這次體制改良主要針對的是武官體系，凡事有輕重緩急，清廷大軍即將大舉南下，大明的文官體系和宦官體系朱由榔暫時還沒精力，也沒時間去弄，只能等打退清軍，站穩腳跟後再考慮了。新的勳位、散階、官職、營製通過眾人的集思廣益，幾天時間就差不多制定好了，充分考慮到了各品級武臣和軍士的利益，特別是京營、忠貞營、西營三大主力，保證他們中大部分軍將能升官加俸，軍士能有個體面的收入待遇，至少要比以前要好，所以新軍製一放出來，除湖廣十三鎮部分首領中高層軍將外，明面反對的很少，很快就施行下去了，剩下的等施行後出現問題再補充完善。

軍改的同時伴隨著京營侍衛親軍和湖廣，兩廣的軍事兵力調整。

侍衛親軍以後統一改稱京營禁軍，編制打散了重編，調到廣西和湖廣輔助疆臣公乾的兩個團八千余人的兵力全部回籠行都，這樣行都就有四個團(包含輔兵)的一萬兩千余人的侍衛親軍馬步軍，經過近一年的嚴格操訓和實戰，侍衛親軍戰、輔兵的軍事基礎和技藝百分之八十五以上達到了戰卒的標準(主要是部分輔兵拖了後腿，不過由於前期朱由榔對輔兵操訓的重視，輔兵和戰兵拉開的差距並不大)，百分之三左右達到了銳卒的標準，剩下的百分之十五約三千人都達到了守卒的標準。合格的戰兵約九千人，銳士約三百人，即便從巡防營中再抽調出三千達到大明軍士輔卒標準的輔兵，也只夠滿編一鎮，吳繼嗣和焦璉資歷功勳差不多，統製掌印官只有一個就有些不好安排。

鑒於此朱由榔詔令湖廣總督堵胤錫從原王允成，張先壁和劉承胤的三鎮五六萬戰、輔兵中挑選出三千左右達到大明軍士戰卒標準的且作惡不多，無不良嗜好的精銳戰兵送到行都充實京營(實際上達到戰卒標準的有七八千左右，不過大多有奸淫擄掠史，軍紀敗壞，老兵油子居多，這些朱由榔寧缺毋濫，統統不要)，三千精銳鎮兵中有兩千左右是原劉承胤標將陳友龍的部下。

陳友龍短小精悍，善步走，日行三百裡。性嚴急，慣戰。隨承胤征黎平苗。友龍嘗先登，破苗砦，執叛苗則生剝之，為群苗所畏，呼為“五閻王”。

其出身貧寒，世代務農，力大如牛。不願意雉發，舉家南逃，在武崗被亂兵所劫，揮舞鋤頭打死劉承胤的部下十余人，劉承胤得報惜其勇武，設計將其籠絡至麾下。

那時候劉承胤手下不過三四千人，專以劫擄為生，與流寇沒什麽不同。山裡的瑤人很生性，他們不敢招惹，靠的就是打劫過往的難民。

將陳友龍招攬至麾下後，陳猛人立馬發揮了他的本事，隻帶幾百精壯就把境內土寇剿光，不過那些土寇也大多是落難鄉民，被逼上梁山的，陳友龍打散了十幾股，招安了十幾夥，至此有了三千兵馬。劉承胤靠陳友龍的武力壯大後，湖廣一些散兵遊勇紛紛投靠，不上一年，就聚起了三萬兵馬。

歷史上的陳友龍是個有節操的耿直漢子，劉承胤投清後，亦勸友龍降清。友龍將計就計，偽降入清軍據守的靖州，既入城，拔刀大呼砍清將:“身是陳閻王，為索汝頭來耳。”斬之，麾兵擊，城中清兵、偽兵千余人，皆殲。遂收黎靖、沅州、黔陽、平溪、清浪、鎮遠。東攻武岡，拔其城，取守將頭祭傅作霖，遂圍寶慶，破之。不逾月，複城二十余，斬首數千，後因得罪何騰蛟為何部將郝永忠謀殺，聞者歎息。

三千精銳隨著陳友龍一齊被堵胤錫送入行都編入京營，

分散打入各部，這樣加上原來的九千人的京營戰兵，戰兵總數量達到了一萬二千人。其中京營戰兵的數量佔據絕對的優勢，一是方便同化，二是保證京營的絕對控制權。有了一萬兩千精銳，朱由榔就將馬步卒分為兩個不滿編鎮，分別稱為羽林鎮、虎賁鎮，每鎮下轄精銳戰兵六千，再招募兩千滿足大明輔卒標準的輔兵列入軍隊編制，戰、輔兵總數約八千。

余龍部和明軍經製水師原本共有一兩萬人，經過嚴格篩選後，符合戰卒標準的約有三千，符合守卒標準的有五千，為節約糧餉，其余全部被裁撤。

水師官兵中達到戰卒的人數太少，如果隻用戰卒，走精兵政策，根本組建不了一鎮水師，所以朱由榔乾脆就將那五千達到守卒標準的水師營兵與那三千戰兵合編，既負責戰鬥，也負責後勤，同時充當戰兵和輔兵的職責，總數八千人編為一個不滿編水師鎮。稱為伏波鎮。

同時朱由榔將劉，李二部的一萬五千精銳也都列入京營禁軍序列，西軍人馬與原侍衛親軍人馬一樣按照新軍製四等軍士級，進行考核篩選。最後一萬五千余人，達到戰卒標準的有近一萬三千人，剩下的兩千余人隻達到了守卒標準，朱由榔又組建了兩個不滿編鎮，分別稱忠武鎮、忠捷鎮。將達到戰卒標準的一萬三千人一分為二，各取六千五百名戰兵分編各鎮，同時再從巡防營中選出四千五百達到輔卒標準的輔兵，分編入兩鎮。這樣每鎮約有戰、輔兵八千七百余人。

而西軍中剩余兩千余達到守卒標準的戰兵與侍衛親軍中剩余的三千余達到守卒標準的軍士，總數約六千，再從巡防營中抽調兩千達到輔卒標準的青壯，這樣戰、輔兵總數八千，又能混編成一個不滿編鎮，這一鎮戰力較前幾鎮為弱，所以列為第二梯隊的廂營序列，開往廣西，駐節桂林，分防各區，稱為廣西鎮，正、副統製聽兵部和巡撫陳邦彥共同節製。

原來的包括四千左右廣西狼兵的三萬余巡防營，經過考核篩選，達到守卒標準的有六千余人(大部是廣西狼兵)，再從巡防營中選出兩千余達到輔卒標準的做輔兵，總計九千人，組建廣東鎮，駐節行都，分守各區。剩下的巡防營軍士，除派往別部做輔兵的，剩下的全部裁撤，不願歸家的安排到廣西屯田，願意回家的厚給盤纏和一定數額的撫慰錢。

原侍衛親軍中考核篩選得到的近三百銳卒， 各個以一當十，清一色黑衣黑甲，各有輕重甲一副，把手銃一門，手盾一枚，鋒利腰刀一把，斧槍一套，鐵胎弓一張，弓弦四條，大箭五十枝，還額外配備戰馬一匹。近三百人建成一個不滿編都，稱為“定霸都”，半年一考核，不合格者立即清退。作為朱由榔的貼身衛隊。

原來的兩個以後起新秀盧世仁和葡兵首領傑西為首的兩個共計約三千人的宮城護衛營，統編為一滿編營，稱為“拱聖營”。

軍事大整編後，行都共有一個獨立定霸都，一個獨立拱聖營，還有羽林、虎賁、忠武、忠捷四個陸師鎮，一個伏波水師鎮。共計四萬五千余京營勁旅。

還有隸屬於廂營系列的廣西鎮、廣東鎮，總兵力約一萬七八千的樣子。

緊隨著京營、廂營各軍鎮確立下來的，是各營各鎮的軍校任免名單。

其中領定霸都的是正四品定遠校尉，都頭盧世仁。

領拱聖營的是正四品定遠校尉，統領張家玉。

領羽林鎮的是三等勇毅伯、正三品昭武將軍，統製焦璉。

領虎賁鎮的是三等信毅伯、正三品昭武將軍，統製吳繼嗣。

領忠武鎮的是三等武毅伯、正三品昭武將軍，統製李定國。

領忠捷鎮的是三等歸毅伯、正三品昭武將軍，統製劉文秀。

領伏波鎮的是三等廣毅伯、正三品昭武將軍，統製余龍。

領廣西鎮的是從三品宣武將軍，統製陳友龍。(大力提拔，安撫其心)

領廣東鎮的是從三品宣武將軍，統製唐文耀(原焦璉麾下悍將，第一團團統製)(書迷樓)