自皖南事變發生，周恩來副主席等就以重慶為基地組織宣傳攻勢，嚴厲批評國民黨的內戰行徑。雖然在國民黨嚴格的新聞檢查制度壓製下，此種宣傳對一般普通民眾影響有限，但卻在國民黨內、社會上層和國際輿論方面引起了極大反響。發動剿滅黃河以南中共軍隊的計劃，主要是國民黨內軍事領導人鼓動和堅持的結果，國民黨內多數高層幹部直至事變發生都被蒙在鼓中。因此，包括事變期間一直緊張地在蔣介石與周恩來副主席之間擔任聯絡的張衝，當著周恩來副主席的面也唉聲歎氣，表示自己已沒有臉見人了。

宋慶齡等更聯名上書蔣介石和國民黨中央，痛切陳詞。馮玉祥也轉告中共代表，暗約同情，並斷言此定為何應欽之陰謀。孫科得知消息後，雖對人表示他對此不能有所作為，但也深表憂慮與憤慨。在1月16日討論處置新四軍問題的國民黨黨政各機關專門會議上，文職官員與軍事領導人明顯地發生意見分歧。直至準備發布取消新四軍命令的當天上午，王世傑還趕赴蔣介石的寓所，懇切說明如此處置，不僅有促成大規模內戰之危險，而且對有關援助國之觀感及淪陷區人心均不免會發生重大的負面影響。

為爭取社會及國際輿論，國民黨中宣部還在事變發生前，就明令重慶各報務必發表文章社論痛責新四軍不聽命令，擅自行動。一些報紙為生存計，或措辭含混，或公開遵命批評，私下裡再向中共代表處表示了歉意。當時國內的各小黨派更是對國民黨的這種做法表示反感。據周恩來副主席報告說，基於對國民黨的嚴重不滿，章伯鈞、左舜生等擬發起成立民主聯合會，以團結各黨各派無黨無派和國民黨左派，與中共合作共同進行民主和反內戰運動。第三黨亦因當局壓力日漸左傾，提出了以聯蘇聯共為中心，與中共更密切合作的建議。