺井家對南近江的影響力拒絕了織田信長。隨後，織田信長隻好改為家臣阪井政尚去負責率軍監視和牽製觀音寺城，美濃三人眾(稻葉良通、安藤守就和氏家直元)負責率軍監視和牽製和田山城，做好對城池佯攻的樣子。

　　織田信長隨後派遣家臣佐久間信盛、木下藤吉郎(木下秀吉)、丹羽長秀、淺井政貞(尾張淺井氏)等人攻打箕作城。木下藤吉郎部兩千三百余軍勢部署在箕作城北面，丹羽長秀部三千余軍勢部署在箕作城東面，以佐久間盛次和蜂須賀正勝擔任先陣攻城，德川軍的松平信一也參加了先陣與織田軍一同攻城。隨後，箕作城城將吉田重高、建部秀明雖然意圖頑強抵抗，以弓矢、洋槍鐵炮攻擊織田軍，卻還是被織田軍攻破了大手門，德川家家臣松平信一率先率軍攻入城內，緊隨其後的便是林通氏(丹羽長秀家臣)、佐久間盛次(佐久間信盛之弟)、竹中重治、木村重茲等人一同攻入城中共同立下了一番乘之功，被編入木下藤吉郎部的前田利家也率先衝陣殺敵，討取城將建部日向守立下了一番首之功，箕作城在當天半夜遭到攻陷，城主建部賢文、城將建部秀明、吉田重高等人率殘部突圍逃亡，城將建部壽德在投降織田軍後被編入丹羽長秀部效力，箕作城城兵被討死達五百余人。和田山城在得知箕作城在短時間內被織田軍攻落後，城兵驚恐萬分，尚未與織田軍交戰便開始大量逃亡了。織田軍並沒有像六角義賢、六角義治父子二人所預想的那樣將兵力分成十八份。

　　觀音寺城內坐鎮的六角義賢、六角義治父子二人在發現織田軍主力已經轉移後，立即出城襲擊阪井政尚部，結果卻被阪井政尚所擊退，阪井政尚之子阪井久藏在此戰中奮戰有功，隨後獲得了織田信長和足利義昭賜下感狀嘉獎。德川家臣松平信一在箕作城陷落的第二天，因為作戰勇猛而獲得織田信長的褒獎，之後織田信長還賞賜桐紋革胴服給他。丹羽長秀家臣林通氏也同樣因為作戰勇猛，獲得織田信長賜下的感狀褒獎。

　　在箕作城陷落後不久，織田信長便將本陣設在了箕作山中，並且於翌日對六角家的本據觀音寺城發起了總攻，六角義賢、六角義治父子二人自知六角軍士氣低落、寡不敵眾，難以抵擋織田軍的兵鋒，隨即放棄本據觀音寺城逃亡，輕車熟路的走了祖先的老路，準備跑到深山老林之中與織田軍展開遊擊戰。隨後，六角義賢、六角義治父子二人便逃往甲賀郡，甚至還一度逃往伊賀國躲避織田軍的兵鋒。但是，令六角義賢、六角義治父子二人沒有想到的是，如今的局勢再也不像當初六角高賴那樣拖著耗著就能解決的了。那時的六角家面對的敵人是孱弱的室町幕府，而如今六角家的敵人卻是新崛起的織田信長，所以直到織田家滅亡後六角家都沒能恢復舊領。

　　在觀音寺城被織田軍攻落後不久，六角家重臣蒲生賢秀還在居城日野音羽城繼續籠城死守抵擋織田軍。但是，織田信長並不打算對日野音羽城發起攻擊，隨即派遣與蒲生家有姻親關系的神戶具盛(原六角家家臣，蒲生定秀女婿，神戶氏總領七代目，接受織田信長之子織田信孝為婿養子)前去勸降蒲生賢秀(蒲生定秀之子)。 在神戶具盛的勸說下，蒲生賢秀放棄了抵抗，交出其子蒲生鶴千代(蒲生氏鄉)為人質，投降織田家。就在近江守護代家蒲生家投降織田軍後，南近江便很快被織田軍順利平定下來，從而減少了傷亡和節省了更多的時間。

　　而長光寺城、八幡山城、箕作城、和田山城、佐生城、荒神山城、目賀田城、高取城、敏滿寺城、山崎城、田山城等觀音寺城周邊的十八座城池兵砦先後被織田軍攻陷或是勸降，六角家中有力家臣進藤賢盛、後藤高治、永原重康、平井定武、青地茂綱、永田景弘、加賀美兵部少輔(井上兵部少輔、各務兵部少輔，六角氏分家)、池田景雄、宮木賢祐(觀音寺城奉行眾之一)、山崎片家、山岡景隆、小川祐忠等人先後投降織田家。織田信長在平定了南近江後才得知為何當初六角義賢、六角義治父子在談判之時那麽傲氣了，原來有著執三好家牛耳的三好三人眾作為後盾。

　　在聽聞六角義賢、六角義治父子二人轉往鯰江城籠城死守後，織田信長便讓淺井長政率六千余軍勢進入箕作城、觀音寺城駐守，以防止六角家的反撲。織田信長在迅速擊敗六角家後，派遣家臣不破光治為使者返回美濃立政寺內向足利義昭報捷，並且迎接足利義昭出兵參陣。

　　十一月二十日，織田信長與足利義昭進入琵琶湖的三井寺，而織田·淺井聯軍則是在大津的松本、馬場等地布陣，之後以三井寺內的光淨院作為足利義昭的暫時居所。隨後，織田信長便率大軍正式往京都進發，準備與三好家展開作戰。