事與願違的是，等朱由榔帶兵探到北江西岸的那個秘密碼頭時，清軍兩萬余戰、輔兵已全部渡過北江，到達了東岸，半渡而擊的計劃宣告破產，清軍到了東岸後，把靠岸的幾十艘江船都鑿毀鑿沉了，沒有了船隻渡江，南岸的明軍只能眼睜睜看著東岸清軍行軍時濺起的煙塵越來越遠，最後漸漸消散。　　清遠保衛戰持續了近兩月，清軍終因糧餉不濟撤退，返回廣州大本營，只是最後保衛戰雖然勝了，明軍特別是天子的侍衛親軍卻損失慘重，夜襲之戰中，因為不小心陷入清軍統帥李成棟的圈套，一下子折損了近三千步騎，其中大多是焦璉舊部，總體戰力高於侍衛親軍的平均水平，朱由榔千辛萬苦，好不容易培養出來的一點有些戰鬥力的嫡系部隊一下子去了近三分之一，足可謂損失慘重了，雖然清軍在此次會戰中損失更大，不僅損失了幾千陸師步騎不說，五千主力水師除了最後突圍逃出的幾百人馬，幾十艘戰船，幾乎全軍覆沒。

　　戰後，除了留下一些必要的人手負責清遠城的善後事宜，朱由榔帶著三忠的數千義軍殘師和幾千侍衛水陸大軍乘船沿北江往南返回了肇慶，同時下達令旨，將行在中樞重新定在臨都肇慶，梧州內閣文臣全數遷入臨都辦公，桂王府行宮內的宮眷也都迎入了肇慶。

　　經過這次會戰，廣東以三水城為分界線，被明軍和清軍一分為二，在清遠解圍前後的一個月內，朱由榔曾在肇慶分出部分兵馬，馬不停蹄，先後收復了兵力空虛的肇慶府、羅定州、高州府、雷州府和瓊州府等州府，將這些地方的清軍勢力一掃而盡，然而清軍殘余的勢力依然牢牢佔據著潮州、惠州、廣州、南雄、韶州等州府，勢力不容小覷。

　　通過這次親征，朱由榔發現侍衛親軍還存在著不少缺點，首先是不能靈活運用軍陣戰術，騎射擊刺的技術比不上清軍，持久作戰的體力比不上清軍，戰勝則囂然雜上，戰敗則紛然四散，作戰紀律和作戰意志還稍欠火候，實戰經驗現在是有了，下面必須要制定合理的訓練章程，繼續加強訓練，軍隊不僅要練力，練藝，還得練膽，練志。

　　紀律之維系，僅靠嚴刑峻法，立威立信遠遠不夠，還應蓄養士氣，培養榮譽感，其功用猶在立威立信之上，將帥以人才為根本，人才所憑持，在於積蓄磅礴之朝氣。所最忌者，在於染暮氣，至氣之根本，則依持一定的堅強意志，有堅苦貞定之志節，長可支持或恢復朝氣，因是銳氣或受重挫，仍不至於一敗塗地，蓄志節，培養榮譽感尤為重要，做得好可獲得永久之持續力量。

　　在麾下將臣研究具體章程的時候，朱由榔也開始著手對三忠的義軍進行改編，清遠保衛戰過後，三忠麾下還剩八千余義勇，當初他們為了對抗韃子入侵，都是自願入伍的義民，義勇中不乏充滿著報國熱情的書生士子，甚至還有商賈鄉紳子弟，這些年輕小夥子各個都是熱血好男兒，當兵的好苗子，在經歷過一連串的血戰淘汰後，剩下的都成熟穩重了不少，一舉一動隱隱有殺伐之氣，目前唯一欠缺的就是戰陣經驗，只要訓練得法，糧餉充足，一年後絕對能成為一支精兵。

　　八千余義勇淘汰老弱後，還剩五千三百余精壯，朱由榔將這些精壯分散打入侍衛親軍馬步軍中，由老帶新，重組訓練。侍衛親軍原本有戰、輔兵一萬余，幾次爭戰，特別是夜襲之戰後，損失慘重，還剩戰、輔兵六千七百余人，再補入五千三百余精壯後，立時變成一萬二千余人，再加上原先留守梧州的千余侍衛親軍，侍衛親軍馬步軍總數突破了一萬三，朱由榔將其依製擴成了四個兵團，但確沒有順勢新增一鎮。倒不是他不想招兵擴軍，實在是中樞財力有限。

　　這也是沒辦法的事兒，連月征戰，後方糧餉消耗巨大，原來丁魁楚留下的八十余萬兩贓款，都用在戰事上了，戶部早就叫苦連天了，親征大軍的軍備，軍餉，軍糧，試看這些開支，哪一項可以節省?哪一項可以從緩?而且每一項開銷都是大頭，征戰中的軍隊更是個無底洞，現在戶部府庫存銀存糧所剩無幾，廣東各州府剛光複，還在接管熟悉中，賦稅收入還沒收上來，中樞如果不能及時開辟財源，想辦法弄到足夠的錢糧，到時候別說擴軍了，能不能保住現有的軍隊數量都難說。朝廷沒有足夠的銀錢收入，勢必陷入癱瘓，戰爭缺少物質基礎，同樣也會造成失敗，這是誰也改變不了的鐵律。

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