在玄甲軍猛烈的炮火聲中，山陰、會稽二縣不到三日就已陷落。
　　一萬玄甲軍、兩千錦衣衛分別入駐二縣，在短暫的安民之後，錦衣衛開始徹查與鄭兵、倭兵勾結的官紳、富商。
　　兩千錦衣衛在紹興府徹查了整整兩個月，紹興知府、同知、僉事以上的官吏盡數落網，無一幸免;山陰、會稽二縣的縣令、主簿、縣丞、縣尉、書吏共三十三人，也抓了二十九人。
　　整個紹興府官場幾乎被方原徹底的清洗一空，空缺的官位，直接由這兩年江南大學堂畢業，正等待分配的青年才俊，還有科舉考試中了功名卻還在候補等候官位安排的進士、舉人直接進駐紹興府衙門，還有山陰、會稽二縣，接管當地政務。
　　至於紹興府的鄉紳、富商牽連案子裡的是不計其數，錦衣衛這次是得了方原的密令，寧可錯殺十人，不能放過一個。錦衣衛是挖地三尺的搜查，尋訪了紹興府的百姓、民夫近十萬人，只要在坊間傳聞有向鄭兵、倭寇捐錢糧的，無論真假，立刻逮捕。兩個月內，一共抓獲主犯五百三十六人，連同家眷至少上萬人。
　　方原當然知道這麽血腥的清洗，必然有很多冤枉的鄉紳、富商，但能被百姓血淚指控的，毫無疑問是在當地名聲不好的，既然平日裡都是對百姓敲髓吸血、為富不仁，這次的大清洗被誤傷，也算是天網恢恢疏而不漏了吧
　　方原這兩個月來一直留在紹興府衙，事無巨細，親自審實了諸人的罪行。但凡與倭寇勾結的，主犯本人拖到紹興府的母親河曹娥江邊斬首示眾，家眷無論男女老幼，全扔去了福建，自生自滅。
　　給鄭兵、倭寇捐了錢、糧的，無論主動、被迫，按照捐錢糧的數量，捐一罰百，不足部分由土地、房產折價補足。補足了還不夠罰的，青壯直接扔去舟山海軍基地當苦役，女人就派去給玄甲軍士配對。
　　兩個月來，曹娥江下遊隨時都能見到被處決後，漂浮的屍體。
　　鄭森也曾得到紹興府官紳、富商的求救書，但鄭森麾下的鄭兵也只有兩萬，士氣低落，既要守住杭州府的三衛，還要應付駐扎在湖州府玄甲鐵騎的威懾，本就在苦苦支撐，哪裡還敢分兵去救援紹興府只能推脫有疾在身，對求救之人是閉門不見。
　　紹興府的官紳、富商沒了外援，也曾想過自救，組織起了一些小規模的反抗。但玄甲軍目的相當明確，一切與民秋毫無犯，隻捉拿官紳、富商。鄉間無論是自耕農，還是租種的佃戶是事不關己，面對玄甲軍的兵鋒都是避之唯恐不及，哪裡會去給官紳、富商賣命。
　　再兼玄甲軍火器精良，更有威力巨大的火炮，無論各鄉建的用於護衛的堡塢，還是躲去山腰險要地形的老宅，全被玄甲軍輕松的逐一攻克，將主犯捉拿歸案。
　　整個紹興城裡的百姓見錦衣衛殺氣騰騰的開始全城搜捕抓人，嚇得是三魂丟了七魄，還擔心方原會不會在紹興府搞個紹興幾日，山陰幾屠什麽的大屠殺。
　　再加上之前的官紳、富商大肆的妖魔化方原和玄甲軍，傳聞女人只要落進了玄甲軍手中，每夜都要遭到二十人的輪流蹂躪。
　　大戶人家的女眷早就送去了鄉下躲避，小戶人家的年輕女人則幾乎都躲在柴房、密室隔間裡，以灶灰抹臉，生怕被來來往往的玄甲軍、錦衣衛捉了去凌辱。
　　一連兩個月，偌大的紹興城，大街上是人煙罕有，之前繁榮的商業區，店鋪全都大門緊閉，不敢開門營業。只有家中沒余糧，斷炊了的百姓，才勉強出門去官府門口領取方原派人專門發放的救濟糧。
　　錦衣衛在紹興府掀起的恐怖的腥風血雨，成果也是斐然。
　　錦衣衛一共抄沒了土地一百一十萬畝，佔了紹興府耕地總面積的近二分之一。不到一千的鄉紳、富商，就擁有紹興府近半的土地，可見紹興府土地兼並的嚴重。
　　抄沒了銀子三百五十七萬兩，糧食一百二十萬石，房產一千兩百間，其余的珍貴古籍、古玩珍寶是不計其數。
　　方原對這些抄沒的戰利，進行了分類的分配。
　　一百一十萬畝土地，其中十萬畝用於玄甲軍、錦衣衛的獎勵，十萬畝歸入方原名下的私田，其余的九十萬全部用作官府的官田，目前暫時交由新成立的內閣打理，之後方原會成立專門的官府糧庫司，進行官糧的專門管理。
　　抄沒的三百五十七萬兩銀子，一百二十萬石糧食，因錦衣衛在紹興府紹擾民了一，兩個月，方原決定開始對百姓進行賑濟補償。
　　紹興府乃是浙江的人口大省，據紹興府官府的官冊統計在案的百姓有九十萬戶，四、五百萬人口。
　　方原按照人丁冊每戶二兩銀子，一石米的標準，令錦衣衛開始發放安撫銀，賑濟糧。之前僥幸沒被清算的三、四個縣丞開始前去組織百姓到紹興府衙門口，按次序排隊，逐家逐戶的領銀子、領糧。
　　官府大規模的賑濟錢糧，這個消息是一傳十、十傳百，不到五日，整個紹興城都轟動了。之前籠罩在紹興府上空的恐怖氣息一掃而光，終於百姓開始出門來領錢糧。
　　拖家帶口的前來搬糧的百姓排成了長龍，從府衙一直排到了城門外的十裡亭。方原在府衙門口親自監督賑濟工作，觀察了兩日，卻見到前來領錢糧的，大多是男子，年輕女子是鳳毛麟角。可見紹興府的百姓對方原這一行人還是有著本能的警惕，根本不敢讓家中適齡的女子出門來領錢糧。
　　方原等到了下午，見到領取錢糧的兩個老翁、老嫗，一次性領了兩石米，一石米至少是150斤，兩石就是300斤，老兩口沒氣力怎麽搬得動只能拖拽著大米袋，一步一蹣跚的前行，甚是吃力。
　　方原立刻帶了胡琦上前，令錦衣衛替二老找來了四輪車，將兩個大米袋搬上車子。
　　二老也不認識方原的身份，忙衝他磕頭道謝不止。
　　方原愕然問道，“阿翁啊你們二老怎麽領兩戶的錢糧”
　　老翁還擔心他要收回一戶的錢糧，忙解釋說，“官爺啊一戶是我們的，一戶是我家兒子、媳婦的。”
　　方原皺眉說，“怎麽你們的兒子、媳婦不來領”
　　老翁老臉微微的一抽，歎聲說，“我兒他被征召去給倭寇當民夫，再沒回來，唉”
　　方原又問，“你家媳婦怎麽也不來”
　　老翁還沒開口，老嫗已接口說道，“官爺，如今哪家的年輕女人敢出門啊”
　　方原失笑說，“女人怎麽不敢出門了光天化日朗朗乾坤，怕被人搶了不成”
　　老嫗歎了一口氣說，“紹興城都在傳聞，那個總督方原就是個就是玩女人不吐骨頭的淫棍。 他人奸人也就罷了，方原奸人是不過夜的，奸過就殺，一夜至少殺一個”
　　方原愣在當場，沒想到紹興府的那幫官紳、富商竟然給自己編排了這麽個段子，故意造成百姓與玄甲軍的對立，以便供他們驅使，看來宰殺那幫雜碎是真的宰對了。
　　老翁見方原臉色陰沉了下來，察言觀色也知其中的不對勁，忙拉了拉老嫗說，“老婆子，不要多嘴了，走吧走吧”
　　方原呵呵一笑，自報了家門，“二老，我就是總督方原，我真的有這麽可怕”
　　他這話一出口，二老自知失言，嚇得是齊齊跪倒在地，衝他磕頭求饒不止。周圍排隊的人群更是屏住了呼吸，這二老敢當面揭露方原的惡行，哪裡還會有活路
　　方原忙將二人扶了起來，環視了一周圍觀排隊的百姓，正容說道，“諸位聽著，無論玄甲軍，錦衣衛，若之前有奸淫民女的，你們現在就可以向我舉報，我立刻將之正法”
　　眾百姓聽了是面面相覷，城裡雖然有著傳聞，但似乎周圍的親友街鄰也沒有聽說哪家女人被玄甲軍、錦衣衛給奸淫了，一時鴉雀無聲。
　　方原又朗聲大喝，“若沒有受害的民女，就請諸位不要以訛傳訛，聽那幫官紳胡說八道。我方原殺的只是騎在百姓頭上作威作福的貪官汙吏，不法富商，還有劣紳。紹興府在我方原的統治下，只會比之前更加的繁榮富庶，百姓更能安居樂業”
　　圍觀的百姓立刻歡呼起來，齊聲叫好