大友宗麟的軍隊因為島津氏的崛起而節節敗退，隻得向豐臣秀吉求援。已經統一了四國島的豐臣秀吉召喚黑田孝高詢問對策，黑田孝高認為這是個平定九州的好機會，於是秀吉下令備戰，同時回信要求大友宗麟繼續堅守，等待援軍。島津軍因對大友的戰爭失利而聯合有馬晴信攻打龍造寺政家，龍造寺只剩下肥前國三座城，令鍋島直茂乞求停戰。島津義弘不許，仍下令攻打龍造寺，島津家久攻下水之江和勢福寺城。龍造寺走向滅亡之日將近，所以鍋島直茂請求龍造寺成為島津臣下，投降島津氏，被免去一死。唇亡齒寒，不出十日，助攻龍造寺的有馬晴信也被島津氏順便滅掉，有馬晴信投降島津氏。島津氏至此在九州只剩下大友家一個對手，而大友家的滅亡也只是時間上的問題。豐臣秀吉覺得島津氏過度猖狂，影響豐臣氏的統治，所以向島津氏發出交涉書信，命令九州兩勢力停止戰爭，服從豐臣政權領導。島津義久拒絕豐臣秀吉的提案並攻打築前，致使豐臣秀吉以“救援盟友”(大友家)為名出兵九州。

　　天正14年(1586年)，三月，公卿菊亭晴季上奏正親町天皇請求正親町天皇下令宣布島津氏為朝敵。天皇準奏，五月，九州征伐開始，以下為兵力分布:

　　秀吉方面軍(兵力十四萬)

　　本隊豐臣秀吉

　　一番隊毛利吉成、高橋元種、城井朝房

　　二番隊前野長康、赤松廣英、明石則實、別所重宗

　　三番隊中川秀政、福島正則、高山長房

　　四番隊細川忠興、岡本宗憲

　　五番隊丹羽長重、生駒親正

　　六番隊池田輝政、林為忠、稲葉貞通

　　七番隊長谷川秀一、青山忠元、木村重茲、太田一吉

　　八番隊堀秀政、村上義明

　　九番隊蒲生氏郷

　　十番隊前田利家

　　十一番隊豊臣秀勝

　　秀長方面軍(兵力八萬)

　　本隊豐臣秀長

　　一番隊黑田孝高、蜂須賀家政

　　二番隊小早川隆景、吉川元長

　　三番隊毛利輝元(先鋒)

　　四番隊宇喜多秀家、因幡衆(亀井茲矩、木下重堅、垣屋光成、南條元續)

　　五番隊小早川秀秋

　　番外筒井定次、溝口秀勝、大友義統、脅阪安治、加藤嘉明、九鬼嘉隆、長宗我部元親、明智重長

　　毛利軍方面

　　1586年9月，毛利輝元以小早川隆景和吉川元長為先鋒經長門國出佂豐前國支援立花宗茂攻打島津忠長和伊集院忠棟的築前方面軍。因為鍋島直茂趁機聯合有馬晴信攻下肥後，形成夾擊築前的形勢。1586年10月黑田孝高由海路到達後形成三方麵包圍。

　　長宗我部軍方面

　　1586年9月，以仙石秀久為首長宗我部元親和兒子長宗我部信親同十河存保渡海攻打豐後。在1586年12月12日早晨，兩軍在戶次川對峙，第一陣的仙石秀久一開始因為急進就先告潰敗，而第二陣的長宗我部信親勢遭到伏兵包圍而壞滅。長宗我部信親、十河存保戰死，而長宗我部元親的第三陣見到情況不妙後撤退，而仙石秀久因為這次戰敗而被豐臣秀吉流放到高野山。

　　龍造寺軍方面

　　因為毛利輝元入侵豐前引開了島津軍所以鍋島直茂趁機聯合有馬晴信攻下肥後，形成夾擊築前的形勢，1586年10月黑田孝高由海路到達後形成三方麵包圍。

　　宗軍方面

　　宗義智讓出對馬島讓豐臣駐軍，並需要提供資金與糧草。

　　大友軍方面

　　大友家除了大將立花宗茂在各地佂戰外，全部武將都籠城堅守，主公大友義鎮病危由少主大友義統臨時統領大友家。大友義鎮則堅守臼杵城。

　　豐臣軍方面

　　豐臣秀吉北九州方面軍

　　1587年3月豐臣秀吉先鋒蒲生氏郷、前田利長用一日攻下秋月種實的岩石城，第二日攻下益富城，秋月種實投降豐臣秀吉。中川秀政、福島正則、高山長房到達後擊敗島津忠長和伊集院忠棟，兩人降伏。至此築前、築後、肥前、豐前、豐後五國成為豐臣支配地。之後全軍入侵肥後，肥後領主島津忠辰降伏。全軍於肥後會師。準備攻打薩摩。

　　豐臣秀長南九州方面軍

　　1587年2月，豐臣秀長率八萬兵力在日向登陸，將守在岸邊的島津家久軍擊退，直接與島津義弘在日向交戰。因為島津義弘屢次發動奇襲，於是豐臣秀長下令實行堅壁清野，以壓倒性的兵力將島津義弘的五千兵力團團圍住，用車輪戰牽製住島津義弘。但是卻被島津義弘突圍而出。明智重長則是和黑田孝高等人安頓後方和剿滅島津家的地頭武士。

　　根白阪之戰

　　主條目:根白阪之戰

　　1587年4月17日，島津義久和島津義弘打算和豐臣方決戰於日向國根城阪，但是因為豐臣秀長軍一早挖好陷阱建造板塀和空堀等軍事設施，射箭來阻礙島津方進攻。島津方始終衝不上板塀所在之處。在島津忠鄰、猿渡信光戰死後島津方撤退。

　　九州國分

　　1587年4月28日，島津義久向豐臣秀吉表示降伏，剃髪出家並改名為島津龍伯。5月8日島津龍伯在肥後泰平寺正式表示完全降伏。並由弟弟島津義弘繼承家督，而豐臣秀吉也針對九州的領地重新進行分配，曾經一度控制九州大部分地區的島津氏被大幅削減，但仍擁有薩摩和大隅兩國，以及日向國的諸縣、真幸院等地。

　　其中，小早川隆景由平定四國後獲得的伊予移封至築前、築後兩國的大部分跟肥前一郡，共37萬石的領地，其弟小早川秀包也獲得築後得到7萬5千石的領地。而在大友家方面，因為大友宗麟拒絕秀吉加封日向一國作為封賜，所以其子大友義統僅獲得豐後一國的安堵，原為大友家臣的立花宗茂因出色武勇得到秀吉賞識，加封築後13萬2千石的領地，獨立為一家大名，肥前的龍造寺政家、大村喜前、松浦鎮信等人及對馬國的宗義智，也在臣服秀吉後獲得本領的安堵。而豐臣秀吉的家臣中，黑田孝高得到了豐前六郡12萬5千石(後增封至17萬石)的領地、毛利勝信則獲得豐前小倉6萬石。

　　肥後國的大部分則交給了原本支配越中國的佐佐成政，當地豪族天草五人眾也獲得安堵，另外在相良氏家臣深水長智的奔走下，相良賴房也重新獲得肥後人吉2萬石的安堵。但因為佐佐成政檢地失力，引發嚴重的肥後國人一揆，佐佐成政被問罪賜死，在平定當地一揆後，原屬佐佐成政的領地一分為二，切割成加藤清正擁有肥後北半國19萬5千石，小西行長則擁有肥後南半國20萬石，但小西行長在進行檢地時，又遇到天草五人眾的抵製(天草國人一揆)， 最後與加藤清正平定天草國人一揆，徹底掌握肥後。

　　曾在北九州積極抵抗豐臣軍的秋月種實在戰敗後，由築前、築後遷調至日向高鍋3萬石，秋月種實的次子高橋元種因較早投降，移至日向縣5萬石。過去被島津氏打敗的伊東氏，因伊東祐兵早就成為豐臣秀吉的家臣，並曾參與山崎之戰等戰役，順利回歸舊領，擁有日向飫肥3萬6千石的領地。

　　影響:

　　豐臣秀吉將九州平定以後，鞏固了豐臣的威權統治，更獲得了地利與外國通商，更展開大規模的檢地，在肥後的佐佐成政亦進行檢地，但是遭到部份國人反對，引發肥後國人一揆。佐佐成政被處死後，北肥後歸加藤清正管轄，南肥後歸小西行長、相良賴房管轄，但仍爆發了天草國人一揆，最後被小西行長跟加藤清正合力消滅，而豐前國也有城井鎮房跟野中鎮兼等勢力拒絕接受黑田家統治的反抗動作，最後黑田孝高暗殺了城井鎮房後，平定這波動亂。

　　而豐臣秀吉也當上了關白，開啟了文官統治武將的時代。

　　重長卻在豐臣秀長的邀請下在紀伊國的和歌山城，一起會見了島津家的使者——島津家久和其子島津豐久。

　　我把九州征伐一筆帶過了，各位書友別怪罪啊，要是主角太鋒芒畢露的話和蒲生氏鄉的結局要一樣了——轉封偏遠地帶。我可能會把主角轉封到北信濃、越後國、上野國一帶，那裡也不算太遠，還能成為豐臣家的大佬之一。