永祿三年，十一月二十日。在織田·淺井聯軍銳不可當的攻勢下，內憂外患的六角家很快便土崩瓦解了。從此以後，六角家在南近江半國的霸權化為了南柯一夢。同時，尾張織田氏的威名頓時間傳遍了畿內數國，佔據京畿的三好三人眾感到了前所未有的壓力。

　　由儉入奢易，由奢入儉難。六角義賢、六角義治父子自從主動放棄本據觀音寺城後便感到後悔了。北伊勢、南近江、伊賀各地的家臣、國人領主們先後倒向織田家，就連進藤賢盛、後藤高治、永原重康、平井定武、青地茂綱、永田景弘等家中重臣都先後主動投降織田·淺井聯軍，使得六角義賢、六角義治父子反攻南近江的本錢越來越少，眼下他們只能在甲賀、伊賀等地的深山之中繼續蟄伏著。

　　於此同時，足利義昭麾下的奉公眾細川藤孝、明智光秀(朝定在永祿之變後暗令明智光秀在合適的時機出仕織田家，盡可能的在京畿一帶擴張勢力)等人，則是搖著‘將軍家的當主’足利義昭這面大旗，勸說和調略京畿一帶的國人領主們轉變風向“棄暗投明”。不過，具體是投向足利氏的軍門之下，還是投向聲威正盛的織田家軍門之下，卻沒有說得太清楚。在一路高奏凱歌的時候，絕大部分人總是會有意無意的忽略掉這些看似並不怎麽重要的問題。

　　織田信長在快速平定南近江的同時，立即下達了一道非常嚴苛的命令——一錢斬令。嚴禁織田·淺井聯軍在未經許可的情況下隨意進行亂捕、人狩，更加不允許奸女，若有違背者殺無赦。

　　不僅如此，織田信長還下令織田軍將南近江主要街道打掃的乾乾淨淨，就連無人收理的屍體也都由織田軍收拾乾淨了。

　　就當織田信長節節勝利即將攻入京都之時，武田信玄也沒有閑著。自從武田家與織田家重新劃分了三河國歸屬界限後，便迅速將家臣轉封至東三河各地重鎮要地之中去，進一步加強對東三河各郡的控制，企圖將東三河各郡經營成出兵上洛的橋頭堡。

　　武田信玄先將河出良則(河出城城主)、高木善右衛門尉、菅沼定忠(四十騎領主，北設樂郡豪族，田峰城城主，山家三方眾，又稱田峰定忠、田峰定吉)、長篠正貞(三十騎領主，南設樂郡豪族，田峰菅沼氏分家，奧三河眾，山家三方眾，長篠城城主，又稱菅沼政定、菅沼正定、菅沼正貞)、奧平貞能(一百五十騎大身領主，奧三河眾，山家三方眾，作手城城主，田代城城主，又稱奧平定能、作手貞能、作手定能)、菅沼定盈(野田菅沼氏，奧三河眾，野田城城主)等先前主動降服於武田家的東三河國豪族們編為三河先方眾，由一門親族眾中的大井虎昌擔任三河先方眾旗頭一職，並且坐鎮東三河最重要的戰略據點——吉田城。

　　隨後，武田信玄還將家臣漆戶虎光(原武田義信補佐役)轉封至寶飯郡牛久保城領有五千石知行地、三枝虎吉(足輕大將眾)轉封至寶飯郡上鄉城領有一萬五千石知行地;勝津野昌忠(譜代家老眾)轉封至寶飯郡長澤山城領有八千石知行地、荻原昌明(原板垣信方與力，武田家一門眾)轉封至渥美郡中山城領有五千石知行地，大井虎昌(武田家一門親族眾，大井信達末子，大井信達長女為武田信玄之母)轉封至渥美郡吉田城領有一萬五千石知行地。

　　十一月二十三日，獲知六角義賢、六角義治父子二人兵敗如山倒、織田·淺井聯軍即將出兵上洛，三好三人眾鬥志喪盡，

隨即棄守無險可守的京都。參議高倉永相(高倉永家次男)經由八幡逃往大阪，時任關白近衛前久深知足利義昭進入京都後定然不會輕饒自己，隨即步了高倉永相的後塵也逃往大阪，權中納言勸修寺晴右(勸修寺晴豐之父，勸修寺家的第第十四代當主，內大臣勸修寺尹豐之子)屏居。十一月二十六日，時織田信長便帶同足利義昭進入京都，在清水布陣。織田信長也在進入京都後命令菅屋長賴制定洛中法制，派軍勢護衛宮廷，維護京都一帶的治安。但是就在織田·淺井聯軍上洛之後，由松平信一所率領的部分德川軍軍勢與部分織田軍發生了衝突，在經過織田信長的裁決之後，松平信一先率領德川軍返回三河國。　　這時，三好一方的細川昭元與三好長逸、三好政康等人率軍三千余固守在芥川城;篠原長房率軍兩千五百余駐守在越水城、瀧山城兩地;岩成友通率軍兩千余固守在勝龍寺城;三好康長率軍兩千五百余固守在高屋城;足利義榮與其父足利義冬、細川真之、三好長治則率軍三千余固守在富田普門寺城內。

　　織田信長率軍進入京都之後將本陣設立在東福寺，在二十八日時派遣家臣柴田勝家、蜂屋賴隆、森可成、阪井政尚四人擔任先陣率領一萬余大軍越過桂川攻打三好方岩成友通所鎮守的勝龍寺城。面對織田軍氣勢如虹的來襲，岩成友通並不打算困守孤城，隨即派兵出城與織田軍展開野戰，結果卻遭到織田方四將擊破，麾下知名武士五十余人被討取，柴田勝家、蜂屋賴隆、森可成、阪井政尚等人隨後將斬獲的首級送往東福寺，由織田信長進行首實檢。經過此戰之後，岩成友通自知不敵，遂在隔日開城向織田軍投降。

　　隨後，三好康長在得知岩成友通開城投降後隻好放棄高屋城退離，飯盛城緊接著也開城投降織田軍，在畠山高政前來參見足利義昭表示歸降時，足利義昭也將原屬於畠山高政的高屋城，重新賜回給他。織田軍之後便在十一月三十日在攝津國的河邊郡、武庫郡等地放火。

　　織田軍後在十二月一日於山崎一帶布陣，先陣安置在天神山一帶，在織田軍的步步進逼下，細川昭元、三好長逸與三好政康趁夜放棄了芥川城，篠原長房在越水城、瀧山兩地的城兵也隨後撤退，織田信長遂迎奉足利義昭進入芥川城。

　　緊接著織田·淺井聯軍就像被神佛附體一般一路高歌猛進開始掃蕩攝津國，隨後在十二月五日派遣五萬大軍攻打尚未降服的攝津豪族池田勝正的池田城，水野忠政家臣梶川平左衛門與織田信長的馬廻眾魚住隼人爭先突入城池的外構，結果梶川平左衛門被池田軍討死，魚住隼人身受重傷被麾下足輕抬回織田軍本陣，隨後織田軍暫停了對池田城的進攻。池田勝正造成織田軍陣亡十多名知名武士、傷亡達百余人，但是織田軍也攻入了池田城的三之丸內，織田信長隨後在池田城的城下町中四處放火，池田勝正深知自己在失去三好三人眾等有力外援下難以繼續抵抗織田家，隨後便主動開城交出人質向織田軍投降了。就在池田勝正開城投降後，攝津國的國人領主們玩起了自己的拿手好戲——城頭變幻大王旗，迅速拋棄三好家成為織田家旗下的外樣家臣。

　　河內國的三好義繼跟大和國的松永久秀當時正與三好三人眾敵對，在織田信長與足利義昭上洛之後，也立即遣使謝罪希望能夠歸附，可足利義昭卻表示不願意接納他們，但是在織田信長的多次勸說之下才同意兩人投降。大和國豪族箸尾高春在看到三好三人眾一方節節敗退後也隻好投降足利義昭。

　　在五萬余織田·淺井聯軍的橫掃下，三好家的勢力宛如秋風中的落葉一般，三好家不得不帶著足利義榮計劃撤回東四國。三好家方面在京畿各地的潰敗使得京畿一帶風聲鶴唳草木皆兵，和泉國、河內國斷斷續續的國人領主們迅速望風而降。短短一個月不到，織田信長便在京畿一帶掀起了一陣驚濤駭浪。山城、河內、和泉、大和、攝津等國一路橫掃而過，各地的國人領主們無不望風歸降，織田軍如今就像是滾雪球一樣，不斷的膨脹著，而且越滾越大，大到已經令他的對手感到絕望。由於有著淺井家的支持、朝倉家和若狹武田家的按兵不動，整個京畿在瞬間攻守易位，變成了一邊倒的局勢。

　　足利義昭根本沒有想到事態會發展的如此順利，原先還以為京畿各地的國人領主們和三好家會拚死抵抗，即使很自信樂觀的預計也要耗時近半年才能攻略京畿諸國，尤其是三好家這個最難啃的骨頭。

　　就當織田信長滯留在芥川城之時，各方使者也陸續送上珍物，像今井宗久獻上名物松嶋茶壺跟紹鷗茄子，其中還有源義經在一之谷穿過的甲胄。攝津國的高槻城主入江春景、茨木城主茨木重朝也相繼投降，伊丹城主伊丹親興在足利義昭仍滯留越前國時，就與足利義昭有所往來，因此在織田信長跟足利義昭進軍攝津時便立即表態歸降。而三好三人眾所擁立的征夷大將軍足利義榮在撤退途中患病身亡後，篠原長房便奉三好長治與細川真之渡海退往阿波國。

　　在織田信長跟足利義昭戰勝三好三人眾之後，足利義昭在芥川城陣中對近畿的領地進行重新分配。原先足利義昭希望由織田信長來統領畿內五國，但是織田信長隻願意領受和泉國的堺町與近江國的大津、草津。因此，由畠山高政領有高屋城、三好義繼領有若江城各掌河內國各半，大和國跟和泉國的志貴城則依然交由松永久秀，攝津國則一分為三，由和田惟政擔任芥川城主跟伊丹城主伊丹親興、池田城主池田勝正並為攝津三守護，伊丹親興的三萬石領地、池田勝正的兩萬石領地都獲得了安堵文書，細川藤孝則領有勝龍寺城。

　　足利義昭在十二月二十日正式獲得了朝廷的將軍宣下，晉任為征夷大將軍。得知此事的織田信長立即送上諸多厚禮，同時在細川官邸內為足利義昭舉辦就任典禮。感激不已的足利義昭隨即回賜給織田信長太刀、酒杯等物品。

　　同時，織田信長為了減輕松永久秀的壓力，好讓他順利平定大和一國，便派遣重臣佐久間信盛等人率軍一萬八千余出兵協助松永久秀。足利義昭看在織田信長的面子上也派遣了幕臣細川藤孝、和田惟政等人率領五千余軍勢支援松永久秀重新攻入東大和。隨後，織田·足利聯軍以電光火石之勢迅速攻陷了筒井城、豐田城、平城等地，就連郡山城也投降松永久秀，大和一國幾乎成了松永久秀的天下。而兵敗如山倒的筒井順慶就隻好前去投奔深山裡的豪族秋山直國。

　　就在足利義昭順利繼任征夷大將軍之後，擔任關白一職的近衛前久，被視為是“逆賊”的同黨，再加上前任關白二條晴良對其落井下石，結果義昭奏請朝廷，將前久罷免和逐出京都，隨後由親織田家·足利義昭的二條晴良繼任了關白一職，朝廷中大部分的公卿朝臣都紛紛表示讓足利義榮能夠順利得到將軍宣下的都是近衛前久的陰謀，朝廷和皇室是受到蒙蔽後才做出了錯誤的判斷，上下百官也都是被脅迫的，並不是出自本意。

　　近衛前久被解除關白一職後，在丹波國豪族赤井直正的幫助下，從京都前往黑井城的下館居住，此後在第十一世本願寺顯如的幫助下移居攝津國的石山本願寺。此時認顯如的長子教如為自己的養子。