吳三桂的種種反常舉動，引起了清廷的懷疑。郝浴、楊素、魏裔介、傅弘烈、李堂、趙良棟、潘太邱、查容等人或以上疏或以告密的方式向康熙反映，吳三桂將要謀反。康熙也將三藩列為頭等心腹大患，刻於宮柱之上，必欲除之而後快。三藩有前三藩後三藩之分，前三藩指福王、唐王、桂王;後三藩指平西王、平南王、靖南王，這裡指的是後三藩。康熙認為吳三桂久蓄異志，撤亦反、不撤亦反，那還不如早撤，免得三藩開支巨大，朝廷負擔沉重。可他又沒有抓到三藩明顯的把柄，正苦於沒有借口之時，三月十二日，突然接到了尚可喜乞歸遼東的奏疏:

　　臣自奉命鎮粵以來，家口日蕃。順治十二年，曾具書請解兵權。部臣以地方未寧，俟後議。方今四海升平，臣年已七十，精力就衰，正退耕隴畝之日。伏念太宗皇帝時，曾賜臣以遼東海州及清陽堡等處地，今乞準臣仍歸遼東，安插故土，以資養贍。計帶兩佐領甲兵及老犀閑丁，約二萬四千有奇。沿途夫船口糧，請並議撥給。

　　康熙見到尚可喜的奏疏，心裡樂開了花，真是想打瞌睡就有人送枕頭來。他立即批準了尚可喜的請求，並撤除了平南藩。

　　消息傳出，朝野震驚。此時吳三桂剛送走來自己六十大壽赴宴的兒子吳應熊，汪仕榮也剛從台灣回來複命。汪仕榮向吳三桂匯報了尚之信、耿精忠、鄭經支持起兵反清的動向。吳三桂聽了汪的匯報之後，心中又多了一分底氣。他立即召來方光琛、劉玄初商量對策。

　　吳三桂:現在尚可喜突然自請撤藩，咱們撤不撤呢?

　　劉玄初:尚可喜個老東西搬起石頭砸自己的腳。他本意是自己回遼東養老，把藩位留給尚之信。沒想到康熙一不做二不休，把藩位也給撤了。他願意撤就撤吧，我們沒有必要。

　　方光琛:不可，王爺您也得上疏請撤。

　　吳三桂:為何?

　　方光琛:如今朝廷通告全國同意尚可喜撤藩，實際上正在下一道普遍的撤藩命令，雖未言明，但意在不言中。世子這次回來的時候就說，朝廷開始懷疑王爺了，所以我們也要主動請撤，避免懷疑。

　　劉玄初:康熙現在正等著咱們上疏呢，你早上把請撤的折子遞上去，晚上撤藩的命令就會下來，這不是沒事找事嗎?

　　方光琛:唉，這叫先禮後兵。如果王爺請撤，康熙他不允並好言慰留，說明他還念及舊情，咱們可先緩一些日子再說;如果他挽留都沒有挽留就撤了，那就說明他果然忘恩負義、卸磨殺驢，他自己就先在道義上輸了。到時我們再起兵討伐，就更加名正言順。

　　吳三桂覺得方光琛說得很有道理，於是命劉玄初起草撤藩疏。

　　七月十三日，吳三桂也上了一道辭藩的奏疏:

　　臣駐鎮滇省，臣下官兵家口於康熙元年遷移，至康熙三年遷完。雖家口到滇九載，而臣身在岩疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜難報，惟期盡瘁藩籬，安敢遽請息肩！今聞平南王尚可喜有陳請之疏，已蒙恩鑒，請撤全藩。仰恃鴻慈，冒乾天聽，請撤安插。

　　吳三桂上請撤奏疏，是先禮後兵。吳三桂畢竟是清廷封的王，這麽多年來又一隻加官進爵，如果沒有什麽由頭就貿然起兵，人們反而會罵他忘恩負義。

　　康熙才不管這些，見到吳上疏，立刻批準。他親自下令撤藩:

　　王自歸誠以來，克殫忠藎，戮力行間，功績懋著，鎮守岩疆，宣勞歲久。覽奏，請撤安插，恭謹可嘉。今雲南已經底定，王下官兵家口作何搬遷安插，著議政王大臣等，會同戶、兵二部，確議具奏。

　　撤藩是康熙既定策略，他鑒於歷史上元朝被漢人推翻的教訓，認為漢人掌握兵權，勢必會與清政府抗衡，威脅其統治。遂三藩同撤。