軍隊在經過一系列重組整編後，三忠的義勇被全部消化，淘汰下來的老弱都給予一定的補償遣散歸家。　　最後，大明中樞擁有的總兵力如下:一、天子直轄侍衛親軍陸師戰、輔兵共計一鎮一萬四千兵馬，共分四個野戰兵團和一個營的宮城禁衛及一個營的天子衛隊(包括上百貼身近衛)。撤消了大漢將軍編制和有名無實的府軍衛，旗手衛、金吾衛、羽林衛、虎賁衛等上直十二親軍衛番號。

　　同時朱由榔順應民心的把錦衣衛這個臭名昭著的機構也一並裁撤掉了，裁撤令旨一下，朝野震動，人心大慰，行在的文臣武將聞之無不拍手稱快，紛紛上書大讚天子聖明，中興大業可期。

　　滿朝文武如此沸騰激動也不能怪他們，實在是錦衣衛這個特務機構給他們和他們的前輩留下了太多的心理陰影。

　　在大明，無論士紳商賈，還是小民百姓，只要一聽到錦衣衛三個字，無不色變，錦衣衛就是殘忍恐怖的代名詞，士農工商，它無孔不入，無處不在，就像一條條潛伏在暗處的毒蛇，毛骨悚然的廠衛酷刑，類似地獄的詔獄、血淋淋的刑具，剝皮充草，十八般酷刑，讓天下民眾草木皆兵。

　　在明朝統治時期，三百年裡，錦衣衛曾掀起過數次血腥高潮，一次抓捕處決人數就是數千上萬計，最盛時，不管你是公侯勳貴，還是帝師宰臣，錦衣衛讓你三更死，你就活不過五更天，可謂囂張至極。

　　雖然錦衣衛的存在，確實起到了維護皇權，穩定了大明江山的作用，但副作用也不小，它的存在踐踏了大明紀綱法治，獨立的偵查權，抓捕審判權，使國家的司法部門刑部、大理寺成為了橡皮圖章。錦衣衛裡的野心家借著皇權庇佑，往往濫用職權，貪贓枉法，打擊異己，導致冤假錯案橫生，引發黨爭，使君臣離心離德，朝野雞犬不寧，野蠻的****行為也使得腐敗蔓延，流毒天下，國家統治根基一點一點被侵蝕挖空。

　　所以改革優化特務機關勢在必行，裁撤錦衣衛只是第一步，原因並不是特務機關的存在不好，只是它的名聲太臭了，外加權力設置不太合理而已，中樞行在文武的稱頌讚揚並沒有讓朱由榔昏了頭，自斷臂膀而沾沾自喜，說到底，一個中央集權製的封建王朝，皇帝想要避免被架空，皇權想要壓倒相權，就離不開特務機關的輔助，沒有了特務機關就像人沒有了眼睛一樣，在爭鬥中會處處被動，後知後覺，弊遠遠大於利。

　　所以裁撤掉錦衣衛後，朱由榔又緊跟在後，悄悄建立了內鎮撫司和外鎮撫司兩個獨立的直接聽命於皇帝的特務機構，其中內鎮撫司負責偵查士民百官，探查動向，有無反叛行為，控制輿論，搜集情報等維護皇權;外鎮撫司負責對外偵查敵情，搜集輿圖，繪測地形、策反拉攏，使間破壞等等。

　　兩個機構，兩個鎮撫使首領，一個對外，一個對內，彼此獨立，互相監督互相牽製，這樣可以有效的避免特務機關勢大難製，超出皇帝掌控。同時為了避免新的特務機關產生難以控制的破壞力，重蹈錦衣衛的覆轍，朱由榔隻給了內鎮撫司偵查權，取締了抓捕審判權。抓捕審判權暫時全部交給刑部和大理寺，外鎮撫司權責相對較大，只要皇帝批準，必要時可秘密抓捕審訊敵方人員。

　　其中內鎮撫司掌印是在鋤奸行動中立有重大功勳的原錦衣衛百戶王康，王康是錦衣衛武職世家出身，祖上世代錦衣衛，精通偵查探秘，其本人也是個老特務，

二十幾年裡先後侍奉過崇禎、弘光、隆武、永歷，有著豐富的特務經驗，唯一有點缺憾的是資歷太淺，想要得堪大用，還需好好磨礪一番，蜀中無大將，暫時只能讓廖化做先鋒了。　　而外鎮撫司掌印也是在鋤奸行動中立有功勞的原錦衣衛魏廣川，魏廣川是個地理通，會說南方四五個省二十幾種方言，各地的人物風俗，山川河流摸得清清楚楚，由他做外鎮撫司掌印倒是十分合適。

　　至於原先的錦衣衛都督郭承昊因為在朱由榔謀劃剪除跋扈藩鎮陳邦傅時，不太老實，甘願充當權臣的內應，腳踏兩隻船，陳邦傅就戮後，東窗事發，被朱由榔果斷處決了。

　　言歸正傳，天子直轄的四個野戰兵團編制確定下來後，各級軍官的任命狀也緊跟其後頒布下來了，其中第一兵團的團統製是嶺南三忠之一的張家玉，張家玉雖是文臣，卻在隆武年間不僅以兵科給事中的身份監過軍，而且還和清軍實打實的乾過幾仗， 此時的張家玉已經不再是一個初窺戰爭奧秘的書生了，兩年時間的戰場拚殺磨練了他的意志，橫飛的血肉鍛煉了他的勇氣，而與清軍的鬥智鬥法更讓他慢慢地掌握了用兵設計的訣竅使他在兩年間學到了不少戰爭經驗，有了成為一代名將的潛力。

　　他是精兵政策的堅決擁護者，他認為決定一支軍隊戰鬥力的因素並非是這支軍隊的數量，而是其質量。所以在於李成棟交戰之前，張家玉麾下的義兵數量最少，只有一兩千人，不過十分驍勇，都是淘汰了老弱後的精壯鄉民，彼此都有血緣關系，打仗時同進同退，彼此照應，生死相扶，軍隊不容易潰散，十分有作為精兵的潛質。而清遠這場耗時良久的保衛戰便是這個由文人轉型為武將的張家玉交上的一份極為精彩的答卷。所以新軍重組後，本著物盡其用的原則，朱由榔毫不猶豫任命他做了第一團統製。

　　第二團的團統製是原焦璉麾下悍將唐文耀，唐文耀原是焦璉的家丁隊隊頭，性格豪邁，騎射都很厲害，作戰也猛，當初李成棟兵圍梧州時，唐文耀作為焦璉副手，一起隨其出城突襲過清軍，那一場突襲戰，五百鐵騎在清軍軍陣中殺進殺出，大漲明軍威風，唐文耀也因此立了守城第一功，爾後其在梧州保衛戰、肇慶攻防戰中都立有重大功勳，論功勞，客觀上說僅次於焦璉，所以為了籌功，也為了平衡軍中焦系勢力，朱由榔讓他做了第二團團統製。

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